Крестоносцы графа Симона де Монфора заливали кровью альбигойский Прованс, на Луаре благословлённые папой рыцари резали вальнедсов, в Ломбардии — гумилатов, на Балканах — богомилов. Расследование (inquisitio) преступных стремлений еретиков жить по евангельским заповедям взял на себя орден 4 псов Господних" (Domini canes), утвержденный в правах в 1216 г. уже новым папой Гонорием III (1216–1227).
Еретиков Фридрих не жалел: католики пытали и жгли на кострах своих же христиан, не трогая иноверных ученых из университета в Палермо. А папа-воспитатель убедительно доказал ему, что ересь в соответствии с римским правом тождественна оскорблению высшей власти ("оскорблению величества") и посему подлежит наказанию государственному. Поскольку же ересь — чума души, смертельный враг лучшего, что есть в человеке, ее надлежит истреблять, как заразу — сожжением на костре. Во исполнение постановлений Латеранского собора Фридрих утвердил имперским законом суд инквизиции и сожжение еретиков светской властью (1224).
Но прежде чем проводить по всей империи свои законы, Фридрих должен был покинуть ненавистный север и венчаться императорским венцом в Риме (1220), поклявшись соблюдать и расширять папский сюзеренитет (верховную власть) над Сицилией, Южной и Центральной Италией, а также не позднее, чем через год, отправиться в крестовый поход. Эту тяжкую ношу он нести очень не хотел.
Объединив отцовское германское наследство с материнским сицилийским, Фридрих вернулся в Палермо и зажил счастливо. Напрасно старый и больной папа Гонорий твердил про крестовый поход. У императора было полно мирных дел. Он продолжал обустраивать Сицилию, добавив к наемной армии сильный флот для защиты самого острова и южного берега Италии от пиратов. В Германии он укрепил своё влияние, щедро раздавая светским и духовным князьям административные и судебные права и раздаривая огромный фонд имперских земель. В глазах Фридриха северные владения Штауфенов не имели ценности. Его заботил лишь порядок, а его обеспечивали князья на местах. Когда рейнские города возмечтали о правах вольных коммун, как вольные города будущего Ганзейского союза, Фридрих издал указ, запретивший городам добиваться свободы or сеньоров и грозивший ослушникам суровой карой (1232).
Оторвав взор от постылого севера, император решительно зашагал по карте на юг, где на стыке Африки и Азии ал-Идриси крупно высек слово: Иерусалим. Фридрих всегда знал, зачем папа толкает его в крестовый поход. Гораздо ближе, посредине Италии, лежала вздувшаяся раковой опухолью Папская область, границы которой угрожающе наползали на королевский Юг и отрезали его от искони мятежного Севера. Там, на севере Италии, бившие еще его дедушку Фридриха Барбороссу Ломбардские города готовы были восстать, как только имперские рыцари уйдут на долгую и кровавую войну за Святую землю.
Лишь под угрозой отлучения от церкви Фридрих обещал выступить в поход (1225) и тут же женился на Изабелле, дочери обиженного папой иерусалимского короля Жана. Видя, что имперские рыцари уже пришивают к своим плащам крест, Ломбардия вооружилась. Крестоносцы готовы были двинуться вместо Святой земли на Северную Италию, но новый папа Григорий IX (1227–1241) пресек усобицу. 80-летний племянник Иннокентия III хорошо подшутил и над избравшими его для "краткого понтификата" кардиналами, и над уповавшим на его немощь императором. Когда Фридрих отплыл в крестовый поход с подошвы "италийского сапога", из Бриндизи, чтобы несколько дней спустя вернуться назад "по болезни", папа решительно отлучил императора от церкви (1227).
Поход на Иерусалим становился неотвратимым. Изгнанный приверженцами императора из Рима старик-пана был тверд, как кремень, и не снимал проклятие с Фридриха. Но так ли необходимо было воевать? Шагая по серебряной карте к Иерусалиму, Фридрих с удовольствием вспоминал, как использовал свои связи среди мусульман, чтобы договориться с одними, подкупить других и без боя войти в Иерусалим. Шестой крестовый поход (1228–1229) был начат им законно, когда истек срок перемирия с Египтом и завершен мирным договором с султаном, благодаря которому Иерусалим остался в руках христиан (до 1244). Вернее — в руках венчанного на Иерусалимский престол Фридриха (1229–1239).
Такого Италия не ожидала. Папа был в ужасе: Святая земля была освобождена, главной цели крестоносного дела больше не существовало! Напрасно Григорий IX вопиял, что император — пират и нечестивец, замаравший себя сделкой с "неверными", напрасно подверг интердикту (запрету совершать богослужение) освобожденную Святую землю. Высадившись в Италии, Фридрих молниеносно разгромил войска папы, уже тихой сапой подобравшиеся к Неаполю, а затем и его Ломбардских союзников. Папа признал власть императора в Италии, а Фридрих не тронул раковую опухоль в центре полуострова — Папское государство (1230).
Золотые годы мира пролетели на Сицилии, как это водится, незаметно. Посланный править Германией сын Генрих забунтовал, но князья не поддержали его, несмотря на золото папы (1235). Опаснее была возобновленная с участием папы лига Ломбардских городов (1232), которым чуть было не последовали города на Рейне. Покинув милую Сицилию, император при поддержке немецких князей двинулся на Милан. Он разгромил горожан при Кортеново (1237) и осадил Брешию. Этот город на карте ал-Идриси Фридрих хотел пометить черным цветом. Граждане стояли насмерть, и, потеряв немало рыцарей, император отступил.
Утешил Фридриха его незаконный, но самый любимый сын Энцио. Красавчик смутил сердце наследницы Сардинии, и отец помог молодым соединиться. А после свадьбы Фридрих увенчал Энцио короной Сардинии. Это был папский лен. В ответ на новую анафему (1239) войска Фридриха заняли все Папское государство. Бегая по Италии, старик Григорий IX бомбардировал всех светских государей призывами истребить "медведя, леопарда, богохульника, сына Вельзевула". В ответ Фридрих писал монархам, что папа — их общий враг, ибо, атакуя самого сильного из них, мечтает поработить всех.
На Пасху 1241 г. папа назначил Вселенский собор для осуждения императора. Но флот под командой Энцио перехватил корабли епископов на море, и прелаты оказались в тюрьме. Когда в далёкой Руси князь Александр Невский выбивал крестоносцев с новгородских земель, имперские войска плотно окружили Рим.
Призывавший к крестовым походам против империи и Руси папа был в ловушке.
Однако Фридриху не удалось, как Александру в Копорье крестоносцев, взять в плен папу. Поставив рекорд папского долгожительства, Григорий IX в 94 года задохнулся от гнева, оставив императора с носом (1241). Для того чтобы 10 оставшихся на свободе кардиналов не отвертелись от выборов нового папы, впервые был применен конклав (от лат. cum clave — запертые на ключ). Но запертые в одной из комнат Латеранского дворца кардиналы вышли из положения, избрав умирающего Целестина IV. Он прожил в качестве папы всего две недели: анафему с императора не снял, но дал кардиналам возможность бежать из Рима. Когда зимой 1242 г. Александр Невский собирал войска для похода на Псков, у крестоносцев вообще не было папы!
Фридрих с трудом мог разыскать на огромной карте городишко Ананью, где кардиналы-беглецы собрались после полутора лет мытарств. Они выбрали папой Иннокентия IV, генуэзца по происхождению и гибеллина (сторонника империи) по убеждениям (1243). Фридрих примирился с папой, отвел войска из его земель и отбыл на Сицилию. "Сицилийские каникулы" стали величайшей ошибкой в его жизни и катастрофой для его империи.
Отсюда, из Сицилии, казалось милым ностальгическое желание папы посетить родную Геную. Этот город, обозначенный самым большим значком на серебряной карте западного берега Италии, славился своими банкирами и могучим флотом. Некогда генуэзцы своими деньгами помогли выбрать на германский престол Фридриха. Теперь, не желая выгодного им окончания борьбы между папами и императорами, они укрыли Иннокентия и ссудили ему денег. К разбогатевшему папе устремились со всего света епископы. Франция поддержала папу против императора, после кончины Изабеллы женившегося на сестре английского короля Генриха III.