ВЦИК объявляет республику в опасности. Наркомвоенмор Троцкий приступает к созданию регулярной армии. Раньше других вождей, в том числе и Ленина, Троцкий понял иллюзорность утопических мечтаний о «вооруженном народе», милиции, заменяющей армию. Два основных принципа кладет он в основу новой армии: использование военных специалистов и страх. Невозможность создать армию без профессионалов была очевидной, как очевидным было нежелание офицеров бывшей царской армии идти на службу к большевикам, сделавшим все, что было в их силах для разложения старой армии. Троцкий объявляет мобилизацию всех бывших офицеров и унтер-офицеров: уклонение от мобилизации влекло за собой заключение в концлагерь, семьи брались в заложники. Использование страха было важным элементом теоретических взглядов Троцкого. «Устрашение, — писал он, — есть могущественное средство политики, и международной и внутренней. Война, как и революция, основана на устрашении. Победоносная война истребляет по общему правилу лишь незначительную часть побежденной армии, устрашая остальных, сламывая их волю. Так же действует революция: она убивает единицы, устрашает тысячи». Если принять как логическую фигуру разговор о «единицах» и «тысячах», в действительности речь шла о миллионах в одном случае и десятках миллионов в другом, Троцкий отлично сформулировал идею террора, лежавшую в основе советской политики: убивать для того, чтобы сломить волю оставленных в живых.

Отправляясь на фронт после падения Казани, Троцкий подписывает приказ, в котором предупреждает: никакой пощады врагам народа, агентам иностранного империализма, наемникам буржуазии Он предупреждает: в поезде народного комиссара по военным делам, в котором пишется приказ, работает военно-революционный трибунал с неограниченными полномочиями, в Муроме, Арзамасе, Свияжске создаются концентрационные лагеря. Прибыв в Свияжск, расположенный на западном берегу Волги, напротив Казани, Троцкий приводит в порядок 5 армию. Демонстрируя свою железную руку, наркомвоенмор приказывает расстрелять командира отступившего без приказа полка и полкового комиссара, Пантелеева. Расстрел командира полка не вызвал никаких комментариев, расстрел комиссара (подлинное кощунство в глазах коммунистов — убийство своего) дебатировался на протяжении всей Гражданской войны и позднее был одним из главных доводов «бонапартистских» стремлений Троцкого.

Беспощадные действия Троцкого дают результат. 10 сентября Казань была отбита. К началу октября весь район Волги был в руках Красной армии. К этому времени она насчитывает более полумиллиона человек, в конце года ее численность достигнет миллиона. Меняется характер армии. Командиры больше не выбираются, а назначаются. Все бойцы и командиры принимают сочиненную Троцким присягу. Она начинается словами: Я, сын трудового народа... и кончается ...если нарушу эту присягу пусть покарает меня неумолимая рука революционного закона. Создание массовой профессиональной армии идет под лозунгами мира во всем мире: «Цель социализма, — пишет Троцкий в преамбуле к плану строительства армии, — всеобщее разоружение, вечный мир, братское сотрудничество всех народов, населяющих землю».

Массовая профессиональная армия не могла существовать и воевать без военных специалистов. Троцкий строит революционную армию, используя офицерство, объявленное врагом революции. Незначительная часть офицерского корпуса и генералитета идет добровольно служить советской власти. В числе первых идет в Красную армию генерал М. Д. Бонч-Бруевич, командовавший северным фронтом, брат управляющего делами Совнаркома. Троцкий поручает ему создание Генерального штаба. Переходит на сторону большевиков — еще при Временном правительстве — генерал Н.М. Потапов, помощник начальника Главного штаба и генерал квартирмейстер. Часть профессиональных военных рассматривает службу в Красной армии, как возможность осуществить на практике свои стратегические и тактические идеи, неосуществленные по разным причинам в годы мировой войны. Английский историк отмечает, что ядро командования Красной армии в 1918—19 годах составили офицеры брусиловского штаба времен знаменитого наступления в 1916 году. Генерал Клембовский, главный инженер фронта Величко, главный инженер восьмой армии Карбышев, начальник артиллерии девятой армии Кирей, многие дивизионные командиры пошли служить в Красную армию, выражая свое неудовольствие командованием царской Ставки. Подавляющая часть офицеров была мобилизована и вынуждена служить советской власти. Политика Троцкого, основанная на широком использовании военных специалистов, встречала резкое сопротивление среди большевистских руководителей. Против Троцкого объединились руководитель военного отдела ЦК Лашевич, председатель Северной коммуны, хозяин Петрограда Зиновьев, представитель ЦК на южном фронте Сталин. Противники Троцкого не возражали против самого принципа использования военных специалистов, они утверждали только, что их следует использовать в «роли наших денщиков», а когда в них минет необходимость, они будут выброшены, как «выжатый и ненужный больше лимон». Генерал Новицкий добровольно пошедший служить в Красную армию, в открытом письме Троцкому заявлял, что он не хочет сотрудничать с властью, которая намерена «выжать его как лимон», а потом выбросить. Троцкий ответил заверениями в уважении к офицерам «добросовестно работающим в трудных условиях». Ленин склонялся на сторону противников Троцкого и в марте 1919 года посоветовал наркомвоенмору очистить армию от бывших офицеров и назначить Лашевича главнокомандующим. Ленин был несказанно удивлен, услышав, что в Красной армии служит более 30 тысяч офицеров, без которых армия существовать не может. Реалист Ленин немедленно признает правоту Троцкого и публично выражает свое восхищение оригинальным методом строительства коммунизма из кирпичей старого режима. Ловкость советской власти, сумевшей использовать русских генералов и офицеров, хвалит и генерал Деникин.

Метод Троцкого заключался в массовом использовании военных специалистов, поставленных под постоянный надзор комиссаров. «Комиссар впервые выплыл на сцену в качестве советского контролера». Каждый приказ должен был быть подписан комиссаром. Комиссары имели право отстранить командира, военрука по номенклатуре 1918 года, или арестовать его. Троцкий, с присушим ему пафосом, назвал комиссаров «новым коммунистическим орденом самураев, члены которого не пользуясь никакими привилегиями касты, умеют умирать и учат других умирать за дело рабочего класса». Комиссары умирали и учили умирать, но главной их задачей было, оставаясь «пролетарским оком» и контролируя военных специалистов, укрощать «стихию», вводить революцию в рамки. От комиссара, как от самурая, требуется прежде всего — верность. Образцом деятельности комиссара, человека, который ничего не умеет, но все может, ибо располагает неограниченными полномочиями, является история укрощения вольнолюбивого крестьянского вожака, ставшего командиром, история Чапаева, рассказанная Д. Фурмановым.

Оккупация Украины немцами дает возможность белым генералам сформировать значительные воинские соединения. В середине 1918 года крупнейшей антибольшевистской силой является Донская армия генерала Краснова. Взяв Новочеркасск казаки перестают интересоваться Москвой и Россией. Их основная забота — обуздание иногородних. Добровольческая армия насчитывает летом 1918 года — 8-9 тысяч бойцов. Между двумя антибольшевистскими армиями идут постоянные споры политического и стратегического характера. В то время, когда Краснов предпринимает наступление на Царицын, Деникин начинает вторую кубанскую кампанию. Две антисоветские армии не могут согласовать ни своей стратегии, ни даже тактики. Они одерживают победы в разных направлениях и в разное время. И позволяют себя бить порознь. Деникин разбивает осенью 1918 года северо-кавказскую одиннадцатую армию, к этому времени Красная армия побеждает на Восточном фронте. В январе 1919 года донские казаки снимают осаду Царицына. Деникин объявляет мобилизацию всех офицеров моложе 40 лет, проживающих на территории, занятой Добровольческой армией. Белая армия увеличивается, но перестает быть Добровольческой, теряет однородность своего состава. 8 января 1919 года, по соглашению с атаманами Донского и Кубанского войск, генерал Деникин становится главнокомандующим вооруженными силами Юга России. Впервые возникает армия, имеющая общенациональную цель: освобождение страны от большевистской власти.