О состоянии здоровья мальчика Иоанна достоверных сведений почти не сохранилось. Известен рапорт барона Корфа на имя императрицы от 10 августа 1744 г. о том, что по приезде в Раненбург он нашёл ребёнка «больным от дурного качества питья». История сохранила фамилию врача, осуществлявшего медицинское обслуживание Брауншвейгской фамилии, — штаб-хирург Манзей. Лейб-медик императрицы Елизаветы Петровны Лесток авторитетно говорил в феврале 1742 г. французскому посланнику Шетарди, что Иван мал не по возрасту и что он «должен неминуемо умереть при первом несерьёзном нездоровье».

О болезнях экс-императора в бытность его узником в Холмогорах также известно немногое. В восемь лет он перенёс корь и оспу. Комендант, видя всю тяжесть его состояния, запросил Петербург, можно ли допустить к ребёнку врача, а если будет умирать, то и священника. Ответ был: допустить можно, но только монаха и только в последний час для приобщения Святых Тайн. В переписке охранников с Кабинетом императрицы отражены случаи частых его недомоганий без конкретной расшифровки их сути. Видимо, правительство рассчитывало, что слабый и болезненный мальчик не вынесет тягот заключения и умрёт «своей смертью». Однако генотип ребёнка оказался сильнее жизненных невзгод.

26 января 1756 г. Ивана Антоновича тайно перевезли в Шлиссельбургскую крепость, где он находился до самой своей гибели 4 июля 1764 г. Естественно, что двадцатилетнее одиночное заключение не могло способствовать развитию личности ребёнка. Е.В. Анисимов приводит рассказ одного из современников, видевшего Ивана Антоновича, когда тому было больше двадцати лет: «Иоанн был очень белокур, даже рыж, роста среднего, очень бел лицом, с орлиным носом, имел большие глаза и заикался. Разум его был повреждён, он говорил, что Иоанн умер, а он же сам — Святой Дух. Он возбуждал к себе сострадание, одет был худо».

Как сообщали охранявшие его капитан Власьев и поручик Чекин, Иван Антонович «косноязычен до такой степени, что даже и те, кои непрестанно видели и слышали его, с трудом могли его понимать. Для сделания выговариваемых им слов хоть несколько вразумительными он принуждён был поддерживать рукой подбородок и поднимать его кверху. Умственные способности его были расстроены, он не имел ни малейшей памяти, никакого ни о чём понятия, ни о радости, ни о горести, ни особенной к чему-либо склонности».

Ночью 4 июля 1764 г. во время неудачной попытки, предпринятой подпоручиком Смоленского полка Мировичем, освободить Ивана Антоновича из крепости тот, согласно данной заранее инструкции, был умертвлён охранявшими экс-императора Власьевым и Чекиным, которым не удалось сразу убить его. Раненный в ногу ударом шпаги, он отчаянно сопротивлялся. В спешке его кололи куда попало, пока Власьев не нанёс смертельного удара.

Место захоронения Ивана Антоновича точно не известно. Пытаясь разгадать эту тайну, Ю.А. Молин приводит выписку из Историко-статистического описания первоклассного Тихвинского Богородицкого Большого мужского монастыря (СПб., 1859 г. CXXX): (тело Иоанна Антоновича) «было поставлено в церкви Шлиссельбургской крепости. Со всех сторон стекался народ видеть его и пролить слёзы сожаления. Посещение ко гробу так умножилось, что велено было тело запереть и после перевезти оное в Тихвинский монастырь, находящийся в 200 верстах от Санкт-Петербурга».

Император Пётр III (1728–1762) пробыл на российском троне всего 186 дней — от рождественского полудня 25 декабря 1761 г. до утреннего часа 28 июня 1762 г., когда в результате государственного переворота на престол вступила его жена — Екатерина II. Он даже не успел короноваться на царство. Бывшего самодержца арестовали и под конвоем препроводили в Ропшу, где 6 июля брат фаворита новой императрицы и один из руководителей переворота А.Г. Орлов задушил его своим офицерским шарфом.

Пётр III вообще не отличался крепким здоровьем. Сразу же по прибытии в Ропшу на почве нервных переживаний наступило резкое ухудшение его состояния. Андрей Шумахер сообщает: «При своём первом появлении в Ропше он уже был слаб и жалок. У него тотчас же прекратилось сварение пищи, обычно проявляющееся несколько раз на дню («медвежья болезнь» наоборот. — Б.Н.), и его стали мучить почти непрерывные головные боли».

Курьер с извещением о болезни Петра III прибыл в Петербург только 1 июля. Он передал желание больного, чтобы в Ропшу приехал его лечащий врач голландец Людерс. Однако врач, державший, очевидно, нос по ветру, отказался ехать (неслыханный случай в медицинской практике!) и ограничился лишь тем, что выслушал симптомы болезни и выписал лекарства. Однако императрица всё-таки велела Людерсу отправиться в Ропшу. Людерс собирался, явно не спеша, и прибыл в Ропшу только 3 июля, когда состояние здоровья узника резко ухудшилось. На другой день к больному выехал ещё один врач — придворный хирург Паульсен, который был отправлен не с лекарствами, а с хирургическими инструментами (Н. Павленко уточняет: «Для вскрытия»).

Через два года после приезда в Россию будущий император Пётр III перенёс тяжёлую болезнь. Некоторые симптомы — «гнойная короста», выраженная лихорадка, относительно недолгое течение заболевания, а также сам факт выздоровления — позволили Ю.А. Молину предположить, что это была не натуральная оспа, как считают некоторые историки, а ветряная, протекающая обычно у подростков и взрослых тяжело, но с благоприятным для жизни прогнозом. С тех пор «оспинки» навсегда украсили лицо Петра III. Его внешность всегда была очень заурядной: небольшой рост, хрупкое телосложение, узкие плечи и выпирающий живот.

7 июля 1762 г. был обнародован манифест (№ 11599), в котором объявлялось: «Бывший император Пётр Третий обыкновенным и часто случавшимся ему припадком геморроидическим впал в прежестокую колику. Чего ради… тотчас повелели отправить к нему всё, что потребно было к предупреждению следств из того приключений, опасных в здравии его, и к скорому вспоможению врачеванием. Но к крайнему нашему прискорбию и смущению, вчерашнего дня получили мы другое, что он волею всевышнего Бога скончался».

Екатерина II говорила своему фавориту Станиславу Понятовскому: «Его свалил геморроидальный колик вместе с приливами крови к мозгу; он был два дня в этом состоянии, за которыми последовала страшная слабость, и несмотря на усиленную помощь докторов, он испустил дух. Я опасалась, не отравили ли его офицеры (опять отравление! — Б.Н.). Я велела его вскрыть, но вполне удостоверено, что не нашли ни малейшего следа отравления (что вполне естественно, так как государя не отравили, а задушили. — Б.Н.); он имел вполне здоровый желудок, но умер от воспаления в кишках и апоплексического удара (версия, пригодившаяся для объяснения причины внезапной смерти его сына — императора Павла I. — Б.Н.). Его сердце было необычайно мало и совсем сморщилось».

Проверить это высказывание Екатерины II невозможно: описания вскрытия трупа не сохранилось, отсутствует и медицинское заключение о смерти Петра III. Тем не менее можно предположить, что придворные медики привлекались к составлению официальных документов о смерти Петра III хотя бы в качестве консультантов, но не их вина в том, что те носили неправдоподобный, фантастический характер, представляя своего рода «амальгаму», в которой были использованы некоторые подлинные данные о его болезни, долженствовавшие, по замыслу их создателей, прикрыть истинную причину смерти Петра III.

Несмотря на то что Романовы умели хранить свои тайны, слухи об истинной причине смерти Петра III всё же широко распространились по России и даже вышли за её пределы. Например, знаменитый французский энциклопедист Ж. Даламбер, отказавшийся от приглашения Екатерины II стать воспитателем наследника цесаревича Павла, писал Вольтеру, намекая на «геморроидальные колики», от которых, по официальной версии, умер Пётр III: «Я очень подвержен геморрою, а он слишком опасен в этой стране», то есть в России.

Некоторые затруднения возникли и у иерархов православной церкви в отношении формы поминовения покойного императора, поскольку он умер — по вполне понятным причинам — без надлежащего церковного покаяния.