По сравнению с Me 163А у боевого Me 163B заметным изменениям подвергся фюзеляж. Липпиш разработал новый фюзеляж из алюминия. Габариты фюзеляжа возросли. Это объяснялось необходимостью вместить баки увеличенного объема и больший по размерам двигатель. В кабине самолета смонтировали дополнительное оборудование, необходимое в бою. Поскольку размеры фюзеляжа диктовались необходимым объемом топливных баков, размеры кабины оказались больше, чем того требовалось для пилота. Аэродинамическая схема крыла не изменилась, лишь его конструкцию усилили и немного изменили силуэт.

Поскольку Хайни Диттмар уже просто физически не успевал облетывать все растущее число прототипов, к проекту снова подключился Рудольф Опиц. В прошлом Опиц также летал на планерах и сотрудничал с Липпишем в бытность его работником DFS, а с начала 40-х годов Опиц служил инструктором в планерной школе Fliegerschule 4 fuer Lastensegler. Еще ранней весной 1941 года Липпиш пробовал привлечь Опица в свою команду, но удалось это сделать лишь в мае 1941 года с помощью генерала Удета.

Работы над Me 163А шли параллельно. Поведение машины в ходе рекордного полета Диттмара, а также случившаяся потеря управления безмоторного прототипа V6 заставили Липпиша изменить конструкцию крыла и оснастить его предкрылками. Предкрылки использовались неподвижные, с малым сопротивлением, так называемые предкрылки «С», разработанные И. Губертом, одним из конструкторов команды Липпиша. В прошлом случалось, что «Komet» входил в самопроизвольный штопор при больших скоростях, с появлением предкрылков эти явления полностью прекратились. Одновременно с этим улучшились и остальные летные качества самолета.

Предкрылки увеличили аэродинамическое сопротивление самолета всего на 2,5 %, что было более чем приемлемо, учитывая их значительный положительный эффект. Аналогичные изменения внесли и в конструкцию крыла боевой версии самолета.

Для пилотов Me 163B требовалось дополнительное обучение. В качестве учебных было решено использовать машины Me 163А. С этой целью RLM выдало заказ на сборку еще пяти Me 163 А на фирме Wolf Hirth Segelflugzeugbau, Геттинген. Эти пять машин строились в соответствии с последними изменениями в конструкции крыла.

Me 163В, вероятно снятый уже после войны на территории США.

Me 163В (V8), выпущенный заводом Мессершмитта.

Тем временем сохранялись высокие шансы на скорый ввод в строй боевых машин Me 163B. Проект имел высокий приоритет, а это означало отсутствие каких-либо проблем с материалами, рабочей силой и т. п. Новый двигатель Вальтер планировал завершить в ближайшем будущем. Но 17 ноября 1941 года Удет покончил жизнь самоубийством. Сменивший его генерал Эрхард Мильх пересмотрел приоритеты. В числе попавших под сокращение был и «проект X».

Несмотря на сокращение финансирования, испытания в Пенемюнде продолжались. Летали на всех прототипах Me 163 А, в том числе на двух без моторов, доставленных в апреле 1943 года.

В конце 1941 года травму получил Диттмар. Он летел на Me 163А, оснащенным посадочными закрылками.

Me 163 на колесной тележке.

Me 163 V6, оснащенный двухкамерным двигателем.

Заходя на посадку, Диттмар приблизился к ангару, где стоял Липпиш, желая показать конструктору работу предкрылков на практике. Внезапно самолет свалился и рухнул на землю с высоты 2 метров. Диттмар получил контузию позвоночника и на два года вышел из строя. О том, что авария случилась в ноябре 1941 года, можно узнать из летной книжки самого Диттмара. В то же время во многих публикациях неверно сообщают о том, что авария случилась в начале 1942 года. В дальнейшем вся тяжесть испытаний Me 163 легла на плечи Опица.

Первый экземпляр Me 163B собрали в Аугсбурге, а остальные собирали в Регенсбурге. Там же проводили и частичную комплектацию машин. Самолеты от Me 163(V23) и до 70-го экземпляра отправляли на фирму Leichtflugzeugbau Klemm GmbH, где проводилась установка оборудования и, позднее, монтаж двигателей.

Облет Me 163B (VI) VD+EK состоялся 26 июня 1942 года в Лехфельде. Самолет без двигателя буксировал Bf 110. Через два дня в Киле на Walter Werke начались стендовые испытания двигателя R И-211 VI. К сожалению, ожидания, возлагаемые на новый двигатель, не оправдались. Мотор, обозначенный как HWK 109–509, мог работать на полной тяге лишь 4 минуты вместо предполагавшихся 13.

Me 163B VI и V2 не получили бензобаков и топливной системы. Полозья для посадки остались теми же, что и на Me 163А, то есть деревянными. По-прежнему отсутствовало хвостовое колесо, самолеты не оснащались закрылками.

Тем временем шли пробные полеты на уже готовых «Кометах». Me 163B V2 (VD+EL) был готов в середине июня 1942 года. Вскоре прошли испытания вооружения, установленного на самолете. Пилот в превосходной степени отозвался о поведении самолета в воздухе, несмотря на то, что машина была полностью загружена балластом. О том, каковы были летные свойства «Кометы», можно судить из следующего события. Опиц во время полетов на одном из прототипов поднялся на высоту 8000 метров. Затем он отцепился от буксировщика и разогнал планирующую машину до 800 км/ч. В этот момент он выпустил тормозной парашют (парашют устанавливали на Me 163 потому, что на скоростях более 450 км/ч пилот не мог покинуть кабину в случае аварии). Затормозив, Опиц попытался сбросить ставший не нужным парашют, но механизм сброса не сработал. Покинуть кабину пилот также не мог, так как неминуемо попал бы в развернутый за хвостом купол парашюта. Ничего не оставалось, как садиться с выпущенным парашютом. Оказалось, что это сделать было не так трудно, и Опиц благополучно приземлился. Самолет повреждений не получил.

В апреле 1942 года Рейхсминистерство авиации отозвало из действующей армии капитана Вольфганга Шпете, опытного пилота планеров и летчика-истребителя, и назначило его на должность координатора проекта Me 163.

Но главной задачей Шпете стало убеждать официальных лиц разного уровня в необходимости продолжать работу над проектом. Провал с созданием двигателя вызвал охлаждение интереса к машине. Шпете постоянно курсировал между заводами Мессершмитта, где шла сборка очередных самолетов, предприятием в Киле, где пытались создать новый двигатель, а также фирмой Klemm, где шла подготовка к серийному выпуску самолетов.

Шпете также разыскивал пилотов для боевой части. Эта часть должна была называться Erprobungskommando 16(EK16)/.

Летом 1942 года к учебным полетам на Me 163А приступили обер-лейтенант Йоши Пёс, обер-лейтенант Иоганнес Киль, обер-лейтенант Герберт Лангер и капитан Тони Талер. Первым завершил курс Пёс, который тут же стал обучать начинающих коллег.

Подготовка пилотов шла без серьезных происшествий. Тем временем машину продемонстрировали руководству люфтваффе и Альберту Шпееру. Они наблюдали групповой старт трех Me 163А. Ведущим был Шпете, а ведомыми Опиц и Пёс. Демонстрация показала все возможности «Кометы», Шпеер разрешил продолжить работу.

Летом в число летчиков-испытателей вошла известная летчица Ганна Райч. Она получила допуск к полетам на Me 163А с мотором и на Me 163B без мотора. Но вскоре она разбила Me 163B(V5) и сама получила ранения. Все опубликованные материалы, касающиеся этой катастрофы, свидетельствовали о проблемах в конструкции самолета. Это могло привести к запрету на полеты. Опиц, который буксировал «Комету» во время неудачного полета, заявил, что причиной аварии стала ошибка летчицы. Райч не смогла сразу после взлета сбросить колесную тележку. Вместо того, чтобы набрать высоту и там попытаться найти выход из ситуации, летчица отцепила буксировочный трос и попыталась приземлиться, воспользовавшись оставшейся тележкой. Во время посадки Райч выбросило из кресла, и она получила серьезные травмы головы, для лечения которых пришлось полгода пролежать в госпитале и перенести две пластические операции.