Среднюю часть корпуса бронекатера занимала бронированная цитадель. Там размещались подбашенные отсеки с боезапасом, машинное отделение, топливные баки, радиорубка. Топливные баки прикрывались двойной защитой (14 мм) — два броневых листа склепывались между собой. Броневые листы служили палубой и броневой наружной обшивкой, опускаясь на 200 мм ниже ватерлинии. Таким образом, конструкции цитадели одновременно обеспечивали и общую прочность корпуса.
Над цитаделью в броневой боевой (ходовой) рубке располагался пост управления кораблем. Связь с машинным отделением осуществлялась при помощи переговорной трубы и машинного телеграфа, а с артиллерийскими и пулеметными башнями — посредством телефона (на кораблях постройки военных лет).
Бронекатер проекта 1124 имел девять водонепроницаемых поперечных переборок, а проекта 1125 — восемь. Во всех переборках имелись люки, что обеспечивало проход в любой отсек без опасного во время боя появления на палубе. Наличие люков в переборках нарушало хрестоматийное правило проектирования боевых кораблей, однако, как показал опыт боев, было полностью оправдано. Все эти лазы располагались выше расчетной аварийной линии затопления и закрывались водонепроницаемыми крышками, на траверзах цитадели — броневыми.
Обводы бронекатеров проектов 1124 и 1125 были сходны. Чтобы обеспечить малую осадку, корпуса сделали практически плоскодонными с вертикальными бортами. Это исключило необходимость гнуть броневые листы, что очень упростило технологию.
Для обоих типов катеров характерен плавный подъем килевой линии в носу. Это позволяло катеру подходить носом к берегу почти впритык, что значительно упрощало высадку десанта.
На бронекатерах, построенных до 1939 г., на малых и средних ходах из-за малого развала бортов сильно заливало носовую часть верхней палубы (до носовой рубки). На уже построенных катерах пришлось наваривать в носовой части листы, увеличивающие развал шпангоутов, и установить фальшборт. При корректировке проектов в 1938 г. носовым шпангоутам был придан сильный изгиб по скуле.
Жилые помещения имели высоту от настила пола до кромок подпалубного набора: на бронекатерах проекта 1124 — около 1550 мм, а на бронекатерах проекта 1125— около 1150 мм. Выпрямиться, встав во весь рост, было нельзя. Площадь самого большого девятиместного кубрика была меньше 14 кв. м. Он был буквально забит рундуками, подвесными койками и складными столами. На малом бронекатере кубрик был только один, так что пришлось размещать подвесные койки в обоих пулеметных отсеках. Естественно, условия обитания на катерах были ужасными.
Палуба и борта изолировались крошеной пробкой. Вентиляция была естественной. Жилые отсеки отапливались горячей водой от системы охлаждения двигателей и имели естественное освещение (бортовые иллюминаторы с водонепроницаемыми крышками). В лобовой стенке рубки имелось окно (1000—300 мм) с триплексным стеклом. Кроме того, имелись иллюминаторы в задней стенке и броневых дверях рубки. Окна закрывались бронещитками с узкими (130— 3 мм) смотровыми щелями.
Диаметр циркуляции составлял около трех длин корпуса. Бронекатер проекта 1124, имевший двухвальную установку, разворачивался практически на месте и без руля.
Первые серии катеров проектов 1124 и 1125 оснащались двигателями ГАМ-34БП. Большой бронекатер имел два двигателя, малый — один. Двигатель ГАМ-34 (глиссерный Александра Микулина) был создан на базе четырехтактного 12цилиндрового авиационного двигателя АМ-34. В глиссерном варианте был добавлен реверс-редуктор для понижения числа оборотов и реверса. В качестве топлива использовался бензин Б-70. Максимальная мощность двигателей (800 л. с. у ГАМ-34БП и 850 л. с. у ГАМ-34БС) достигалась при 1850 об/мин. При этом числе оборотов достигался самый полный ход.
Согласно инструкции завода № 24 (изготовителя двигателя) разрешалось иметь число оборотов свыше 1800 в течение не более одного часа, и то только в боевой обстановке. Максимальное число оборотов двигателя в действиях боевой подготовки разрешалось не свыше 1600 об./мин.
Исправный мотор запускался через 6—8 секунд после включения. Максимально допустимое число оборотов на заднем ходу — 1200. Время работы двигателя на задний ход — 3 минуты.
После 150 часов работы нового мотора требовалась его полная переборка.
Движение бронекатеров на максимальной скорости соответствовало режиму, переходному от водоизмещающего плавания к глиссированию. При этом сопротивление воды резко возрастало. Для дальнейшего увеличения скорости пришлось бы перейти на глиссирование, а для этого при тех же двигателях пришлось бы существенно уменьшить вес бронекатера, то есть пожертвовать вооружением и броней.
Бензин хранился в четырех на бронекатерах проекта 1124 и в трех на бронекатерах проекта 1125 вкладных стальных бензобаках, размещенных в наиболее защищенном месте — под боевой рубкой.
Для предотвращения взрывов паров бензина при повреждении топливной цистерны инженер Шатерников разработал оригинальную систему противопожарной защиты — отработанные газы охлаждались в конденсаторе и снова подавались в цистерну, разделенную на несколько отсеков, после чего удалялись за борт. Для снижения шумности применялся подводный выхлоп. Бортовая электрическая сеть питалась от генераторов, навешанных на главный двигатель и аккумуляторы. На бронекатерах проекта 1124 дополнительно устанавливались трехкиловаттные генераторы, работающие от автомобильного мотора (обычно ЗИС-5).
С 1942 г. большинство бронекатеров проектов 1124 и 1125 оснащались импортными четырехтактными двигателями «Холлскотт» мощностью 900 л. с. и «Паккард» мощностью 1200 л. с. Эти двигатели были более надежны, чем ГАМ-34, но требовали более высокой квалификации обслуживающего персонала и лучшего бензина (марки Б-87 и Б-100).
В годы войны бронекатера с двигателями ГАМ-34 получили название 1124-1 и 1125-1, с двигателями «Холлскотт» — 1124-И и 1125-П, а с двигателями «Паккард» — 1124-Ш и 1125-III. (Данные бронекатеров проектов 1124 и 1125 см. в Приложении).
Кроме бронекатеров проектов 1124 и 1125 в составе нашего флота было и восемь бронекатеров типа С-40.
Проектирование этих катеров было начато в 1938 г. по техническому заданию НКВД в ЦКБ-50. Катера С-40 предназначались для реки Аму-Дарья. Главным конструктором проекта был назначен Б.Н. Четверников. Бронекатер проекта С-40 был создан на базе проекта 1125, и по внешнему виду их практически нельзя было отличить. Чтобы выдержать ограничения по осадке, конструкторам пришлось несколько увеличить длину и ширину катера. Основное различие между проектами 1125 и С-40 было в двигателе. На С-40 был установлен не один бензиновый двигатель ГАМ, а два танковых дизеля В-2. 12цилиндровый V-образный дизельный двигатель В-2 на танках Т-34 развивал мощность до 500 л. с, но фактически на бронекатерах проекта С-40 его мощность ограничивалась 400 л.с.
Первоначально катер С-40 должен был быть вооружен одной 76-мм пушкой обр. 1927/32 г. в башне Т-28, но позже решено было устанавливать башни от танка Т-34.
Учитывая особенность Аму-Дарьи (илистое дно и загрязненная вода) для дизелей на С-40 был сделан замкнутый цикл водяного охлаждения с забортными радиаторами.