В начале апреля 1944 г. люфтваффе имели только одну истребительную группу II./SG2 «Иммельман» (Immelmann), которая находилась на аэродроме мыса Херсонес. Вместе с ней там размещались эскадрильи JG52, которые были оснащены 30 истребителями «Мес-сершмитт» (Messerschmitt) Bf-109G-6, двумя штурмовыми группами II./SG2, имевшими 17 истребителей «Фокке-Вульф» (Focke-Wulf) FW-190, 9 штурмовиков «Хеншель» (Henschel) HS-129B-1, и III./SG2, оснащенную 39 пикирующими бомбардировщиками «Юнкере» (Junkers) Ju-87D. Истребители защищали воздушное пространство над Севастополем, в районе портовых причалов, а также участвовали в воздушных боях. Штурмовики атаковали прорвавшиеся советские бронетанковые колонны и артиллерийские батареи на территории Крыма [8].
Доставка грузов и вывоз раненых военно-транспортными самолетами «Юнкере» (Junkers) Ju-52, осуществляла группы II. и III./TG3, I/TG1,1. и II. /TG2,1./TG4. В общей сложности все транспортные подразделения германского 4-го воздушного флота, которые были привлечены весной 1944 г. для эвакуации войск из Крыма (из восточной части Румынии), состояли из 12 авиагрупп Ju-52, а также отдельные TGr.30 и I./LLG1, оснащенные самолетами «Хейнкель» (Heinkel) НЕ-111. Так, авиагруппа TGr.30 в течение месяца с 12 апреля по 12 мая выполнила 765 самолето-вылетов в Крым и обратно, потеряв при этом шесть Не-111 по боевым причинам. Кроме того воздушные перевозки проводили три отряда военно-транспортной авиации Румынии (105-й, 106-й, 107-й) [9].
Немецкое командование 17-й армии приняло меры к созданию сильных оборонительных рубежей, особенно на важнейших направлениях, где ожидалось наступление советских войск.
В районе Перекопа противник создал на узком участке перешейка протяженностью до 14 км, глубиной до 35 км три сильные полосы обороны, занимаемой 50-й пехотной дивизией, четырьмя отдельными батальонами и специальными частями, общей численностью до 20 тысяч солдат и офицеров, 325 орудий и минометов.
Главная оборонительная полоса, глубиной 4—6 км, имела три оборонительных позиции с траншеями полного профиля, дотами и дзотами. Центром обороны являлся Армянск, который советским танкистам не удалось захватить в ноябре 1943 г. С севера город прикрывал глубокий противотанковый ров, местность повсюду была сильно минирована и простреливалась огнем противотанковых орудий. На улицах Армянска были сооружены баррикады, здания приспособлены к круговой обороне, ходы сообщения соединили город с ближайшими населенными пунктами.
Между Каркинитским заливом и озерами Старое и Красное, в южной части Перекопского перешейка, шла вторая полоса обороны противника, глубиной от 6 до 8 км. Здесь имелись 2 позиции, между которыми находился противотанковый ров, многочисленные минные поля и инженерные заграждения. Оборона опиралась на Ишуньские позиции.
Третья полоса обороны (строительство которой к началу операции закончено не было) проходила по реке Чатырлык. В промежутках между этими полосами противник создал отдельные узлы обороны и опорные пункты, использовал усиленное минирование местности.
На побережье Каркинитского залива была организована противодесантная оборона. Генерал Э. Енеке ожидал, что главный удар войска 4-ш Украинского фронта будут наносить именно через Перекопский перешеек, где, по его мнению, находился советский 19-й танковый корпус.
На южном берегу Сиваша перед войсками 51-й армии противник создал две-три оборонительные полосы глубиной 15—17 км. Здесь оборону держали 336-я немецкая и 10-я румынская пехотные дивизии. Оборона проходила по перешейкам четырех озер и имела общую протяженность по сухопутью всего 10 км, за счет чего достигалась высокая плотность живой силы, техники и оружия. Местность также усиленно минировалась, насыщалась многочисленными дотами, дзотами, проволочными заграждениями и другими инженерными сооружениями. Для обороны побережья Крыма с 1943 г. применялось 15 легких, 5 средних и одна тяжелая батарея береговой артиллерии (601-й морской артиллерийский дивизион в районе Севастополя, 602-й в районе Феодосии, 613-й в Керченском проливе и 614-й на северном побережье) [4].
На Керченском полуострове оборона 5-го немецкого корпуса состояла из четырех оборонительных полос:
главной полосы, опирающейся на г. Керчь, являвшийся мощным узлом сопротивления, высоты, идущие от Керчи на север через населенный пункт Булганак (ныне Бондаренково), высоту 103,9, высоту 136,0;
второй полосы, которая проходила от берега Азовского моря (д. Аджибай, ныне Новоотрадное), далее вдоль Турецкого вала на юг, до озера Узунларского;
третьей полосы, проходившей восточнее населенных пунктов Семи Колодезей, Кенегез (ныне Красногорка), Адык, Обекчи, Карасан (ныне не существуют);
четвертой, построенной на Ак-Монайском перешейке и укрепленной не хуже, чем главная полоса. Общая глубина немецкой обороны составляла около 70 км [1, с. 164].
На северном и южном побережье противодесантную оборону обеспечивали румынские подразделения, охранявшие южное побережье и подступы со стороны Азовского моря. Их подразделения, как и занявшие рубежи в восточной части батальоны 98-й и 73-й пехотных дивизий, располагались в окопах и блиндажах опорных пунктов, сторожевых постах, с сооружениями полевого типа, которые дооборудовались и усовершенствовались уже при отражении наступления советских частей в конце 1943—1944 гг.
Организация оборонительных позиций производилась по установленной схеме, которая включала передовые линии (Vorgeschobene) и боевое охранение (Gefechtsvorposten), которое обычно находилось в ведении командира всего участка обороны. Ширина и глубина обороны зависели от особенностей местности или соотношения сил пехотной дивизии и частей противника. Стандартные секторы (которые не всегда соблюдались в районе Керчи): для взвода — 200—500 метров, для роты — 400—1000 метров, для батальона — 800—2000 метров, для полка — 2000—3000 метров, для дивизии — 6000—10 000 метров [10, с. 199]. Главная полоса обороны немецких пехотных дивизий в районе Керчи включала: траншеи в два три ряда, оборудованные ячейками для стрелков, площадками для пулеметов, огневые позиции артиллерии и минометов, ДЗОТы, ДОТы. Перед передним краем были установлены минные поля, проволочные заграждения. Для отдыха и укрытия живой силы во время артналетов на обратных скатах высот и на внутренних скатах оврагов и лощин немецкие пехотинцы рыли себе землянки или отдельные полуоткрытые гнезда, связывая их с окопами и ходами сообщения. Разведка и наблюдение за полем боя были беспрерывными, НП артиллерии располагались в местах и пунктах с хорошим обзором. Связь была по телефону или радио. Штурмовые орудия StuG III применялись в обороне небольшими группами. Они тесно взаимодействовали с пехотой, обороняя узлы сопротивления и опорные пункты.
Располагая большую часть автоматического оружия пехоты и легкие минометы непосредственно на переднем крае или вблизи него, немецкие пехотинцы добивались хорошего обстрела всей впереди лежащей местности, при этом наиболее вероятные подступы держались под многослойным огнем. Ночью местность перед передним краем систематически освещалась ракетами, прожекторами и обстреливалась трассирующими пулями. Артиллерийские позиции в глубине обороны располагались в опорных пунктах и узлах обороны. Кроме основной позиции для каждой батареи устраивались одна-две запасные. Побережье было минировано и обнесено проволочными заграждениями.
Гора Митридат в Керчи была превращена в укрепрайон с ДОТами, ДЗОТами, траншеями в полный профиль, пулеметными площадками, ходами сообщения. Командные пункты, склады боеприпасов прикрывались огнем зенитной артиллерии.
В тактической глубине обороны были созданы немецкие заградительные отряды, с тем чтобы не допустить несанкционированного отхода солдат с занимаемых позиций, заставить их сопротивляться и в случае надобности применять оружие против своих войск. Так было 16 марта, когда 5-й батальон 3-й горно-стрелковой дивизии румын под огнем советской артиллерии и пехоты дрогнул и побежал, заградо-тряды немцев открыли огонь по отходящим подразделениям румын. При этом много румын было убито и ранено. В их числе были ранены командир 3-й роты капитан Янку, командир пулеметного взвода 4-й роты лейтенант Сима [1, с. 160].