Перший підняв го­лос про­ти гетьма­на йо­го дав­ний при­ятель ар­хієрей Ме­то­дій з київським ду­хо­венст­вом. Ме­то­дій 22-го лю­то­го, 1666 ро­ку, з пе­черським ар­хіманд­ри­том, з ігу­ме­на­ми мо­нас­тирів прий­шов до мос­ковсько­го воєво­ди Пет­ра Ше­ре­метьєва, що тоді сидів в Києві і про­сив, щоб він доз­во­лив по­да­ти до ца­ря просьбу, щоб цар не од­ні­мав од ду­хо­венст­ва дав­ніх прав та вольнос­тей. Ме­то­дій го­во­рив, що київське ду­хо­венст­во про­си­ло Бру­хо­вецько­го доз­во­ли­ти виб­ра­ти мит­ро­полита в Києві по ста­ро­му зви­чаю, вольни­ми го­ло­са­ми од ду­хо­венст­ва, го­ро­дян і ко­заків, а гетьман од­пи­сав, що в Київ цар приш­ле мит­ро­полита з Моск­ви. Ме­то­дій го­во­рив га­ря­че, роз­па­лився, а далі ска­зав: Як тільки цар не доз­во­лить нам виб­ра­ти мит­ро­полита вольни­ми го­ло­са­ми з ук­раїнських ар­хієреїв та приш­ле з Моск­ви го­то­во­го, то ми зап­ре­мося в ма­нас­ти­рях і хи­ба нас ви­во­ло­чуть звідтіль за шию та за но­ги, тоді тільки бу­де в Києві мос­ковський митрополит. От в Смо­ленсько­му нас­та­ви­ли з Моск­ви ар­хієрея Фі­ла­ре­та, а він уже по­од­ні­мав вольнос­ті од ду­хо­венства і зве Смольнян неп­ра­вос­лав­ни­ми, іновірця­ми. Ше­ре­ме­тьєв зас­по­коїв ду­хо­венст­во, але во­но вже ста­ло про­ти гетьма­на за те, що він, на свою ко­ристь, пос­ту­пився ца­реві пра­ва­ми ду­хо­венства. І справді Бру­хо­вецький по­чав од­ні­ма­ти од мо­нас­тирів маєтнос­ті й землі. В марті київське ду­хо­венст­во пос­ла­ло в Моск­ву ігу­ме­на Ме­ле­тія Дзіка про­си­ти в ца­ря доз­во­лу, виб­ра­ти собі митрополита вольни­ми го­ло­са­ми. Цар ска­зав, що він пос­лав лист в Ца­рег­рад, спи­та­ти про се діло пат­ріар­ха. Раз на обіді в Лаврі Ме­то­дій і всі ду­ховні, при мос­ковсько­му бо­яри­нові пря­мо ска­за­ли, що во­ни не прий­муть митрополита з Моск­ви, що Бру­хо­вецький їх лю­тий во­рог і їм не­потрібний, бо він заб­рав те­пер всю власть в свої ру­ки. Давні при­ятелі, Ме­то­дій та гетьман те­пер ста­ли во­ро­га­ми і пи­са­ли обид­ва лис­ти до ца­ря та об­го­во­рю­ва­ли один дру­го­го.

Разом з ду­хо­венст­вом незлю­би­ли Бру­хо­вецько­го го­ро­дя­ни-міща­ни. Бру­хо­вецький хотів од­ня­ти од міщан їх вольнос­ті і на­го­во­рю­вав на їх пе­ред ца­рем, що че­рез ті вольнос­ті міща­ни тяг­нуть до Польщі. Міща­ни по­винні бу­ли да­ва­ти ква­тирі для мос­ковсько­го війська, а гетьман при­ка­зу­вав міща­нам да­ва­ти ква­тирі й ко­за­кам. Міща­ни те­пер мусили пла­ти­ти по­дат­ки в царський скарб. В го­ро­ди наїха­ли мос­ковські ціло­вальни­ки і збира­ли з міщан по­дат­ки для ца­ря, а ко­за­ки бра­ли з їх збо­ри і в гетьманський скарб, ви­ди­ра­ли си­лою. Мос­ковський воєво­да Ше­ре­ме­тьєв, довідав­шись, що ко­за­ки збира­ють гроші з міщан в гетьманський скарб, на­пи­сав до йо­го і велів йо­му не зачіпа­ти міщан. В Пе­ре­яс­лаві Грек Іван Та­ма­ра збирав на пе­ре­возі пла­ту з проїзжих лю­дей для гетьманів. Те­пер мос­ковський воєво­да Ше­ре­метьєв звелів Та­марі збира­ти пла­ту для ца­ря. Та­ма­ра зібрав пятьсот кар­бо­ванців і хотів од­вез­ти гроші в Київ і по­да­ти че­рез Ше­ре­метьєва в Моск­ву, а Бру­хо­вецький звелів йо­му при­вез­ти гроші до се­бе в Га­дяч та ще й не п'ятсот, а ти­ся­чу кар­бо­ванців і на­ка­зу­вав, як тільки Та­ма­ра не при­ве­зе йо­му грошей, то він йо­му го­ло­ву зітне. Ко­за­ки од­ні­ма­ли од міщан мли­ни, бра­ли з їх підво­ди, а Мос­калі і собі забира­ли од їх підво­ди. Міща­нам ста­ло ду­же важ­ко. Го­ро­ди ста­ли про­ти гетьма­на.

Як тільки Бру­хо­вецький вер­нувся з Моск­ви бо­яри­ном, на йо­го по­ча­ли гри­ма­ти й ко­за­ки. Бру­хо­вецький, вер­нув­шись на Ук­раїну мос­ковським бо­яри­ном, став гор­дий до ко­заків, не­дос­туп­ний. Те­пер ко­за­ки вже не ви­би­ра­ли пол­ков­ників вольни­ми го­ло­са­ми, як бу­ло по­пе­ре­ду. Бру­хо­вецький сам са­жав пол­ков­ників, не­на­че цар, са­жав людей до се­бе при­хильних, а неп­ри­хильних ски­дав са­моп­рав­но з місця, за­би­вав в кай­да­ни та ки­дав в тюр­му. Ще в Москві він спро­ва­див пи­са­ря Ший­ке­ви­ча в Сибір. Те­пер він по­ка­рав суд­дю Юрія Не­за­мая за те, що він ви­дав паш­порт на виїзд з Ка­не­ва п'яти жінкам неп­ри­хильних до гетьма­на ко­заків. Гетьман по­бив Не­за­мая, за­бив в кай­да­ни і одіслав в Моск­ву, звідкіль цар вис­лав йо­го в го­род Ка­зань.

Потім по­са­див в тюр­му не­лю­бо­го для се­бе пол­ков­ни­ка Га­малію, Де­ци­ка. Ко­за­ки кри­ча­ли, що до сього ча­су між ко­за­ка­ми не бу­ло бо­яр та дво­рян, а те­пер, як нас­та­ли бо­яри та дво­ря­ни, ко­за­ки те­ря­ють свої давні вольнос­ті. Ті пол­ков­ни­ки, що до­бу­ли собі в Москві дво­рянст­во, со­ро­ми­лись і бо­ялись зва­тися дво­ря­на­ми. Пе­ре­яс­лавський пол­ков­ник-дво­ря­нин, Єрмо­лен­ко ска­зав на обіді при всіх, навіть при мос­ковських лю­дях: «мені дво­рянст­ва не потрібно! Я по ста­ро­давньому ко­зак». Ко­за­ки в Пе­ре­яс­лаві кри­ча­ли: «Ходім на За­по­рож­жя! збе­ре­мося всі та й уда­ри­мо з Січі на гетьма­на».

Бруховецький по­ба­чив, що вий­шло по­га­но і пи­сав до ца­ря, щоб він прис­лав ще більше мос­ковсько­го війська на Ук­раїну: він ду­мав че­рез те військо вдер­жа­тись на гетьманстві. А тут по­ча­ли при­бу­ва­ти на Ук­раїну мос­ковські воєво­ди з мос­ковським військом. Окрім Києва, воєво­ди сіли в При­лу­ках, Луб­нах, Га­дячі, Мир­го­роді, Пол­таві, Ба­ту­рині, Глу­хові, Сос­ниці, Нов­го­роді-Сіверсько­му, Ста­ро­дубі. Мос­ковське військо ли­лося на Ук­раїну, як ко­лись польське. Ра­зом з воєво­да­ми наїха­ли з Моск­ви уряд­ни­ки і по­ча­ли пе­ре­пи­су­ва­ти всіх людей в го­ро­дах і в се­лах: за­пи­су­ва­ли землі, мли­ни, ліси, за­во­ди, пасіки і все обк­ла­да­ли по­дат­ка­ми для ца­ря. Мос­ковські воєво­ди гру­бо об­хо­ди­лись з ко­за­ка­ми і з міща­на­ми, об­ди­ра­ли їх, ла­ялись пас­куд­ни­ми сло­ва­ми, без­чес­ти­ли мо­ло­диць та дівчат, би­ли ко­заків па­ли­ця­ми. Сам Бру­хо­вецький жалівся в Моск­ву, що пе­ре­яс­лавський воєво­да Вер­де­ревський бив йо­го зя­тя, Михієнка, по­са­див без ви­ни, в тюр­му, гетьманським лю­дям не дав ко­си­ти сіна. В Пол­таві мос­ковський воєво­да Хит­ро­во ста­вив Москалів в ко­зацьких ха­тах, ла­яв ко­зацько­го пол­ков­ни­ка і йо­го жінку пас­куд­ни­ми сло­ва­ми, ко­заків бив па­ли­цею, ви­би­вав їм очі, плю­вав в ли­це, ви­пи­хав в шию, без­чес­тив дівчат. Ко­за­ки ки­да­ли ко­за­куван­ня і при­пи­су­ва­лись в міщан.

На Україні схо­пи­лось про­ти воєвод повс­тан­ня. По­пе­ред усього в Пе­ре­яс­лаві. Який­сь чо­ловік в Пе­ре­яс­лаві, Пет­руш­ка Че­люст­кин, ро­дом моск­вич, але дав­но жи­ву­чий в Пе­ре­яс­лаві змо­вився з ко­за­ка­ми виріза­ти всіх мос­ковських людей. Бру­хо­вецький дізнався про се і звелів за­ку­ва­ти Пет­руш­ку в кай­да­ни і одісла­ти в Моск­ву. Швид­ко після то­го, літом, як пол­ков­ник Єрмо­лен­ко сто­яв з своїм пол­ком в сло­боді Бо­гуш­кові, йо­го полк збун­ту­вався: ко­за­ки вби­ли Єрмо­лен­ка, пішли в Пе­ре­яс­лав, виріза­ли мос­ковське військо і за­па­ли­ли по­ло­ви­ну го­ро­да. Бру­хо­вецький сидів тоді в Га­дячі. Він дав зна­ти в Київ воєводі Ше­ре­метєву і обид­ва во­ни ра­зом, з Києва та з Га­дя­ча, ру­ши­ли на Пе­ре­яс­лав і за­да­ви­ли бунт. Ва­тажків повс­тан­ня вхо­пи­ли і пос­ти­на­ли го­ло­ви од­ним в Києві в Ше­ре­метьєва, дру­гим в Га­дячі, в гетьма­на. Ра­зом з тим за Дніпром де­котрі го­ро­ди Бру­хо­вецько­го пе­ре­да­лись до Польщі.

Тим ча­сом про­ти Бру­хо­вецько­го та Моск­ви підні­ма­лося і За­по­рож­жя. В Січі ще й досі сидів мос­ковський воєво­да Ка­со­гов, той са­мий, що ра­зом з Сірком во­ював з По­ля­ка­ми. В йо­го бу­ло п'ятсот чо­ловік мос­ковсько­го війська. За­по­рожці по­чу­ли, що ви­роб­ля­ють в ук­раїнських го­ро­дах воєво­ди з гетьма­ном і по­ча­ли кри­ча­ти, що во­ни го­тові прис­та­ти до До­ро­шен­ка і татар. Во­ни за­раз ски­ну­ли з місця ота­ма­на Леська Шку­ру за те, що він знався з мос­ковськи­ми воєво­да­ми, Ка­со­го­вим та Ше­ре­метьєвим і виб­ра­ли ота­ма­ном Ро­га, мос­ковсько­го во­ро­га. Мос­ковський цар тим­ ча­сом пос­лав уже мос­ковське військо в Ко­дак, не­ве­лич­ку твер­ди­ню на Дніпрі, з кот­рої мож­на бу­ло на­пас­ти на Січ і дер­жа­ти за­по­рожців в мос­ковських ру­ках. Ріг на­пи­сав до Бру­хо­вецько­го лист, в кот­ро­му він го­во­рив, що за­по­рож­цям в Ко­да­ку Моск­ва не­потрібна і що Бру­хо­вецько­му не при­хо­диться драж­ни­ти за­по­рожців, бо хоч він має царську лас­ку, але став гетьма­ном че­рез за­по­рожську лас­ку й поміч. Ко­шо­вий ота­ман за­бо­ро­нив ко­за­кам навіть хо­ди­ти до Ка­со­го­ва і зна­тися з ним. Ка­со­гов мусів утіка­ти з Січі, а Ріг пос­лав за­по­рожців в Ко­дак не пус­ка­ти ту­ди мос­ковсько­го війська. Окрім то­го січо­ви­ки пос­ла­ли двісті ко­заків на Ук­раїну, в Пол­та­ву, щоб впійма­ти са­мо­го Бру­хо­вецько­го і підня­ти про­ти йо­го Пол­тавців.