Другая история, так напоминающая недавние события из жизни самого Рисаля, посвящена любви студента Исагани к девушке из богатой семьи Паулите. Ради положения в обществе Паулита отказывается от Исагани и выходит замуж за богатого метиса. Именно во время свадьбы Паулиты и должен произойти взрыв, который станет сигналом восстания. Но Исагани, все еще любящий изменившую ему Паулиту, врывается в дом, где собралась вся знать, предотвращает взрыв и тем самым обрекает восстание на провал.

Не ради занимательности введены в роман эти две сюжетные линии. На отношении своих героев к идее вооруженного восстания автор как бы проверяет себя, он хочет внушить читателю мысль, что все дороги обездоленных и притесняемых ведут к одному: к вооруженной борьбе. И какими бы мотивами ни руководствовался человек, своей нестойкостью он может нанести непоправимый вред общему делу. Как верный сын своего угнетенного народа, Рисаль хорошо понимал логику событий филиппинской жизни. И эта логика неизбежно подводила его к мысли о вооруженном выступлении.

Однажды Рисаль сказал: «Не надо страшиться, не надо приходить в смятение из-за того, что некоторые падут. Во всякой борьбе должны быть жертвы: самые великие битвы бывают и самыми кровопролитными. Что значит тюрьма? Что такое смерть? Иногда и болезнь приковывает нас к постели и отнимает жизнь. Все дело в том, чтобы и болезнь и смерть не оказались бесполезными для оставшихся в живых».

Роман «Флибустьеры» сыграл прогрессивную роль в освободительном движении Филиппин и был воспринят филиппинским народом как призыв к восстанию, а имя Рисаля стало знаменем борьбы.

Хосе Рисаль поклялся не покидать бельгийского городка Гента, где он работал над «Флибустьерами», до тех пор, пока книга не выйдет в свет. Но события на Филиппинах заставили его изменить это решение. Напрасно доказывал он в Мадриде в верховном суде, что его родные ни в чем не повинны, просил смягчить их участь. Высокомерные идальго остались глухи к просьбам мятежного «индио». Ничего не дала и аудиенция у королевы.

Сдав в 1891 году роман в типографию, Рисаль срочно выезжает в Гонконг, куда бежали от преследований его родители, сестры и брат. Наконец-то они все вместе! Наконец-то он может отдохнуть, пожить в семье, заняться научными исследованиями, своей любимой медициной! Он рожден для науки, для искусства. Ему уже тридцать один год, а великие замыслы все еще не воплощены в мраморе, на полотнах, в стихах, в научных трактатах.

Подобно своему герою Симоуну-Ибарре, Хосе в скором времени становится весьма богатым и уважаемым. Его знают в Малайе, в Гонконге, в Японии и Китае. Прослышав о «чудесном докторе Хосе», со всех сторон съезжаются в Гонконг больные. Индонезийцы, филиппинцы, индийцы… Приезжают с острова Борнео, зовут Рисаля в благодатный край.

А что, если в самом деле организовать на Борнео маленькую коммуну, перевезти на остров всех родных, пригласить разоренных, обиженных испанцами соотечественников? Эта мысль не дает ему покоя, кажется легко осуществимой. «Раз уж я не в состоянии дать свободу моей родине, то, по крайней мере, я хотел бы добиться ее для некоторых моих достойных соотечественников на другой земле… Когда ссылаемые и преследуемые найдут убежище на Борнео, тогда я буду писать спокойно и смотреть в будущее если и не счастливый, то, по крайней мере, утешенный!..»

И он отправляется на Борнео, но по дороге узнает, что жестокий генерал-губернатор Вейлер уехал из Манилы на Кубу, где, кажется, и умер. На его место назначен генерал Деспухоль, который якобы отличается либерализмом. Забыты все планы! Долой прекраснодушные мечты!.. Хосе посылает Деспухолю письмо, где просит разрешения вернуться на Филиппины. Однако либеральный генерал молчит. Рисаль шлет письмо за письмом. Все напрасно.

Наконец разрешение и гарантия неприкосновенности получены, и Хосе Рисаль едет в Манилу. В душе Рисаль не верит либералам, доказательством этому служит написанное им обращение «Филиппинцам», которое Рисаль просит опубликовать после его смерти: «Я хочу показать тем, кто отказывает нам в патриотизме, что мы сумеем умереть за наше дело и наши убеждения. Какое значение имеет смерть, если умираешь за то, что любишь, — за родину и за людей, которые ей поклоняются?»

Вот они, родные пальмы, обожженная солнцем серая длинная стена, за ней колокольни, дома, река Пасиг, уводящая к знакомому озеру Бай; у самого устья — высокий белый маяк и сумрачная крепость… На стене ходят все те же часовые в киверах и суконных мундирах…

Возвращение Рисаля явилось праздником для всего филиппинского народа. Скромный от природы, застенчивый, он надеялся появиться незаметно. Но улицы запрудила толпа, его приветствовали криками, бросали под ноги цветы. Весть о его возвращении распространилась мгновенно, покатилась во все концы страны, через горы, через непроходимые дебри. Его окружали друзья: Лансуа, Арельяно, Батисто, Аполинарио Мабини, Андреас Бонифасио… Взоры всех были обращены к Рисалю, все видели в нем признанного вождя национального движения.

Рисаль одним из первых понял необходимость для филиппинцев политической организации. И при его активном участии такая организация создается — это Филиппинская лига. Он сформулировал и ее цели: объединение архипелага в сплоченную мощную единую страну, защита против насилия и несправедливости, развитие образования, сельского хозяйства, проведение реформ, организация народных советов в деревнях и поселениях, верховного совета в каждой провинции. Девизом Лиги стали слова: «Один как все».

Словно забыв о смертельной опасности, подстерегавшей его на каждом шагу, Хосе Рисаль разъезжает по провинциям, вербует новых членов в Филиппинскую лигу, пропагандирует идеи национального единения. Под его руководством тайно создаются народные и провинциальные верховные советы. Никто не может стать членом Лиги, не будучи единогласно принятым народным советом. Устанавливается строгая централизация. Распоряжения вышестоящих советов считаются законом для всех остальных. Лига из организации довольно умеренной превращается в организацию действенную и боевую. Либерализма генерала Деспухоля хватило ненадолго. Он приказал арестовать Хосе Рисаля и сослать немедленно без суда и следствия.

Рисаль закован в кандалы. Его, как важного государственного преступника, увозят на Минданао ночью, тайком, под большой охраной.

Но Филиппинская лига создана, живет, действует. Ее руководителем становится выходец из низов Андреас Бонифасио. Он лишен иллюзий, которыми долгое время был опутан Рисаль. Будущее Филиппин он видит в революционной вооруженной борьбе против Испании. Он создает подлинно революционную народную организацию Катипунан, паролем которой становится имя «Рисаль», а знаменем — красный флаг. Эта организация занялась подготовкой всенародной революции.

Перед началом восстания Бонифасио тайно посылает на Минданао к Хосе Рисалю делегата. Сведения о том, как Рисаль принял делегата, носят разноречивый характер. Некоторые историки утверждают, будто бы Рисаль отказался возглавить вооруженное восстание, считая его преждевременным. Другие, напротив, доказывают, что Рисаль одобрил все решения Катипунана, но посоветовал, прежде чем выступить, запастись оружием. «Революция против вооруженной нации никогда не должна быть начата без оружия», — сказал он делегату.

Еще до приезда делегата на Минданао Хосе Рисаль, желая любыми путями вырваться из плена, обратился к новому генерал-губернатору Филиппин Бланке с просьбой отправить его на Кубу, где вспыхнуло восстание против испанского господства, и использовать его там как врача.

Назревало вооруженное восстание, и генерал Бланко старался побыстрее сплавить «флибустьера», изолировать его от народа. Вот почему, к изумлению Рисаля, Бланко согласился отослать «флибустьера» в Испанию, а затем на Кубу. Но Рисалю удалось доехать лишь до Суэца. Восстание началось раньше времени. 30 августа 1896 года произошли первые бои повстанцев с испанской армией. Вскоре запылал весь архипелаг.