Удаление Зосимы не помешало еретикам в Москве. Более того, они добились назначения в новгородский Юрьев монастырь архимандритом монаха Кассиана, который тоже держался ереси. Это было сделано стараниями всесильного дьяка Федора Курицына. Кассиан собрал вокруг себя новгородских еретиков, и в кельях его монастыря они сходились на тайные свои собрания. Но архиепископ Новгорода Геннадий нашел их и тут, и тогда некоторые из них бежали в Литву и к немцам, где окончательно перешли в иудаизм.

Невестка великого князя Елена была на стороне еретиков, ее поддерживали могущественные сановники, а Иван III торжественно провозгласил Дмитрия, сына Елены, наследником великокняжеского престола. Кто знает, что могло бы случиться в русском государстве, если бы Дмитрий стал великим князем, а вокруг него сгруппировались бы люди, придерживавшиеся "ереси жидовствующих"? Об этом много писали и говорили в России. Это напугало в свое время и церковь, и правителей. Существует даже предположение, что резко отрицательное отношение к иудаизму и к евреям в Московской Руси, неизвестное там до начала шестнадцатого века, началось именно тогда, в период борьбы с "ересью жидовствующих".

Но все обошлось в Московском государстве. Торжество Елены и ее приверженцев было непродолжительным. Влиятельного дьяка Федора Курицына не было уже в живых. Иван III из-за разных семейных неурядиц охладел к своей невестке Елене, заключил ее с сыном в темницу и назначил в 1502 году своего сына Василия наследником. Вместе с этим пришел конец влиянию жидовствующих при дворе великого князя.

Нового наследника Василия поддерживал Иосиф Волоцкий, который требовал от Ивана III немедленных крутых мер против еретиков. Великий князь обещал это сделать, но долго колебался, не грешно ли предавать их казни. Он признался Иосифу, что "ведал новгородскую ересь, которую держал Алексей протопоп и которую держал Федор Курицын"; знал также великий князь, что его невестку совратили в жидовство, и просил простить ему его прегрешения. "Государь, - ответил на это Иосиф Волоцкий, - подвинься только на нынешних еретиков, а за прежних тебе Бог простит".

В конце 1504 года был созван церковный собор. Жидовствующие пытались защищаться, Иосиф Волоцкий был обвинителем, - собор постановил предать смерти главных еретиков. Некоторые из них объявили, что они раскаиваются, но их раскаяние не было принято:

Иосиф Волоцкий отклонил его под тем предлогом, что раскаяние, вынуждаемое страхом казни, не может быть искренним. 27 декабря 1504 года в Москве в деревянных клетках всенародно были сожжены дьяк Волк Курицын, Дмитрий Коноплев и Иван Максимов. В Новгороде сожгли архимандрита Кассиана, Некраса Рукавого и других еретиков. Многих отправили в заточение по тюрьмам и монастырям. Всех еретиков предали церковному проклятию, и даже через два столетия после этого ежегодно предавались анафеме Кассиан, Курицын, Рукавый, Коноплев и Максимов "со всеми их поборниками и соумышленниками".

Результатом этой борьбы с жидовствующими стала более жесткая политика по отношению к евреям. На еврея смотрели как на антихриста, его считали колдуном, чернокнижником и совратителем, перед ним испытывали суеверный страх. Изредка купцы-евреи еще приезжали из Литвы и Польши; они "ходили с товарами" через Смоленск и Новгород, путь был небезопасен, порой жители грабили проезжих, да и в Москве к ним относились враждебно и даже отбирали товары.

Затем Московским царем стал Иван Грозный. О нем писал иностранец, побывавший в России: "Как ни был он жесток и неистов, однако же не преследовал и не ненавидел никого, кроме жидов, которые не хотели креститься и исповедовать Христа: их он либо сжигал живьем, либо вешал и бросал в воду". В 1563 году Иван Грозный завоевал город Полоцк. Евреям этого города было предложено креститься, а отказавшихся - вместе с детьми и с женами - утопили зимой в реке: прорубили лед и бросили всех в воду - около трехсот человек. Записано об этом в хрониках: "Всех жидов, которые не захотели принять святое крещение, велел (царь Московский) утопить в славной реке Двине". Подобная судьба постигла и евреев других завоеванных городов и крепостей. Спаслись лишь немногие, согласившиеся креститься по православному обряду.

Иван Грозный не впускал евреев-купцов в Москву даже временно. Король Польши Сигизмунд Август писал ему: "Ты не впускаешь наших купцов-евреев с товарами в твое государство, а некоторых велел задержать и товары их забрать… А между тем в наших мирных грамотах написано, что наши купцы могут ездить с товарами в твою Московскую землю, а твои в наши земли, - что мы с нашей стороны твердо соблюдаем". На это Иван Грозный ответил: "Мы тебе неоднократно писали о том раньше, извещая тебя о лихих делах от жидов, как они наших людей от христианства отводили, отравные зелья в наше государство привозили и многие пакости людям нашим делали… Мы никак не можем велеть жидам ездить в наше государство, ибо не хотим здесь видеть никакого лиха, а хотим, чтобы Бог дал моим людям в моем государстве жить в тишине без всякого смущения. А тебе, брат наш, не следует впредь писать нам о жидах".

"Ересь жидовствующих" не проявлялась открыто в России до конца восемнадцатого - начала девятнадцатого века, когда она была обнаружена властями. Но до сих пор в русском народе существуют различные секты иудействующих, сторонники которых уверяют, что веру свою "исповедуют издревле", якобы с пятнадцатого века, со времен новгородской "ереси жидовствующих", - но доказать это теперь невозможно.

Распространение "ереси жидовствующих" сопровождалось появлением книг еврейских философов по логике, астрономии, астрологии и другим наукам. Эти книги переводились с иврита на древнерусский язык главным образом для того, чтобы доказать правильность еврейского летосчисления и исторической традиции в сравнении с византийской. Были переведены "Слова логики" Маймонида, "Тайная тайных", книга по астрономии "Шестокрыл" Эммануэля бен Яакова Бонфиса, астрологическая книга "Лопаточник", а также "Логика Авиасафа" мусульманского философа одиннадцатого века Газали, тоже переведенная жидрвствующими с иврита. Переводились на древнерусский язык Книга Даниила и апокрифическая Книга Ханоха, и был у жидовствующих даже сборник еврейских праздничных молитв, так называемый "Псалтырь Федора Жидовина", который перевел крещеный еврей Федор.

У православного духовенства не было этих книг, и потому им было трудно спорить с еретиками. Не случайно новгородский архиепископ Геннадий просил прислать ему книги, много книг по списку, "ибо все эти книги имеются у еретиков". И он же поручил переводчику посольского приказа Дмитрию Герасимову - "Мите Малому, толмачу латынскому" - перевести Библию на церковно-славянский язык, чтобы обличать со знанием "ересь жидовствующих".

В 1490 году, в самый разгар "ереси жидовствующих", приехал в Москву на постоянное жительство один еврей из Венеции. Звали его Леон, или - Мистро Леон, Жидовин; это был первый врач, приехавший в Россию из Европы, который стал лейб-медиком великого князя Ивана III. Когда заболел сын великого князя Иоанн (муж Елены и отец Дмитрия), Леон вызвался его лечить, жизнью своей ручаясь за успех. "И князь великий велел ему лечить сына своего князя Ивана, - записано в русской летописи за 1490 год. - Лекарь же дал ему зелие пить и жечь начал скляницами по телу, вливая горячую воду. И от того стало ему тяжче и умер. И того лекаря Мистра Леона велел великий князь поймать и казнить его смертною казнью, голову ссечи; они же отсекли ему голову на Болвановке апреля двадцать второго".

Из этой записи следует, что лекарь Леон Жидовин практиковал в России всего лишь несколько месяцев, после чего ему отрубили голову на Болвановке, в Москве. В те времена верили в непогрешимость медицины и в плохих результатах лечения усматривали вину одного только врача.