В своих письмах императору Грейг постоянно писал одно и то же — надеяться можно исключительно на подрядное строительство. В январе 1832 года Грейг доложил императору и Главному морскому штабу о необходимости построить подрядным способом четыре линкора. Это был уже вызов. Терпение Николая I лопнуло, и он строжайше запретил подряд, а от адмирала потребовал предпринять «всевозможные старания к содержанию флота казёнными средствами».
В ответ Грейг сослался на то, что на казённых верфях он ничего строить не может, а если императору хочется увеличить штат Черноморского флота, то он может лишь увеличить срока службы судов. Продлить жизнь кораблей могла только полная чистка их корпусов в доке. Николай I дал на это согласие, но выразил желание иметь для регулярного ремонта кораблей два сухих дока в Севастополе. Первый проект этих доков для Севастополя подготовил адмиралтейский инженер фон дер Флисс. Морское министерство обратилось в Главное управление путей сообщения с ходатайством о разработке подробного проекта. Проект составил инженер-полковник Потье. Фон дер Флисс счёл проект Потье неудачным и предложил свой для трёх кораблей: двух линкоров и фрегата. Царь разрешил постройку доков в Севастополе, но в связи с тем, что все документы существовали только в одном экземпляре, бумаги по мере их прохождения по разным ведомствам как-то странно «затерялись», и про царский указ исполнители вроде как забыли. Разумеется, на самом деле ничего не затерялось, а попросту было преднамеренно уничтожено. Грейгу и его окружению постройка доков в Севастополе была ни к чему. Контролировать финансово-судостроительную ситуацию в Севастополе всегда было труднее, так как там частных верфей не существовало, а в развитии казённых, как мы уже говорили, черноморская мафия была не заинтересована. Таким образом, местные воротила вынуждали властителя России отказаться от всех своих задумок. Николая буквально заставляли вернуться к единственно приемлемому для мафии варианту — постройке кораблей на её собственных верфях и по ею же установленным завышенным денежным суммам.
Но времена уже менялись. С каждым месяцем Николай I всё сильнее и сильнее брал в руки волоки государственного руководства. Не забыл император и о доках. Спустя некоторое время император снова запрашивает Грейга о начале строительства казённых доков в Севастополе. В ответ, как мы уже знаем, был инспирирован знаменитый Севастопольский чумной бунт, который, как и предполагали его организаторы, задержал развитие казённого кораблестроения в Севастополе, но, как оказалось, ненадолго. О самом бунте мы поговорим ещё ниже.
Император Николай I оказался человеком последовательным и упрямым. Уже в начале 1831 года он снова требует от Грейга доложить ему о начале работ по строительству севастопольских сухих доков. В конце февраля 1831 года Грейг и директор департамента Главного управления путей сообщения инженер-генерал Опперман сообща представили Николаю I доклад о постройке доков и положение о строительном комитете севастопольских доков. Председателем комитета Грейг предложил назначить генерал-майора Берха, главным строителем — упомянутого выше английского инженера Уптона. Пока кандидатуры утверждались царём, Грейг попросил Берха подобрать в соответствии с положением штаты и немедленно начать работу.
Тем временем понемногу начали активизироваться и те немногие антигрейговские силы, которые ещё сохранились к тому времени на Черноморском флоте. Возглавил их начальник штаба флота капитан 1-го ранга Мелихов. Дело в том, что, согласно существовавшей тогда вертикали подчинённости, начальник штаба флота не являлся заместителем командующего, а занимался исключительно канцелярскими вопросами, а кроме этого являлся подчинённым не только командующего флотом, а начальника Главного морского штаба. Последним обстоятельством Мелихов при передаче своего письма и воспользовался. Начальником Главного морского штаба в то время был любимец императора известный князь Меншиков. К его помощи и решил прибегнуть Мелихов.
Пока решался вопрос о доках, капитан 1-го ранга Мелихов весной 1829 года, минуя Грейга, представил в Морское министерство свой проект сосредоточения черноморского судостроения и руководства флотом в Севастополе. Мелихов указывал, что хотя Николаев удобно расположен для дешёвой доставки туда из внутренних губерний необходимых материалов, но зато, во-первых, Ингул и Южный Буг замерзают на 4 месяца; во-вторых, малые глубины Буга и Днепро-Бугского лимана не позволяют проводить готовые линкоры с полной загрузкой из Николаева к Очакову, из-за чего теряются два месяца работы и возникают дополнительные трудовые затраты; в-третьих, по той же причине паровая землечерпалка в устье Ингула должна непрерывно работать 6 месяцев; в-четвёртых, из Таганрога в Николаев ежегодно доставляется 20 тыс. пудов железных изделий, а путь от Таганрога до Севастополя вдвое короче; в-пятых, лес везут из Херсона в Николаев на транспортах или буксируют плотами, в то время как эти транспорты могут идти прямо в Севастополь. Кроме того, цена доставки леса из Подольской губернии в Николаев и Севастополь почти одинакова, и если устроить порт в Очакове, то можно будет сразу направлять лес туда без перевалки в Херсоне, а из Очакова везти в Севастополь, используя вместо транспортов старые линкоры и фрегаты. Перевод морских учреждений из Николаева в Севастополь и их слияние с соответствующими севастопольскими учреждениями позволяли вдвое сократить руководящий персонал. Сосредоточение всей главной администрации в Севастополе повышало оперативность в управлении флотом и боевую подготовку кораблей. Главным же был вывод начальника штаба флота — частное кораблестроение для военного флота на Чёрном море идёт во вред флоту и государству и надо как можно скорее от него избавляться. Рассмотрев проект Мелихова, Меншиков полностью согласился с доводами автора и подготовил решение, по которому Николаев становился тыловой базой флота, т.е. все финансовые потоки пойдут теперь не туда, а в Севастополь. Свой проект Меншиков передал на отзыв Черноморскому ведомству. 9 июня 1833 года её дополнил проект указа императора прекратить расширение Николаевской базы и перевести часть подразделений флота из Николаева в Севастополь так, «чтобы сей порт находился к Николаеву в том отношении, как Кронштадт к Санкт-Петербургу».
Ответный ход последовал незамедлительно! Адмиралом Грейгом немедленно была организована собственная кораблестроительная экспедиция, в которую, разумеется, вошли лично преданные Грейгу люди — известные черноморские мафиози — контр-адмирал Критский и купец-судостроитель Серебряный. Комиссия в самых резких тонах выступила против предложения Меншикова, ссылаясь на дороговизну доставки в Севастополь леса и большие затраты на сооружение там адмиралтейства и пр. Грейг, разумеется, выводы экспедиции полностью поддержал и 23 сентября 1833 года в представлении в Морское министерство пополнил эти доводы ещё одним соображением, указав на «угрозу одновременного уничтожения флота и судостроения на Чёрном море».
Последнее запугивание несколько поколебало уверенность Николая I в правильности позиции Меншикова, и вопрос был отложен. Что касается капитана 1-го ранга Мелихова, то он серьёзно поплатился за свои правдоискания. Почти сразу же, как стало известно о его письме, Грейг отстранил Мелихова от должности. Опального офицера забрал к себе в Петербург князь Меншиков, но карьера блестящего офицера была навсегда сломана.
Казённое кораблестроение на Чёрном море стало развиваться только после изгнания Грейга и его камарильи. При этом, даже после ухода Грейга с Черноморского флота, сразу полностью перейти на казённое кораблестроение не представлялось возможным ещё на протяжении ряда лет. Поэтому несколько лет Лазареву приходилось ещё пользоваться услугами некоторых частных предпринимателей, в частности, семьи Рафалович, с каждым годом, однако, сокращая объёмы их судостроения и, соответственно, их денежную прибыль.
У остальных обогатившихся на флотские средства купцов верфи были постепенно добровольно-принудительно выкуплены. Так, у Серебряного была выкуплена его «Вольная верфь» и включена в состав Адмиралтейства. Кстати, этот район у жителей Николаева до наших дней носит название «Серебряный док». Сам же Михель Серебряный, после выселения евреев из Николаева, перебрался в Одессу. Туда же впоследствии переехал и не менее предприимчивый Маркус Варшавский. Ему тоже пришлось продать свой дом и эллинг в собственность Адмиралтейства, т.е. в «в казну».