Субстанция не относится к свойствам или атрибутам, напротив, она является носителем свойств. Субстанция является действительной вещью, которая не может быть свойством других вещей (см. там же, 358). Невоспринимаемость субстанции не есть основание для отрицания ее существования. Каждая конкретная вещь, воспринимаемая нами, сложна и составлена из бесконечного количества субстанций (см. там же, 100. 21, 3, 172). Монада в философии Лейбница характеризовалась наличием сил двоякого рода: активной, как причины развития и изменения, и пассивной. создающей субстанции условие для развития. Проявлением пассивной силы монады оказывалась непроницаемость. Субстанция у Лейбница закрыта от влияния на нее других субстанций и поэтому не может вступать с ними во взаимодействие. Монады не имеют «окон». Ни из субстанции не может ничего выйти, ни в субстанцию не может ничего войти. Противоречивость позиции немецкого философа заключается в том, что монада характеризуется как сила, как изменение и в то же время эта сила направлена на устранение изменения, взаимодействия. Больцано видит целый ряд недостатков лейбницевского понимания субстанции, но принимает основное ее свойство — по Лейбницу, внутреннюю активность, заключающуюся в силе представления. Однако Больцано не может согласиться с тем, что идеальная сила представления является единственной характеристикой субстанции. Мысль о тождестве мышления, сознания и бытия, как уже известно, ему чужда. Особенно важны в этом смысле два возражения Лейбницу. Когда последний называет деятельность сущностью, говорит Больцано, с ним можно согласиться, но, когда он утверждает, что любая сущность, которая действует, есть субстанция, он не прав. Действие, активность характеризует все существующее. Действуют все реальные вещи как совокупности субстанций, существующие независимо от сознания субъекта (см. 21, 3, 146). «Заблуждением я считаю также, — пишет философ, — утверждение Лейбница, что действительны только монады, все остальное лишь феномены о них и в них» (цит. по: 82, 76). В ряде случаев чувственный предметный мир Лейбниц рассматривал как явление, отрицая за ним объективную реальность. Для Больцано воспринимаемые вещи так же реальны, как и субстанция.

Отношение духовного и материального философ объясняет с позиций дуализма, правда довольно непоследовательного. Различие души и тела, физического и психического он пытается показать, используя диалектическое в своей основе понимание взаимосвязи части и целого, единичного и общего. Как и Лейбниц, Больцано заключает по аналогии: он сравнивает нашу душу, несомненно имеющую представления и ощущения, со всеми мировыми субстанциями, из которых состоят органические и неорганические тела, и наделяет эти субстанции силой представления. Воззрение Декарта, видевшего в животных лишь совершенные автоматы, он считает смешным. Бог не мог создать две такие разные субстанции, из которых одна была бы полностью мертва, другая же наделена сознанием. Идею Лейбница о непрерывности и ступенчатости бытия Больцано одобряет и пользуется ею в своих рассуждениях. «Даже мельчайшие и несовершеннейшие живые существа — черви, полипы, даже так называемые инфузории имеют много сходного с тем, что имеют и высшие животные. Переход от последних к первым происходит через такие незаметные ступени, что мы должны были бы нарушить все законы правильного мышления, если бы отрицали у них отмщения и представления, но, конечно, в слабой степени» (8, 226). Больцано идет дальше и признает наличие ощущений и представлений у растений. Указывая же на особенность строения таких неорганических тел, как соль, металлы и подобные им, он считает, что ощущения характерны и для них. «В творении бога нигде нет безжизненного», — читаем мы в «Атаназии» (там же, 265). По Больцано, допущение возможности возникновения ощущения из неощущающей материи противоречит всем законам логики. Трудность, с которой столкнулся он при объяснении возникновения живого из неживого, сознания из материи, определялась не только метафизическим подходом к проблеме, но и уровнем естественнонаучных знаний в начале и середине XIX столетия. Для подтверждения своей по существу гилозоистической позиции Больцано ссылается на заблуждения, бытовавшие даже среди ученых. Он говорит, что в неорганическом веществе воды с течением времени зарождаются примитивные живые организмы (см. 13, 267). Это неверное положение принималось тогда многими философами.

Духовная и материальная субстанции, а также органические и неорганические тела, по Больцано, представляют собой два вида совокупностей субстанций. В каждой совокупности субстанций, по его мнению, есть господствующая субстанция, а все остальные являются подчиненными ей орудиями, подобно тому как в государстве один правитель возвышается над всем народом. Бесконечное множество субстанций, подчиненных господствующей, образуют тело, а она сама является душой. Неорганическое тело является таким целым, где не имеется господствующей субстанции. И если каждая единичная субстанция обладает жизнью, представлением, то составленное из них неорганическое целое, по убеждению Больцано, является безжизненной массой (см. там же, 274). Таким своеобразным путем решается философом проблема отношения духа к материи. Любопытен приводимый Больцано пример неживого тела, образованного из отдельных живых субстанций. Он указывает как на таковое на армию: о ней, мол, нельзя сказать, что это есть нечто живое, хотя люди, составляющие ее, обладают признаками жизни (см. там же, 274). Понятие господствующей субстанции Больцано вводит, опираясь на принцип индивидуальности, гласящий, что нет во вселенной двух одинаковых вещей, субстанций. «…Я исхожу из мысли, — пишет философ, — что так как между двумя субстанциями во вселенной во всякое время, как известно, должна существовать некоторая разница конечной величины, то во всякое время существуют субстанции, силы которых возросли уже настолько, что они приобретают некоторое превосходство над всеми лежащими вокруг них субстанциями, хотя бы в сколь угодно малой окрестности» (8, 107–108). Это рассуждение несколько противоречит тому, что философ говорит в «Парадоксах бесконечного», где утверждается, что господствующие субстанции имеются и в совокупностях субстанций, образующих неорганические тела, газообразные, капельножидкие, твердые и т. д. «В противоположность им я называю эфиром всю остальную мировую материю, которая, не имея особенных атомов, наполняет все остальное пространство и соединяет, следовательно, все тела вселенной» (там же, 109). Между главенствующей и всеми остальными субстанциями различие устанавливается только по количеству, но не по качеству. Господствующая субстанция — это субстанция, наделенная большей силой представления. О природе действующих в телах сил мы ничего не знаем, но это проявление все той же силы представления. Поэтому, объясняя сущность сил притяжения и отталкивания, Больцано применяет психологические, а не физические категории. Все субстанции имеют определенную степень чувствительности. В зависимости от расстояния, на котором они находятся друг от друга, вступает в действие или сила притяжения, или сила отталкивания. «Если расстояние между ними больше, чем это является приятным для одной из субстанций, то в ней проявится стремление сократить это расстояние, т. е. проявляется так называемое притяжение, в противоположном же случае проявляется отталкивание» (8, 109–110). Динамические характеристики, присущие живой природе и сознанию, Больцано приписывает бытию вообще. Характерная для человека психическая активность приобретает универсальное значение. Но эта активность рассматривается Больцано, как правило, не с качественной, а с количественной, механической стороны. В XVIII и XIX столетиях законы механики применялись для изучения живой природы и даже человека. С другой стороны, специфические особенности живого, рассматриваемые механистически, переносились на области неорганической природы. Попытки биологизации и даже антропологизации мира оказывались оборотной стороной механистического, метафизического в своей сущности подхода к исследованию бытия.