Бог, по Больцано, занимает во вселенной весьма почетное место, но его присутствие, строго говоря, не необходимо. Он дает как бы некоторую моральную санкцию на существование мира и является регулятивной идеей, идеалом совершенства бытия, как это было и у Лейбница. Но в то же время над богом стоит нравственный закон. Как причина всех конечных субстанций, бог постоянно творит мир, но он не предшествует ему во времени, как тому учит христианское вероучение. Бог является у Больцано причиной субстанций только по названию. Он не предписывает и определенной цели развитию мира, которое осуществляется в соответствии с естественными законами бытия. Следуя теории одновременности полной причины и следствия, философ основывает на ней вечность существования субстанции. Если бы бог предшествовал миру во времени, он лишился бы такого важнейшего и необходимого для него атрибута, как всемогущество, так как полную причину нужно было бы искать в каких-то других обстоятельствах, не подвластных ему (см. там же, 253). Бог неизменен, потому что всякое изменение состоит в увеличении или уменьшении сил, у бога же сила бесконечна. Взаимодействие бога и субстанций исключено, действия бога односторонни, он не испытывает обратного воздействия от вещей (см. там же, 259). Больцано утверждает также, что во всех субстанциях происходят внутренние изменения, но только при взаимодействии Друг с другом. Это не относится к богу, у которого внутренние изменения протекают независимо от всего внешнего. Ранее говорилось, что мыслитель усматривал прогресс субстанций в росте их сил и в увеличении их свободы, заключающейся во все большей независимости от внешних причин. Бог в этом смысле является идеалом, удаленным в бесконечность. Какое воздействие оказывает бог на конечные субстанции, об этом Больцано не говорит.

Понимание Больцано бога и его функций значительно расходилось с официальным учением церкви. Любопытно, как Больцано рассматривает откровение и мифологию Священного писания, которую католическая теология толковала буквально. Если часть положений откровения, полагает он, и недоказуемы из разума, то они во всяком случае не противоречат ему. Бог поступает очень мудро, так как для большинства людей откровение гораздо понятнее и поучительнее, чем доводы разума. Не искушенные в мышлении легко могут вывести «из положения о вечности мира его независимость от бога» (там же, 255). Сверхъестественное, чудо в откровении Больцано рассматривает как образы, служащие для пробуждения в нас чувств и решений, соответствующих природе вещей. В этих образах мы не должны искать понятий о вещах, как они существуют сами по себе, т. е. нельзя говорить о них как об истинах: «…если положения религии хотят истолковать буквально, то это приводит с необходимостью ко многим противоречиям и нелепостям…» (83, 71). Положения откровения должны иметь, по Больцано, два свойства. Во-первых, они должны способствовать тому, чтобы мы становились лучше и счастливее, и, во-вторых, они должны привлекать км себе наше внимание как к знаку бога (см. 21. 3, 556; 558). Такая интерпретация положений Священного писания, когда они оказываются лишь некоторыми знаками и символами, стимулирующими определенные действия, приводит Больцано к прагматизму и субъективизму во взглядах на религию. Это было понятно и его современникам. Епископ из Баутцена Форверк, один из либеральных и свободомыслящих католиков, в письме к единомышленнику Больцано Феслю пишет, что, удивляясь философскому глубокомыслию пражского ученого, он не может согласиться с его взглядами на религию, которые считает нравственно и духовно шаткими. По Больцано, «верить во что-то можно лишь постольку, поскольку это нравственно, но не потому, что истинно само по себе. Священное писание рассматривается лишь номинально как источник знания, но на деле обсуждается как поучительная книга. Больцано с преувеличенной готовностью отказывается от всего исторического в религии» (9, 160).

Если даже либеральный теолог резко отрицательно отнесся ко взглядам Больцано, то чего можно было ожидать от официальных церковных властей? Философ весьма свободно толковал религиозные образы. В проповедях он говорил, например, об Иисусе Христе как об идеале просветителя, несущего людям знание и свет (см. 37, 38). Считая вероучение католицизма самым совершенным в отношении нравственного воспитания, Больцано не согласен со многими установлениями и обрядами католической церкви. Он отрицает догмат о непогрешимости папы, является противником тайной исповеди, запрещения развода, обета безбрачия. Не удивительно, что ярый противник Больцано профессор теологии Фринт нашел в «Поучительных речах» и в записях его лекций 110 еретических положений.

В условиях жесткого режима Меттерниха выступления Больцано в Праге были событием. Его проповеди кроме нравственно-поучительного носили ярко выраженный социально-политический характер. Они находили живой отклик в среде буржуазно-демократической интеллигенции. Вокруг философа складывается круг сторонников и почитателей, молодых педагогов и профессоров. В Рим поступают доносы о якобы появившейся в Праге опасной еретической секте, которую необходимо ликвидировать, чтобы не допустить появления неогуситства (см. 13, 22). Когда Больцано был снят с должности с запрещением заниматься педагогической деятельностью, его друзья и сторонники не остались без «внимания» властей. Друг Больцано Фесль был арестован, обвинен в государственной измене и заточен в монастырь. Профессора теологии Кромхольц, Вернер, Заградник были удалены с занимаемых должностей. В Пражском университете место Больцано занял профессор В. Вайндрот, который через два года был уволен за отказ выступить против своего предшественника. Профессор философии в Граце Л. Рембольд был смещен с занимаемой кафедры. Одной из главных причин называют его положительные отзывы о Больцано (см. 37, 25). Церковные и государственные власти делали все, чтобы имя философа не появлялось в печати. Но преследования не сломили Больцано. Он до конца остался верен своим убеждениям. В одном из последних писем демократически настроенный Больцано сообщает о посещении его некоторыми священниками: «Люди нашего уважаемого сословия вместо того, чтобы думать теперь о царстве божьем, думают о сохранении своих прибылей. Недавно они пришли ко мне, чтобы я поддержал их протест против сокращения мартовской революцией владений, но я сказал им, что они ошиблись адресом» (цит. по: 13, 45).

Основание для религии и бога Больцано ищет в своей логике. Он не согласен с доказательством бога у Лейбница и оспаривает доказательство Канта. Хотя Больцано и отдает должное нравственному характеру учения Канта, для него неприемлемо «практическое постулирование» важнейших истин религии, т. е. основание их на моральном сознании. Когда не имеется объективных оснований для веры в бога, свободу и бессмертие, то невозможно и верить в них. Неправильно, что если я должен, то могу, как это выходит у Канта; наоборот, если я могу, то должен. Так, больной должен быть здоров, но для этого необходимы определенные условия, возможности (см. 21, 3, 255–256). Возражения Больцано справедливы, но, конечно, и он не в состоянии дать объективного доказательства существования бога, чтобы противопоставить его субъективному, кантовскому. Философ создает логику, чтобы найти фундамент как для религии, так и для нравственности. Однако найти логическое обоснование религиозным положениям ему не удается. Бог, например, не может иметь основания, а значит, и не может быть доказано его бытие на основе фундаментальных истин. Следуя логике Больцано, доказательство бога возможно лишь посредством удостоверения, которое имеет только вероятностное значение. А вероятностные заключения являются источником заблуждений, как он сам признает. Иногда философ пытается доказать существование бога из возможности такого существования. В одном месте он заявляет: «Вывод от возможности бога к действительности не является ложным; если бытие бога не противоречит какой-либо чистой истине разума, то бог существует» (11, 12, 48–49). Слабость такого рода доказательства отмечалась многими философами, даже Кантом. Оно является в сущности вариантом онтологического доказательства бытия бога.