Вопросами перестройки Нового адмиралтейства занималась комиссия под председательством генерал-лейтенанта С.К. Ратника. На реорганизацию верфи требовались огромные средства, поэтому комиссия пришла к выводу, что выгоднее постепенно перенести судостроение на Галерный островок. Участки земли, занимаемые заводом, предполагалось продать городу, а вырученные деньги употребить на оборудование верфи Галерного островка. Предложенный план не осуществился полностью, завод остался на месте, но строительство крупных судов на нем прекратилось. В 1908 г. часть территории Нового адмиралтейства отошла к Санкт-Петербургскому порту.
Галерный островок расположен ниже Нового адмиралтейства и образован двумя рукавами р. Фонтанки, впадающей в этом месте в Неву. С 1828 г. на нем строили клипера и фрегаты. С 1858 г. верфь Галерного островка находилась в административном подчинении Нового адмиралтейства. По предложению комиссии С.А. Воеводского, для начала развития железного судостроения в России на Галерном островке решено было построить первое железное судно с подряда. Первым таким подрядчиком стал англичанин Митчел, имевший опыт в постройке железных судов. В 1862 г. с ним заключили контракт на постройку броненосной батареи "Не тронь меня". Затем с подряда построили еще ряд судов: монитор "Смерч", броненосный фрегат "Князь Пожарский", канонерские лодки "Чародейка" и "Русалка".
С началом постройки первого русского броненосца "Петр Великий" строительство судов с подряда на Галерном островке прекратилось.
С 1881 г. верфь Галерного островка перешла в аренду Франко-Русского завода (бывш. завода Берда), строившего судовые механизмы и котлы. За время аренды, продолжавшейся десять лет, были сооружены такие крупные корабли, как броненосцы "Император Николай I" и "Наварин".
После возвращения Галерного островка в казну на нем соорудили первый большой каменный эллинг для строительства крупных броненосцев. Здесь один за другим были спущены на воду эскадренные броненосцы "Петропавловск", "Севастополь", "Орел", а также крейсера "Диана" и "Паллада", достроен броненосец "Бородино", спущенный на воду в Новом адмиралтействе.
В 1901-1906 гг. на территории Галерного островка появился второй каменный эллинг. Несмотря на значительные средства, вложенные в его сооружение (около 1 млн. 200 тыс. руб.), к моменту окончания работ он уже устарел и не мог использоваться для строительства дредноутов.
В 1903 г. на территории Галерного островка выросло административное здание, которое не позволяло удлинить эллинг и мешало постройке новой судостроительной мастерской.
В целом территория верфи была застроена бессистемно, мастерские и другие сооружения располагались относительно эллингов неудобно и не обеспечивали поступательного движения судостроительных материалов в процессе их обработки в направлении от складов к стапелям.
При достройке броненосца "Бородино" особенно остро сказалось отсутствие достроенного бассейна, заставившее держать корабль у конца дамбы непосредственно на Неве. Но, несмотря на нерациональное расположение обрабатывающих цехов и устаревшее оборудование, стоимость одного пуда корпуса судна на верфи Галерного островка примерно равнялась стоимости пуда американских броненосцев (12,45 руб.) . Это достигалось за счет беззастенчивой эксплуатации рабочих. В период подготовки к походу 2-й Тихоокеанской эскадры, когда верфь работала наиболее интенсивно, количество рабочих на Галерном островке достигало 3000 человек.
Таким образом, к моменту закладки линейных кораблей "Гангут" и "Полтава" Галерный островок, представлявший идеальное место для постройки крупных кораблей, располагал только двумя стапелями, один из которых нуждался в расширении. Остальное хозяйство завода находилось в довольно беспорядочном состоянии.
В 1908 г. была проведена реформа в административно-хозяйственном управлении верфей Галерного островка и Нового адмиралтейства. Обе верфи объединили под общим руководством, образовался Адмиралтейский судостроительный завод, куда вошли также судостроительные мастерские Санкт-Петербургского порта. Начальником завода назначили корабельного инженера П.Е. Черниговского, а главным корабельным инженером объединенных верфей — Д.В. Скворцова, который имел двух помощников. При этом Адмиралтейский и Балтийский судостроительные заводы стали иметь общее правление, членами которого одновременно являлись оба начальника заводов.
Вопрос о перепланировке Галерного островка, постройке новой судостроительной мастерской и бассейна для достройки судов неоднократно поднимался П.Е. Черниговским и Д.В. Скворцовым перед Морским министерством. Инженерами Н.И. Дмитриевым и В.В. Колпычевым было разработано несколько вариантов проекта перестройки верфи. В нем предусматривалось, прежде всего, строительство закрытого бассейна для достройки самых крупных броненосцев и сооружение новой судостроительной мастерской. Для устройства бассейна предлагалось углубить и расширить правый рукав Фонтанки, впадающий в Неву, и присоединить к верфи часть территории, находившейся за этим рукавом. Планировалась также установка шеститонного крана с вылетом стрелы не менее 18 фут. (5,5 м) для погрузки оборудования и установки броневых плит. По размерам бассейн должен был вмещать одновременно два самых крупных корабля. Предполагалось соорудить через правый рукав Фонтанки плавучий мост и соединить Галерный островок железной дорогой с железнодорожной веткой Путиловского завода.
Этот проект переустройства Галерного островка был представлен в Морское министерство и одобрен Адмиралтейств-советом. Сметная стоимость всех работ по переустройству верфи составляла 1 млн. 17 тыс. руб. без учета строительства бассейна, моста и крана. В смете предусматривалось строительство новой судостроительной мастерской, мастерской между стапелями и новой литейной, оборудование медно-котельной мастерской и закупка новых станков. В нее была включена постройка здания электростанции и перенесение в него оборудования из Нового адмиралтейства.
Реорганизация верфи, начатая в соответствии с проектом в 1908 г. закончилась в 1912 г. Эти неотложные меры позволили впоследствии завершить строительство линейных кораблей "Гангут" и "Полтава" и приступить к сооружению линейных крейсеров "Наварин" и "Бородино". Для их строительства закрытые эллинги в 1911-1913 гг. были переоборудованы в отрытые стапели.
Но Адмиралтейский завод по-прежнему представлял собой чисто судостроительное предприятие и не располагал производственной базой для постройки судовых механизмов и котлов. По сложившейся на протяжении десятилетий традиции механизмы и котлы для судов, строившихся на Галерном островке в Новом адмиралтействе, изготовлял завод Берда, основанный в 1792 г. на Матисовом острове, ограниченном р. Невой и р. Пряжкой. В 1815 г. на этом заводе был построен первый русский пароход, после чего Ч. Берд получил монопольное право на строительство паровых судов в России.
Одновременно завод продолжал изготовлять паровые машины и котлы для двух соседних верфей. В 1881 г. завод Берда был приобретен французским акционерным Обществом Франко-Русских заводов и стал специализироваться на производстве судовых механизмов и котлов. Для строительства кораблей управляющий заводом француз де Буи добился передачи в аренду Галерного островка. К концу срока аренды 60 % акций Франко-Русского завода принадлежало Морскому министерству. Связи завода с верфями еще более упрочились, сложилась прочная кооперация судостроительных и машиностроительных предприятий. С 1905 г. Франко-Русский завод приступил к освоению выпуска судовых паровых турбин. В 1908 г. турбины, построенные им, получили диплом и большую золотую медаль на Всемирной выставке в Москве.
В получении ассигнований на строительство флота были заинтересованы и частные предприятия. Они начали наступление на казенные заводы, стремясь прибрать к рукам не только строительство легких кораблей, но и линкоров. Пример тому уже был — казенное Николаевское адмиралтейство было сдано в аренду частному заводу "Руссуд" на Черном море.