Поскольку, как справедливо полагал Дрейк, все города на Атлантическом побережье Панамы встревожены его появлением и подготовились к отпору, необходимо переждать, дать улечься волнению. Поэтому Дрейк решил сначала идти в Картахену. 13 августа его корабли бросили якорь у острова Сен-Бернардо, находящегося недалеко от Картахены. На одной из пиннас Дрейк подошел к входу в бухту и увидел там стоявший на якоре испанский корабль. На нем Дрейк нашел только одного матроса, объяснившего ему, что вся команда сошла на берег. Испанец рассказал Дрейку, что за два часа до этого мимо корабля прошла в Картахену испанская пиннаса, с борта которой его спросили, не видел ли он английские или французские корабли, и предупредили, чтобы он был начеку. Моряк также показал на другой испанский корабль, стоявший в глубине гавани, и сказал, что он должен на следующий день плыть в Санто-Доминго и на нем нет никакого груза. Это заинтересовало Дрейка, и он поспешил захватить корабль. Его действия увидели с берега и открыли орудийный огонь. Тем не менее Дрейк успел благополучно для себя увести оба корабля, причем второе судно было большим, водоизмещением 250 тонн.

Захваченные корабли Дрейк привел к острову Сен-Бернардо. По дороге туда он захватил два посыльных испанских корабля, которые везли в Картахену известие о нападении Дрейка на Номбре-де-Диос. Таким образом, у него скопилось слишком много кораблей, а людей было мало. Дрейк сжег два судна, в том числе «Лебедь», являвшийся его собственностью и составлявший почти весь его капитал. Остальные захваченные корабли Дрейк отпустил.

С одним «Пашой» и тремя пиннасами он ночью покинул Сен-Бернардо. Дрейк шел опять в направлении Панамы и через пять дней обнаружил очень удобную и хорошо скрытую от проходящих судов гавань. Обосновавшись там, он послал 5 сентября брата Джона с Диего на пиннасе установить контакты с маронами, а сам на остальных двух отправился в поисках продовольствия. Он достиг устья реки Магдалена на территории современной Колумбии и в течение дня плыл по ней. Высадившись на берег, он обнаружил огромные склады с продовольствием, предназначавшимся к отправке в Испанию. На складах находились и различного рода деликатесы для стола испанских грандов. Дрейк забрал все, оставив в тот год иберийский нобилитет без привычных заморских лакомств. 10 сентября Дрейк направился в обратный путь. По дороге он захватил три испанских судна, груженных свиньями, курами и гвинейской пшеницей, два из которых привел с собой в открытый им залив, названный Портом Изобилия.

К этому времени Джон Дрейк уже вернулся с хорошими новостями. Он сообщил, что мароны обещали сделать все, что в их силах, чтобы помочь Дрейку. Он договорился об этом с предводителем маронов по имени Педро. Джон также обнаружил очень удобную гавань, расположенную гораздо ближе к Номбре-де-Диос, чем Порт Изобилия.

На следующий день все корабли Дрейка уже плыли к новой гавани. Там Дрейк встретился с Педро. Тот спросил Дрейка, что он хочет получить за свое хорошее отношение к маронам. Дрейк, не колеблясь, ответил: золото. Педро сказал, что, хотя он и его люди не понимают ценности золота, другое дело железо — из него можно делать наконечники для стрел, они часто отнимают его у испанцев и прячут на берегах реки. Мароны с удовольствием отдали бы золото Дрейку, но сейчас берега затоплены. Начавшийся сезон дождей не позволит и караванам из Панамы доставить золото в Номбре-де-Диос. «Как долго это продлится?» — спросил Дрейк. «Пять месяцев», — был ответ.

Временем Дрейк располагал. В этом отношении отсрочка его не страшила. Его тревожило столь длительное бездействие команды. Он хорошо знал, что это может иметь пагубные последствия. Поэтому Дрейк поступил так. Он завел все свои и захваченные испанские суда в гавань, открытую братом Джоном. Приказал перенести пушки на сушу. Оставив Джона сторожить форт, Дрейк тем временем на двух пиннасах поплыл к Картахене, расположенной в 200 милях от гавани.

Ветер ему благоприятствовал, и через пять дней корабли подошли к острову Сен-Бернардо. Там Дрейк приказал бросить якорь. В порт он не заходил, несмотря на всевозможные уловки испанских властей заманить его суда. Вместе с тем Дрейк выводил из себя испанцев, осматривая, но не захватывая входившие в порт корабли, как если бы он был хозяином Картахены. Наконец, 3 декабря Дрейк поплыл к реке Магдалена, а оттуда к городу Санта-Марта, находившемуся на полпути между Картахеной и Рио-де-ла-Хача. Здесь он едва избежал гибели. Предупрежденные о его приходе испанцы сосредоточили артиллерию в лесу на высоком западном берегу залива, в месте, наиболее удобном для стоянки судов. Когда корабли Дрейка подошли туда, неожиданно раздались орудийные залпы, и ядра стали падать в воду рядом с английскими судами. Дрейк поспешил оставить город и увел пиннасы в открытое море. Команды пиннас начали роптать, так как со времени ухода из Картахены Дрейк не встретил ни одного испанского корабля, чтобы взять продовольствие, и люди страдали от голода. Тогда Дрейк решил действовать соответственно своей обычной практике: собрать офицеров, выслушать их мнения и поступить так, как сам считал нужным.

В данном случае офицеры с одной пиннасы считали, что нужно высадиться на побережье восточнее того места, где они находились, и попытаться достать продовольствие у местного населения. Офицеры с другой пиннасы также требовали немедленной высадки для поисков продовольствия. «Мы готовы следовать за тобой вокруг всего света, — говорили они, — но сейчас нам почти нечего есть. На восемнадцать человек экипажа пиннасы у нас только один окорок и 30 фунтов печенья. Мы все умрем, если не достанем продовольствия». Дрейк отвечал, что они находятся в лучшем положении, чем он сам. На его пиннасе такое же количество продовольствия приходится на 24 человека. Он уверен, что они последуют его решению, положась на «Божественное провидение, которое никогда не оставляет тех, кто верует в Бога». И приказал плыть к острову Кюрасао, находившемуся в 500 милях к востоку.

Люди со второй пиннасы очень неохотно последовали за капитаном. Но Дрейка ждала удача. Пиннасы не прошли и семи миль, как увидели испанский корабль. Дрейк немедленно приказал остановить его. Испанцы, видя подходившие пиннасы, открыли по ним орудийный огонь. Сильная волна мешала Дрейку начать ответную стрельбу со своих маленьких суденышек. Когда волнение на море несколько успокоилось, с пиннас начался обстрел испанского корабля, а затем они подошли к нему вплотную, и люди Дрейка взошли на палубу. Судно было захвачено, на нем оказалось много продовольствия. Дрейк отпустил испанцев с миром, сам же поплыл дальше, но уже в другом направлении. Пусть испанцы ждут его где-нибудь у побережья Новой Андалузии. Он пойдет к оставленным на брата Джона судам. Пришло время соединить силы для осуществления главной цели.

Через семнадцать дней плавания Дрейк достиг Форта Диего, так он назвал место, где семь недель назад приказал построить укрепленный лагерь. Здесь его ждали плохие новости. Его брат Джон, совершая на пиннасе плавание вдоль берега, встретил испанское судно, которое попытался захватить. Но и сам он, и его люди были почти безоружны. Джон бросился на палубу корабля во главе штурмующей группы, держа в одной руке сломанную рапиру, а в другой вместо шита подушку. Он получил пулю в живот, и «в течение часа этот юноша, подававший большие надежды, окончил свои дни», — писал один из спутников Дрейка.

Дрейка ожидала и другая беда. Десять человек заболели, и большинство из них умерли через несколько дней. Среди умерших был второй брат Дрейка — Джозеф. Надо заметить, что это единственный случай, когда в описаниях жизни Дрейка, воспоминаниях его современников и сподвижников упоминается имя этого его брата. Остались неизвестными ни обстоятельства его жизни до этого плавания, ни даже его возраст.

Дрейк приказал хирургу вскрыть тело Джозефа, чтобы обнаружить, что за болезнь поразила его команду, определить, как ее лечить. Вразумительного ответа Дрейк не получил: сам хирург умер через несколько дней. Один из спутников Дрейка впоследствии писал: «Это был первый и последний эксперимент в области анатомии, который капитан сделал во время плавания».