Осознавший размах советских проникновений Запад столкнулся с другой трудностью — проблемой контрразведки. Тысячи расследований и проверок безопасности перенапрягали ресурсы ФБР и офиса военно-морской разведки. Так, в феврале 1948 г. офис военно-морской разведки имел в общем 15 000 незаконченных расследований, каждый месяц к ним прибавлялось еще 850 расследований, и большая их часть так и осталась незавершенной.

Среди самых запутанных дел того времени был случай с американским моряком, уволенным из ВМС с диагнозом «психопат». Пройдя курс лечения, он сумел устроиться в торговый флот с твердым намерением действовать впоследствии как агент офиса военно-морской разведки. Во время заходов его судна в порты Копенгагена и Хельсинки он контактировал с американскими атташе на предмет его вербовки. Эта попытки окончились неудачей, а его поведение привело к тому, что всех американских атташе в странах, расположенных на берегах Балтийского моря, призвали остерегаться фаната профессии разведчика.

 Торговые и рыболовные суда Советского Союза и стран Восточной Европы были подходящими платформами для проведения разведывательных операций, поэтому очень часто они использовались для высадки или взятия на борт агентов в различных уголках земного шара. Эти судна могли также вести разведку вблизи военных баз и сообщать по радио о любом встреченном ими американском, британском или другом западном военном корабле. Потенциальные возможности торгового судна или же траулера для участия в тайных операциях стали в тот период абсолютно очевидными для западных разведывательных служб. В связи с увеличившимся количеством донесений о том, что агенты востока проникают в Соединенные Штаты, офис военно-морской разведки в начале 1947 г. мобилизовал своих военно-морских атташе на отслеживание советских агентов и революционеров, тайно перебрасываемых в Западную Европу, Соединенные Штаты и Латинскую Америку на советских и восточноевропейских торговых судах. Шестнадцатого сентября 1947 г. Вашингтон информировал своих военно-морским атташе в Москве, Афинах, Риме, Париже и Мехико о том, что в конце февраля пароход «Россия» доставил в Нью-Йорк 13 агентов НКВД. Позже тот же пароход высадил 12 агентов в Мексике; наконец, в июле, группа из 17 оперативных работников, спрятанных среди пятисот евреев из Хайфы, проникла якобы в Соединенные Штаты. В целом пароход «Россия» мог доставить в разные страны Запада около 190 агентов. Помощник военно-морского атташе в Одессе прислал имена подозрительных лиц, проживающих в США, которые контактировали или же намеревались установить контакт с прибывающими в США из Одессы советскими судами.

Седьмого марта 1947 г. атташе сообщил имена двух человек (Владимир Руль и Григорий Кересман), предположительно, коммунистов, которые встречались со старпомом советского торгового судна «Сухона» в терминале Клермонт в городе Нью-Йорк. По информации военно-морского атташе, сестра Кересмана была в Советском Союзе майором МВД. Офицер одесского атташата сообщил имена еще трех человек, которые, предположительно, являлись советскими агентами и уже проникли в США. Этими людьми были Кокиян, Поторжинский и Барановский; первый из них работал на каком-то оборонном предприятии, второй был шпионом поважнее и вращался в театральных кругах Нью-Йорка, а третий ушел на нелегальное положение.

Многочисленные польские перебежчики открыли уникальную картину организованного Советами шпионажа, ведшегося с польских судов. Один из перебежчиков рассказал ведшим опрос сотрудникам отдела разведки при командовании ВМС США в Германии, что в польском торговом флоте все дела, связанные с радиосвязью и электроникой, контролируются организацией под названием «Морска обслуга радиова», или «МОРС», головная контора которой располагается по адресу: 5—7, улица Зигмунта Августа, Гдыня, Польша:

«Все суда обязаны иметь радиооператора-поляка; это касается даже тех судов, которые идут в Китай с командой, набранной исключительно из китайцев. В целом для этой работы подбирают только испытанных коммунистов, поскольку помимо их действительной работы радиооператором они занимаются разведывательной работой. Они имеют оборудование для передачи собранной ими разведывательной информации в разведывательные управления ВВС и ВМС Польши, а также в управление контрразведки. Дополнительно к этому от них требуют собирать за рубежом информацию о технических разработках и опыте. Эти радиооператоры высоко ценятся польскими разведывательными службами, потому что, как говорят, они выполняли важные задачи. Все ремонты радиоаппаратуры на находящихся в польских портах иностранных судах проводятся служащими «МОРС». Этим ремонтникам даны указания проверять блоки РЛС, радиостанции, эхолоты и компасы с целью обнаружения новых разработок, которые надо учитывать».

Другой польский перебежчик вспоминал о том, как на его судне, которое называлось «Гуго Коллонтай» и направлялось в Южную Америку, случилась странная подмена штатного политработника. Новичок оказался агентом и обычно пропадал на берегу все время, пока судно стояло в порту:

«Совсем неожиданно 28.08.1951 г. наш политработник собрал свои вещи и покинул судно, заявив, что в этом плавании у нас будет другой политработник. Новый человек появился незадолго до отхода. Это был мужчина среднего телосложения, ему было около 35 лет, с черными волосами и тонкими чертами лица. Звали его Микласс. Кажется, он совсем не переживал по поводу своих обязанностей политработника, и его можно было видеть то что-то пишущим, то принимающим солнечные ванны, то просто болтающимся поблизости. Когда судно заходило в Дакар, Рио-де-Жанейро, Сантос, Монтевидео, он обычно покидал судно и возвращался на него незадолго до отхода. Из Сантоса он на поезде ездил в Сан-Пауло, где находилась большая польская община. Источник (моряк) и многие другие моряки считают, что этот человек был специальным агентом. Однажды источник подслушал разговор между главным стюардом Сетовским, который был секретным сотрудником контрразведки, и кем-то еще.

Они называли Микласса майором... Приятель источника с польского судна «Ольштын» рассказывал, как команде были приданы в качестве учеников три молодых человека, но они ничего не соображали в навигации. В Греции они сошли на берег и возвратились перед самым отходом, приведя с собой какого-то мужчину, которого поместили в специальную каюту. Он не покидал каюты, пока судно не прошло Кильский капал».

Был еще случай, когда восточногерманское полувоенное подразделение, базировавшееся в Засснице и состоявшее из молодых парней, выдававших себя за рыбаков, посетило на своих траулерах южную Швецию и Данию. Они прибыли в Копенгаген 26.11.1951 г., намереваясь идти дальше к проливу Каттегат. Подозрительным обстоятельством явилось то, что они вошли в Копенгаген через очень узкий и малоиспользуемый пролив между островами Зеаланд и Амагер, а не воспользовались коммерческим проходом восточнее Амагера. Они заявили, что сбились с пути, но тут же появилось предположение, что они выбрали пустынный проход для тайной высадки людей. Траулеры были взяты под стражу полицией, и командам не разрешили выход на берег. Суда покинули Копенгаген 28 ноября.

Осенью 1951 г. советские траулеры расширили географию рыболовства и появились в необычных местах, а именно у восточного и южного побережья Исландии, вызвав подозрения относительно истинных целей их пребывания в территориальных водах Исландии, всего в нескольких милях от базы ВВС США в Кефлавике. Легкое возбуждение местного значения в связи с арестом одного траулера береговой охраной Исландии усилилось после случайного появления на сцене двух эсминцев ВМС США, которые встали на якорь с обоих бортов советского рыболовного судна. Местные сплетники прокомментировали быстроту, с которой здесь появились эсминцы; однако эсминцы не знали национальную принадлежность траулера. Пресса сообщала, что члены команды траулера были преимущественно блондинами скандинавского типа, а капитан показал себя бывалым путешественником, неплохо говорившим по-английски и наверняка раньше уже ловившим рыбу в исландских водах, поскольку он хорошо разбирался в условиях местной навигации. Проанализировав разные сообщения, офис военно-морской разведки констатировал, что траулеры действительно занимались ловлей сельди, поскольку влезли на исландские рыбные банки со своими большими сетями и нарушили территориальные воды, случайно не попав в руки исландской береговой охраны. Однако близость двух траулеров к побережью с обеих сторон полуострова Рейкьянес заставила офис военно-морской разведки предположить, что они могли также попытаться нанести на карту отмели вдоль береговой черты и сделать промеры глубин для возможной в будущем амфибийной высадки.