В то время как князю Мазовии и Добжинским рыцарям приходилось противостоять дерзким набегам пруссов, рыцари-меченосцы Ливонии сошлись в противоборстве с эстонцами, поддержанными русскими князьями Пскова и Новгорода, которые видели в ордене на берегах Рижского залива препятствие их выходу к Балтийскому морю. Эстонское сопротивление меченосцам велось силами жителей острова Эзель (Сааремаа), которые контролировали вход в Рижский залив. Эстонцы Эзеля попытались в 1215 г. высадиться на берег и продвинуться к Риге, но были отброшены. Епископу Альберту пришлось обратиться за помощью к королю Дании Вальдемару II. Весной 1219 г. мощный датский флот появился перед островом, который, несмотря на сопротивление местного населения, был захвачен; затем датские «крестоносцы» обосновались на северном побережье Ливонии и построили хорошо укрепленный лагерь возле крепости Линданисе. Этот лагерь и стал началом города Таллина, название которого означает по-эстонски «город датчан», тогда как немцы называли его Ревелем.

Эстонцы упорно сопротивлялись иностранному вторжению;, в 1222 г. им удалось изгнать датчан с острова Эзель; затем мятеж распространился на всю страну. Вооруженное вмешательство рыцарей-меченосцев закончилось катастрофой 29 января 1223 г. в сражении при Феллине (Впльяндп), когда погибло большое число рыцарей. В очередной раз эстонцы призвали на помощь русских князей, которым пообещали за оказанную помощь половину трофеев, отобранных у меченосцев и немецких наемников. С помощью русских эстонцам удалось изгнать из своей, страны иностранцев, но затем последовало губительное решение напасть на латышей, отношения с которыми были всегда натянутыми. Латыши объединились с меченосцами. Эстонцы были отброшены за реку Седу, что рядом с озером Буркниекс. Меченосцы перешли в наступление. Датчане отбросили русских от стен Таллина. Весной 1224 г. христианское контрнаступление привело к взятию одного из последних опорных пунктов эстонцев — города Тарту (Дерпт), но лишь в 1227 г. последний бастион эстонского сопротивления, остров Эзель, оказался снова в руках датчан.

Союз между датчанами и рыцарями-меченосцами позволил подавить сопротивление эстонцев, которые потеряли свою независимость, и это продлилось века. Но потребовалось вмешательство посланника папы, легата Вильгельма Моденского, чтобы достичь компромисса при разделе завоеванных земель. Датчане сохранили север Эстонии, с Таллином, который в религиозном плане подчинялся архиепископу Лунда; орден меченосцев получил центральную часть страны с территориями Парумаа, Ярватнаа и Виландимаа. Тартумаа, Даанемаа, Хийумаа и часть Эзельского острова были приписаны к недавно созданным епископствам Тарту и Аренсбурга.

Таким образом, правда, не без труда, под постоянной угрозой возрождения язычества, «всегда возможных мятежей местного населения, одержимых своей независимостью, военный и религиозный орден рыцарей-меченосцев с помощью королевства Дании сумел поработить население Ливонии и Эстонии, проводя политику христианизации и колонизации этих земель». Местное население, проживающее исключительно в сельских местностях, было включено в феодальное общество и подчинилось его законам, продиктованным Западом. Крестьяне на своих бывших землях оказались арендаторами, обложенными податями и налогами в пользу светских и церковных иностранных сеньоров, в основном германских, но также и датских. В стране строились крепости, некоторые выросли впоследствии в города, заселенные немецкими колонистами.

Эти завоевания еще больше изолировали пруссов от внешнего мира. Неоднократно пруссы доказывали свое твердое намерение оставаться свободными и сохранить свои религиозные верования; они, несомненно, представляли угрозу для германских институтов Ливонии и Померании, точно так же, как и для княжеств северной Польши. Князь Мазовии, ставший жертвой многократных грабительских набегов пруссов, был не в состоянии защищать свое герцогство; он не мог рассчитывать ни на помощь короля Польши, ни на помощь короля Дании, интересы которого лежали в Эстонии. Это вынудило его зимой 1225-1226 гг. призвать на помощь тевтонских рыцарей.

Еще при великом магистре Германе фон Зальца, когда казалось, что Тевтонский орден прочно обосновался на Святой земле, рыцарям представился случай утвердиться в Венгрии.

В 1211 г. король Венгрии Андрей II (1205-1235) предложил тевтонским рыцарям земли на юго-востоке Трансильвании и поручил им превратить эти земли в бастион защиты от языческого народа куманов, постоянно угрожающих своими набегами его королевству

Можно задать себе вопрос о причинах, побудивших короля Венгрии призвать именно орден тевтонских рыцарей, а не какой-либо другой военный орден. Госпитальеры, например, обосновались в Венгрии уже в 1147 г. Чтобы ответить на этот вопрос, следует в первую очередь вспомнить, что со времени создания венгерского государства королем Стефаном Святым (997-1038), венгерские правители привлекали колонистов для заселения своего обширного королевства и тем самым обеспечивали его защиту. Сам Стефан Святой был инициатором такой политики; не он ли написал в своем завещании наставление наследному принцу: «Королевство слабо и непрочно, если в нем будет господствовать только один язык и одни обычаи». Именно при одном из его преемников, Гезе II (1141-1162), обосновались в Верхней Венгрии (сегодня Словакия) и Трансильвании первые немецкие колонисты, там их называли саксонцами. Эта политика была продолжена и развита при Беле III (1172-1196). Обе стороны были в выгоде. Для Венгрии это была возможность заселить еще необитаемые горные регионы на периферии и добывать ископаемые минералы, коих было много: (горнорудное дело) золото, серебро, соль; для Священной Римской империи это была возможность бороться с перенаселением в сельских местностях, вызванным демографическим ростом, начавшимся еще в XII столетии.

В конкретном случае обращение к тевтонским рыцарям в начале XIII столетия было обусловлено многими причинами. Король Андрей II в 1206 г. женился на немецкой принцессе Гертруде из княжеской семьи Южного Тироля. При Гертруде немецкое влияние при Венгерском дворе особенно возросло, так как молодая королева привезла с собой свое немецкое окружение, состоящее в основном «из меранских жителей, т. е. жителей Восточных Альп». Король Андрей II, чья власть неоднократно ставилась под сомнение представителями аристократии, попытался опереться на окружение жены, поскольку благодаря им мог бы рассчитывать на поддержку папы Иннокентия III (1198-1216). Папа действительно благосклонно отнесся к сближению Венгрии и Священной Римской империи, ведь он пытался объединить христианский мир для нового крестового похода. Среди германцев, пользовавшихся королевской щедростью, следует упомянуть Бертольда — младшего брата королевы Гертруды, который при поддержке Андрея II был избран архиепископом Венгрии. Несколькими годами позже король Андрей II поручил архиепископу новую миссию, на этот раз политического характера, назначив его губернатором Далматии и Хорватии. Вскоре Бертольд становится воеводой Трансильваиии, т. е., по сути, представителем короля в этом регионе.

Другой брат королевы Гертруды, Эккерт, епископ Бамберга, также пользовался королевскими милостями и играл важную политическую роль при дворе. Именно он в 1211 г. устроил помолвку дочери Андрея II и Гертруды-Елизаветы, которой тогда было четыре года, с принцем Людовиком, сыном маркграфа Тюрингии Германа (1190-1217). Елизавета после смерти была канонизирована Церковью и известна как Св. Елизавета Венгерская (или Тюрингская). Эккерт и третий брат королевы, маркграф Генрих Истринский, нашли убежище в Венгрии в 1208 г. после изгнания из империи за участие в убийстве императора Филиппа. Во время ссылки оба пользовались королевской щедростью. По случаю помолвки Елизаветы папа добился от императора Отгона IV амнистии для них.