Этот договор был дополнен договором в Христбурге 7 февраля 1249 г., заключенным с прусскими правителями, где решался вопрос о правах и обязанностях народов, покоренных орденом, при условии, конечно, что они обратятся в христианство. Орден этим договором признавал за местным населением личные свободы при условии, что они останутся верными своей новой вере — христианству; они получали право приобретать земли и продавать их, передавать по наследству, правда, только прямым наследникам. При отсутствии таковых их имущество переходило ордену. Обращенное местное население пользовалось правовой защитой, имело право заключать таинство брака, становиться христианскими священниками и даже вступать в Тевтонский орден, если они были выходцами из местных землевладельцев. Все должны были в обязательном порядке отказаться от старых языческих обычаев (полигамия, кремация усопших, человеческие жертвоприношения, идолопоклонничество), строго соблюдать религиозные праздники и крестить новорожденных. Они также были обязаны платить ордену десятину, честно ему служить и не уклоняться от воинской повинности.
В доказательство искренности своего обращения в христианство они должны были построить за свой счет тринадцать церквей в Помезании, шесть в Варнии, три в Натангии — все в трехгодичный срок. Обращенные пруссы подчиняются магдебургкому и польскому праву, за исключением судопроизводства и других решений по вопросам, не относящимся к законам Божьим и церковным. Наконец, те, кто до сих пор не приняли крещения, должны это сделать в ближайшее время, в противном случае они подлежат выселению, а их имущество конфискации.
Этот договор однозначно доказывает явный интерес, который Тевтонский орден проявлял к христианизации покоренных народов. Но еще до заключения договора были предприняты меры, через посредничество легата Вильгельма Моденского, направленные на организацию будущей прусской Церкви. Булла от 28 (или 29) июля 1243 г., составленная легатом и утвержденная папой Иннокентием IV, делила Пруссию на четыре епископства: Кульмское, Помезанское и Вармское, четвертое должно было быть создано на землях, которые еще надлежало завоевать. Каждое епископство делилось между епископом и Тевтонским орденом так, чтобы епископу досталась в личную собственность треть территории, по его выбору, но распространял он свое влияние на всю территорию. Защита же территории полностью лежала на ордене, в исключительных случаях епископы должны были принимать активное участие в ее защите. Для контроля над прусской Церковью епископ Риги, которому уже подчинились Ливония и Эстония, распространил свои полномочия и на Пруссию. В булле упоминалось, что Пруссия принадлежит Престолу Святого Петра и что Церковь передала ее ордену вместе с правами и доходами. В 1245 г. документ, изданный Фридрихом II» подтвердил право Тевтонского ордена на владение Ливонией, Курляндией и Хиромантией.
Объединение в одной епархии прусских, ливонских и эстонских земель подтвердило, что, помимо Пруссии, тевтонские рыцари начиная с 1237 г. распространили свою сферу деятельности на Прибалтику. Объединенный орден тевтонцев и меченосцев стремился восстановить свою власть в Ливонии. Однако этот регион находился под вечной угрозой набегов извне. На севере русские добивались выхода к Балтийскому морю и столкнулись с тевтонцами. 5 апреля 1242 г. Александр Невский, новгородский князь, разгромил тевтонцев на Чудском озере, но победа его не имела последствий. Другой угрозой для Ливонии была и осталась Литва, все еще языческая страна, вопреки всем попыткам, предпринимаемым Ригой для ее обращения в христианство. Литовцы всегда были готовы подбивать ливов на бунт. Против литовцев тевтонские рыцари использовали доказавший свою эффективность в Пруссии метод строительства крепостей на границах с вражескими территориями. Так был построен Мемельбург напротив северного конца Куршской косы, на границе Пруссии с территорией жемайтской Литвы. Место было выбрано весьма удачно, так как позволяло контролировать береговую линию, обеспечивающую территориальную целостность Ливонии и Пруссии. У подножья крепости раскинулся город Мемель, который заселили колонисты из северной Германии.
Перед неослабевающей угрозой со стороны литовцев в Риме стали задумываться об организации нового крестового похода. Получив подобное известие, великий князь Литовский Миндовг проявил осторожность и согласился принять крещение в 1251 г. Через год в своем замке Варуте он получил из рук епископа Кульма, стоящего в окружении тевтонских рыцарей, княжескую корону. Отныне Миндовг становился правителем государства, официально признанного членом христианского сообщества. Итак, Литва становилась протекторатом Тевтонского ордена де факте, а великий князь несколько раз проявил добрую волю, щедро одаривал Тевтонский орден, сначала в 1225 г., затем в 1257 г.
Несмотря на внешнюю доброжелательность Миндовга, Тевтонский орден не терял бдительности, и из соображений безопасности великий магистр ордена Поппон фон Остерна, бывший великий магистр командорства Пруссии, прекрасно знающий страну, серьезно призадумался над тем, как контролировать все прусские земли, расположенные рядом с Литвой и еще независимыми Самбией, Надровией и Скаловией. Доминиканцы по всей Священной империи призывали к новому крестовому походу, что позволило собрать почти шестьдесят тысяч человек, которые присоединились к тевтонским рыцарям. Командование взяли на себя король Богемии Оттокар II, его шурин Оттон III Бранденбургский и молодой Рудольф Габсбург — будущий император — многочисленные сеньоры прибыли из Саксонии, Тюрингии, Ренании, Богемии и Моравии. Во время кампании 1254-1255 гг. крестоносцы добились значительных успехов. Самбия была разграблена, язычество уничтожено. Самбийские правители покорились и дали согласие на обращение в христианство лично и своих подданных. А на холме, на котором шумел священный лес, крестоносцы заложили город, названный впоследствии «Королевская гора», — Кенигсберг — в честь короля Богемии. Самбийский правитель Треско, желающий доказать свою преданность ордену, уступил ему свой замок Вехло.
Однако Надровия и Скаловия продолжали сопротивляться, ордену пришлось прервать военные операции в этом районе в 1259 г. в связи с тем, что вспыхнула война с литовцами. Жемайты и земгалы восстали 13 июля и нанесли тевтонским рыцарям ощутимое поражение в битве при Дурбене. Среди ста пятидесяти рыцарей, погибших в бою, были великий магистр Ливонии и прусский маршал. Повсюду в Литве стали преследовать христиан, язычество расцвело с новой силой. По всей вероятности, дело не обошлось без участия Миндовга, хотя официально он якобы присоединился к восстанию только в 1261 г.
Перед лицом всеобщего восстания в Ливонии и Литве папа Александр IV призвал к новому крестовому походу, но восстание ширилось. Пруссы, в свою очередь, присоединились к восстанию, разрушали церкви и разоряли хозяйства немецких колонистов. Что до пленных — их убивали после жестоких пыток. Молодые прусские дворяне, возведенные в дворянское достоинство тевтонскими рыцарями, возглавили восстание, которое распространилось по всей земле прусской, кроме Кульмерланда и Помезании, где немецкая колонизация была в то время достаточно прочной и стабильной. Именно это восстание пруссов и побудило Миндовга открыто порвать с Тевтонским орденом. До сих пор он тайно поддерживал восстания литовцев и пруссов. Во главе объединенных сил литовцев и жемайтов Миндовг вторгся в Мазовию и нанес серьезное поражение тевтонским рыцарям в Пуркависте в январе 1261 г., в то время как пруссы осадили Кенингсберг, Кресбург, Бартенштейн, Хельсберг и другие опорные пункты тевтонцев в Вармии. Подкрепление, прибывшее из Германии, позволило исправить положение в начале 1262 г., однако на севере и северо-востоке Пруссии тевтонские рыцари оказались заблокированными в своих крепостях.
Новый великий магистр Анно фон Зангерхайзен (1262-1274) получил тяжелое наследие. Сразу же после избрания он обратился за помощью к папе и всем европейским принцам. Еще до прибытия крестоносцев рыцари оказались вовлеченными в изнурительные войны как в Пруссии, так и в Ливонии, успехи чередовались с поражениями. Несмотря на это, они пытались отвоевать страну, умножая строительство крепостей по мере продвижения по вновь завоеванной территории. Так, в 1263 г. они построили замок Тапио (Сугурб) на Преголе и Витландисорта (Лахти) на балтийском побережье, однако в том же году тевтонцы потерпели поражение в Лобау, когда погибло много рыцарей и командоров ордена. Ордену пришлось оставить вновь завоеванные земли до прибытия крестоносцев. Только к концу 1265 г. прибыло первое подкрепление из Пруссии под командованием герцога Альберта Брауншвейгского и ландграфа Альберта Тюрингского; в 1266 г. прибыли маркграфы Брандебурские, Иоганн и Оттон, со свежими войсками, которые приняли участие в строительстве новой крепости, названной Брандебургом, рядом с Кенигсбергом. Затем прибыло пополнение под предводительством короля Богемии Оттокара. Прибытие всех перечисленных крестоносцев позволило исправить положение, довольно плачевное к тому времени.