Сначала уменьшилось количество братьев-рыцарей; затем обращение к крестоносцам или добровольцам из других стран все меньше и меньше находило отклик, так что приходилось прибегать к услугам наемников, число которых постоянно росло, однако оказалось, что наемники стоили непомерно дорого, денежные ресурсы ордена таяли, а увеличение налогов вызывало растущее недовольство со стороны подданных. Не следует забывать еще об одной причине. В ордене абсолютная власть магистра после Танненберга постоянно ставилась под сомнение. Магистр Рюссдорф был обвинен в недееспособности некоторыми рыцарями и командором Германии Эберардом фон Зауншаймом, который не постеснялся упрекнуть его в том, что он ослабил орден подписанием Бржеского договора. Магистр ответил тем, что отстранил командора от должности. Командор, используя устав ордена, принятый в 1339 г. и засекреченный до этих пор — речь идет о так называемом Орселенском положении, которое запрещало магистрам «отчуждать, продавать или обменивать любую страну и любого подданного без согласия правителя Германии», — оспорил смещение магистра Германии перед капитулом, собравшимся в Мариентале. После установления подлинности Орселенского положения императором и церковным Собором в Бале, Эберард фон Заунштайм обвинил великого магистра в том, что тот продал земли ордена без согласия правителей Германии и Ливонии, и потребовал, чтобы тот предстал перед капитулом в Мариентале. Несмотря на возражения некоторых герцогов империи и членов Церковного Собора в Базеле, должность великого магистра была объявлена вакантной, и Эберард фон Зауншайн получил в 1438 г. титул наместника ордена.
Конфликт между правителем Германии и великим магистром спровоцировал напряжение в Пруссии. Лига Ящериц использовала недовольство подданных ордена, чтобы создать союз дворянства с городами. Магистр Руссдорф искал поддержки у своих прусских подданных, созывал представителей в Эльбинг, но все напрасно. Представители городов договорились с представителями дворянства об образовании Прусской Конфедерации (Der Preussische Bund), целью которой стала защита прав и привилегий. Акт о создании Прусской Конфедерации был подписан 14 марта 1440 г. в Мариенвердере представителями городов Пруссии (Кульм, Торн Эльбинг, Данциг, Кенигсберг, Страсбург и др.) и дворянства.
Магистр Руссдорф столкнулся теперь с мятежом своих подданных. Он созвал Большой Совет и Ассамблею городов в день Вознесения 1440 г. Собравшиеся представители проголосовали за отмену большей части налогов и поборов, которые были введены, дабы покрыть военные расходы. Магистр, обескураженный неудачами, слабый в силу почтенного возраста и нездоровья, решился отречься от сана во время генерального капитула, состоявшегося в Мариенбурге 6 декабря 1440 г.
В течение четырех месяцев, прошедших со дня отречения Руссдорфа и выборами его преемника, Конрада фон Эрлихсхаузена (1441-1449), Прусская Конфедерация добилась своего официального признания императором, что было отражено в документе, подписанном 6 февраля 1441 г. Новый магистр, сознающий шаткость своего положения, пытался сохранить мир с соседней Польшей; он дважды встречался с молодым королем Польши Владиславом III, сначала в Бржеске, затем в Торне, на последней встрече были подтверждены условия договора 1435 г. Его племянник и преемник Людвиг фон Эрлихсхаузен (1450-1467) попытался с помощью папы и императора призвать к повиновению Прусскую Конфедерацию. Члены Конфедерации обратились к новому королю Польши Казимиру IV за поддержкой в борьбе против ордена. Несмотря на то что король Польши сообщил магистру о своем намерении строго соблюдать условия действующего договора, он продолжал поощрять действия членов Конфедерации. В начале февраля 1454 г. всеобщее восстание против ордена под руководством Ганса фон Байзена разгорелось во всей Пруссии. Некоторые замки ордена попали в руки повстанцев и были разрушены. Данциг, Страсбург, Эльбинг пали, затем настала очередь Балги и Кенигсберга. Только в феврале, согласно летописям ордена, пятьдесят шесть городов были взяты членами Конфедерации, и 17 февраля 1454 г. конфедераты осадили Мариенбург.
Обе стороны пытались вербовать наемников в империи, Богемии и Польше, но денег не хватало, особенно у Тевтонского ордена. Запертый в стенах Мариенбурга, великий магистр призвал на помощь великого командора Саксонского; он поручил ему сдать в аренду территорию Новой Марши, находящуюся в руках курфюрста Бранденбургского, за сорок тысяч рейнских флоринов. Соглашение было заключено в Кельне-на-Шпрее 22 февраля 1454 г.
В то же время делегация конфедератов отправляется в Краков, чтобы предложить королю Польши Пруссию, взамен король должен подтвердить их привилегию на свободную торговлю и отменить таможенные пошлины. Польша бросила все свои силы против Тевтонского ордена, на этот раз с участием членов Конфедерации, которые 15 апреля 1454 г. в Торне поклялись в верности Польше в войне против Тевтонского ордена, что и ознаменовало начало войны, известной под названием Тринадцатилетней, которая закончилось триумфом врагов ордена.
В начале войны тевтонские рыцари оказались в одиночестве: больше половины городов присоединилось к Конфедерации. Церковь Пруссии присоединилась к королю Польши. За исключением епископа Вармии, все остальные присягнули на верность новому владыке, королю Польши. Однако члены Конфедерации и их польские союзники были осуждены папой и императором, а также почти всеми европейскими монархами.
Прибытие командора Германии с подкреплением заставило конфедератов снять осаду Мариенбурга и присоединиться к польской армии. 18 сентября тевтонцы освободили крепость Кониц в Померании и одержали победу над осаждающими, большинство штандартов Польши и Литвы, а также польские королевские знамена попали в руки победителей, вместе с несколькими пушками, не считая большого количества других трофеев. Король Казимир и его армия отошли на юг и укрепились на подступах к Торну. Коницкая победа позволила тевтонским рыцарям освободить Мариенбург и занять Меве и Диршау, которые были в руках конфедератов. Она изменила отношение некоторых мятежных городов, тем более что посол папы Николая пригрозил отлучением от Церкви мятежникам и их союзникам. В конце сентября Мариенвердер, Остерод, Дейч-Эйлау подчинились великому магистру, а епископ Самбии лично преподнес магистру золотые дароносицы своих церквей, дабы финансировать набор наемников.
Вербовка наемников стала настоятельной необходимостью для ордена, если он хотел контролировать города и регионы, находящиеся в руках конфедератов, противостоять новым нападениям Польши. Орден не смог возвратить курфюрсту Бранденбургско-му одолженные им в 1454 г. деньги под залог орденских земель; дабы погасить этот долг, магистр должен был актом от 16 сентября 1455 г. уступить эти земли курфюрсту Фридриху, так же крепости и территории Дрездена и Сшифейбена с оговоркой, что ордену возвращаются все земли после смерти курфюрста, если орден выплатит сто тысяч рейнских флоринов. Был заключен союз между Тевтонским орденом и курфюрстом Бранденбургским, который терял силу в случае конфликта с Польшей.
Прляки перешли в наступление в октябре 1455 г., но без особого успеха. Наоборот, орден сумел вернуть себе несколько городов и крепостей, которые все еще были во власти конфедератов, но Данциг и Эльбинг остались в руках мятежников. Однако Тевтонский орден оказался не в состоянии развить и закрепить успех из-за нехватки сил. Немецким наемникам и цыганам, завербованными в начале войны, не заплатили обещанных денег, и орден опрометчиво оставил им в залог крепости, в которых они расквартировались, в частности Мариенбург. Сейм Польши предложил капитанам наемников купить укрепленные крепости. Магистр попытался договориться об отсрочке; некоторые наемники согласились, но руководитель цыганского гарнизона Мариенбурга предпочел продолжить переговоры с поляками.
Положение великого магистра было не из лучших. Наемники требовали денег, которые орден был не в состоянии заплатить, в то время как польский король готов был платить за помощь конфедератам и наемникам, которых не мучили угрызения совести, он мог удерживать Мариенбург и контролировать действия магистра и всех тевтонов. Измена наемников, грабежи и резня, которыми они не гнушались по отношению к мирному населению регионов, привели к тому, что некоторые конфедераты усомнились в целесообразности политики своих руководителей. Но было слишком поздно. Когда народ Данцига захотел примириться с орденом, руководители Конфедерации попросили наемников подавить мятеж и насильно принудили жителей Данцига подчиниться Конфедерации. Тем временем наемники вели переговоры с поляками и по договору от 15 августа 1456 г. пообещали продать королю Польши Мариенбург, Диршау, Меве, Кониц и Хаммерштейн за 436 192 венгерских флоринов, подлежащих выплате до конца года. В то же самое время они предложили магистру, что откажутся от своего соглашения с поляками, если орден выплатит им аналогичную сумму… незамедлительно. Однако орден был не в состоянии собрать подобную сумму за такое короткое время. Мариенбург и его жители оказались в полном распоряжении озверелой банды наемников.