Тевтонские рыцари были в Кандии в 1667 г. и поддержали эту венецианскую крепость, осажденную оттоманскими войсками. Магистр, учитывая его роль в кампании 1664 г. и опыт в венгерской войне, был назначен в 1673 г. императором Леопольдом I главой Совета правительства Венгрии (Gubernium). На этом посту он весьма разумно пытался поддерживать мир между противоборствующими сторонами, но его усилия были напрасны; он попросил отставки и окончательно покинул Венгрию в сентябре 1679 г. Назначение нового магистра в Венгрии доказывает, что Габсбурги, не колеблясь, поручали рыцарям Тевтонского ордена политические миссии, что в очередной раз меняло саму природу ордена, но в то же время способствовало его сохранению
Позже тевтонские рыцари приняли участие, в составе императорской армии, в освобождении Венгрии. Магистр Людвиг-Антон фон Пфальц-Нейбург (1684— 1694), который в сентябре 1683 г., будучи начальником штаба в армии герцога Лотарингии, принял участие в освобождении Вены, отличился в освобождении Буды 2 сентября 1686 г. Под командованием принца Евгения Савойского тевтонский магистр возглавил атакующих, которые захватили город. Пуля, выпущенная турком, расплющилась о нагрудный крест магистра, и этот крест спас ему жизнь. Другие высокопоставленные лица, так же как и многочисленные рыцари, достойно защищали честь ордена и участвовали во всех крупных сражениях, в частности в битве при Зенте 11 сентября 1697 г., которая положила конец турецкому нашествию в Венгрии.
Эти подвиги тем не менее не смогли вернуть Тевтонскому ордену его былую славу и власть. Тевтонские рыцари уже не имели прежнего влияния как на дипломатическом поприще, так и в армии. Никто не стеснялся в высших кругах указывать Тевтонскому ордену на его слабость. Это новое оскорбление добавилось к веренице уже нанесенных оскорблений. В 1695 г. император Леопольд I официально закрепил за курфюрстом Фридрихом III Брандебургским звание герцога Пруссии, что спровоцировало возмущение и протесты магистра Франца-Людвига фон Пфальц-Нейбурга (1694-1732). Орден требовал вернуть потерянную им Пруссию. Император тайным договором от 16 ноября 1700 г. признал Фридриха III королем Пруссии. Надо сказать, что в этот момент Австрийский дом нуждался в союзниках, поскольку начиналась война за испанское наследство. 18 января 1701 г. в соборе Кенигсберга герцог Фридрих III Прусский водрузил на себя королевскую корону и стал Фридрихом I, королем Пруссии.
Магистр направил императору и курфюрстам протест, подписанный всеми членами капитула. Император ответил, ссылаясь на прерогативы государства, напоминанием, что он сохранил ордену его права и привилегии. Папа Климент XI осудил в послании императору от 14 мая 1701 г. коронование Фридриха королем Пруссии, на которую у Тевтонского ордена были исконные права. Папское осуждение не возымело эффекта, как и протест великого магистра. Папство отказалось смириться со свершившимся фактом и игнорировало вплоть до 1787 г. узурпацию трона Бранденбургими принцами.
В XVIII столетии упадок Тевтонского ордена ускорился. Почти все магистры принадлежали к Австрийскому дому, несмотря на то что Мариенталь остался формально их официальной резиденцией, чаще всего находились в Вене. Для многих членов высшего дворянства империи принадлежность к Тевтонскому ордену и исполнение высоких должностей в его рядах стало не более чем одним из элементов их cursus honorum, позволяющим занимать самые высокие политические или военные посты в государстве. Для великих магистров ордена звание, помимо престижа, являлось еще одним среди прочих, ведь речь шла о принцах императорского дома, которые носили этот высокий титул. Чему удивляться, если набор братьев-рыцарей понемногу иссякал в кругах немецкого мелкопоместного дворянства, где в течение веков молодые люди, обуреваемые желанием служить Богу и защищать интересы христианского мира при необходимости с оружием в руках, посвящали свою жизнь этому идеалу?
Рыцарство в Европе стало анахронизмом; идеалы христианского мира ставились под вопрос лютеранской, затем кальвинистской Реформами, общественными, политическими, религиозными волнениями, которые они спровоцировали. Что оставалось рыцарям, может, искать славы, за неимением собственного государства?
В XVIII столетии тевтонские рыцари, точнее, братья-рыцари, ибо братьев-священников, исполнявших свою религиозную миссию в приходах, расположенных на землях ордена или посвятивших себя уходу за больными и нищими, становилось все меньше, все чаще они включались в мирскую жизнь; они брались за оружие только тогда, когда это было необходимо, и не для того, чтобы служить ордену, но по просьбе тех, кто использовал орден в своих политических интересах. Несмотря на затруднения и ограниченное пространство сферы деятельности, Тевтонский орден пытался выжить.
В век Просвещения братья-рыцари, а порою и некоторые высокопоставленные чины ордена контактировали с различными тайными обществами, которые расцветали почти всюду в Центральной Европе, с масонскими ложами, тогда всемогущими. Магистр Карл Лотарингский — младший брат герцога Франца, который в 1736 г. женился на императрице Марии-Терезии — и его преемник и племянник Максимилиан, принц-курфюрст Кельна и тевтонский магистр до 1801 г., были в прекрасных отношениях с масонскими ложами. Магистр Максимилиан, меценат, покровитель искусств и литературы, покровительствовал Гайдну, Моцарту и Бетховену. Известно, что Карл Лотарингский и Максимилиан были магистрами тайного общества, Приората Сиона, первый с 1766 по 1780 г., второй в течение всего срока своего магистерства в Тевтонском ордене.
В начале XIX столетия в Европе, потрясенной Французской революцией, Тевтонский орден выглядел, образно говоря, собственной тенью. Число братьев-рыцарей упало до шестидесяти одного человека в 1809 г. и практически больше не пополнялось. Зато братья-священники выглядели лучше. Орден превратился в основном в духовный, чьи высокопоставленные члены занимали, помимо всего прочего, высокие гражданские, военные или религиозные посты в империи. Имущество и владения ордена со временем значительно поредели. Некоторые командорства, за неимением достаточного штата, объединились в одно командорство. В Кобленце и Лотарингии, которые объединились, орден больше ничем не владел. В других вотчинах количество командорств исчислялось от трех (Тюрингия) до восемнадцати (Франкония). Орден только что понес потери в последней войне. Ставка ордена в Мариентале была занята французскими войсками во время кампании 1800 г., и магистр Максимилиан вынужден был укрыться в Вене. Люневильский мир от 9 февраля 1801 г. установил на Рейне границу между Францией и империей, в силу этого три вотчины, так же как имущество и земельные владения, были потеряны для ордена. Речь шла об Эльзасе и Бургундии, т. е. о девяти командорствах и девяти приходах, Кобленце и Лотарингии — но тут орден больше ничем не владел — и Альт-Бейзене, расположенном в австрийских Нидерландах, занятых Францией в 1793 г., с тринадцатью командорствами.
Преемник Максимилиана, великий магистр Карл-Людовик (1801-1804), попытался получить компенсацию за имущество ордена, потерянное в 1801 г. Он получил удовлетворение в виде приходов и монастырей на юге Германии, но орден от них отказался.
В 1803 г. начались преобразования в Священной империи; число государств, входящих в нее, значительно сократилось, в то время как Пруссия и государства Юга из этого положения выходили усиленными. Великий магистр оставил в 1804 г. пост магистра, чтобы вернуться к своим обязанностям маршала и министра обороны при императоре. Его коадъютор, эрцгерцог Антон-Виктор, сменил его в Мариентале 8 августа 1805 г., но ему так и не довелось приступить к исполнению своих обязанностей.
Возобновление в 1805 г. войны с наполеоновской Францией оказалось фатальным для Тевтонского ордена. После своего поражения при Аустерлице император! Австрии вынужден был 26 декабря 1805. г. подписать Пресбургский мир, статья XII которого решила судьбу ордена. Согласно этой статье, достоинство великого магистра, все права, владения и доходы магистра и ордена «становились наследственными в пользу прямого мужского потомства принцев императорского дома, и будет он отныне величаться Его Величество Император Германии и Австрии». Указом от 17 февраля 1806 г. император Франц II тотчас же сообщил магистру о договоре и заявил, что сохраняет за ним должность магистра и немецкого правителя, что разрешает Тевтонскому ордену оставаться в его государстве и поручает ему заботы об администрации и сохранности имущества ордена, перешедшего во владение Австрийского дома. Очевидно, император Франц II не усматривал в постановлениях Пресбургского мира никаких ущемлений Тевтонского ордена. Наоборот, договор только подтвердил эволюцию, начатую двумя веками раньше, которая Австрийскому дому была выгода.