Намерение переговорами достичь желаемого, не открывая военных действий, исход которых всегда проблематичен, объясняет расчетливую медлительность, с которой Фридрих II готовил крестовый поход. В этом случае замысел императора совпадал с представлениями Германа фон Зальца. Крестовый поход начался 8 сентября 1227 г. с отплытия крестоносцев из порта Бриндизи, по это было ложным маневром, так как Фридрих II и Людвиг Тюрингский, едва взойдя на борт корабля, внезапно заболели, так что им пришлось сойти на берег в Отранто. Это вызвало ярость вспыльчивого папы Григория IX, и он поспешил наложить на Фридриха II интердикт, невзирая на все объяснения императора, чем подтолкнул города Ломбардии и сицилийское духовенство взбунтоваться против императора. Вот тогда-то Фридриху II представилась возможность оценить по достоинству дипломатический талант Германа фон Зальца. Ибо великий магистр в это время был в Святой земле, и императору пришлось искать выход из критического положения, созданного папой, собственными силами. Ситуация стремительно обострялась. 17 ноября 1227 г. папа провозгласил отлучение Фридриха II от Церкви и приказал объявить эту новость всему христианскому миру шестью месяцами позже в Чистый четверг. Герман фон Зальца, находящийся в Акре, ничем помочь не мог.
Публичное отлучение в обществе того времени было чревато тяжелыми последствиями, что побудило Фридриха II не откладывать больше свой отъезд на Восток, тем более что теперь ему нужно было защищать права собственного сына. Действительно, 25 апреля 1228 г. его супруга, королева Иоланда, наследница Иерусалимского королевства, родила ему сына Конрада. Была еще одна причина, способствующая отъезду Фридриха. Тайные переговоры с Маликом аль-Камилем развивались благоприятно; Герман фон Зальца поддерживал контакты с султаном Египта. Фридрих II должен был принять вызов, брошенный ему папой.
Вопреки отлучению от Церкви и папскому запрету уезжать в Святую землю, император все же решил выступить в поход. 28 июня 1228 г. корабли, на которые погрузились император и его армия — в общей сложности тысяча пятьсот рыцарей и десять тысяч пеших воинов, — отплыли из Италии. В Лимассоле к ним присоединились Жан д'Ибелен и король Кипра Генрих де Лузиньян. Фридрих II с крестоносцами высадились в Акре 7 сентября. Отлученный от Церкви император был с почестями принят патриархом Иерусалима, архиепископами Тира, Цезарии, Назарета, Палермо и Капри. Великие магистры военных орденов присутствовали при встрече и приветствовали императора — Бертран де Тесси от имени ордена госпитальеров, Пьер де Монтегю от имени тамплиеров и, конечно же, Герман фон Зальца. Тевтонские рыцари, облаченные поверх доспехов в просторные белые плащи, украшенные большими черными крестами, образовали почетный караул великого магистра. Под удивленными взглядами духовенства они подошли к императору и, выполняя обряд «проекинеза», одни за другим преклоняли колени перед Фридрихом II и целовали край его плаща. Эта древняя традиция византийского церемониала утвердилась в XII столетии при дворе королей Сицилии. Таким образом на виду у всех был скреплен союз Тевтонского ордена с императором из рода Гогенштауфенов, который хоть и был отлучен от Церкви, но для тевтонских рыцарей и их великого магистра являлся символом законности. Этим жестом тевтонские рыцари публично рискнули бросить вызов папству. Но то была отвага расчетливая — она продемонстрировала реальную расстановку сил.
Обосновавшись в Акре, Фридрих II и Герман фон Зальца обсудили линию поведения, которой собирались придерживаться по отношению к султану Египта. Малик аль-Камиль только что отказался от ранее принятых им обязательств, ссылаясь на то, что возвращение Иерусалима христианам вызовет волнения среди мусульман. Однако переговоры не прервались, и с согласия Германа фон Зальца Фридрих II решил надавить на султана, сделав вид, что намерен его атаковать. 17 ноября армия императора, состоящая из крестоносцев и тевтонских рыцарей, подошла к Яффе и начала восстанавливать крепостные степы города, притворяясь, будто собирается сделать из него плацдарм для нападения на Египет. Эта военная хитрость возымела успех и способствовала возобновлению переговоров, причем инициатором был Малик аль-Камиль. Герман фон Зальца и Фома д'Ачерра от имени императора вступили в переговоры с посланниками султана, Фахр-ад-дином и кади Наблуса Хемс-ад-дином. Эти новые переговоры завершились удачно, и заключенный в Яффе договор от 18 февраля 1229 г. позволил отлученному от Церкви императору вернуть без боя территории, отвоевание которых могло бы стоить ему больших жертв.
По Яффаскому договору султан возвращал «императору и его бальи» основные святые места христианства: Вифлеем, Назарет и всю западную Галилею, сеньорию Торон, часть территории Силона, остававшуюся в руках мусульман, и, что особенно важно, город Иерусалим, за исключением мусульманских святынь, т. е. мечети Аль-Акса, к этому добавлялись Масличная гора и долина Иосафата, расположенные вне крепостных стен. Сельская местность, окружавшая Иерусалим, осталась под контролем мусульман, и только дорога, соединяющая Святой город с Яффой, была связующим звеном между христианскими владениями и Иерусалимом. Как говорил историк Рене Груссе, пожалуй, самый суровый судья Фридриха II, Иерусалим «стал открытым городом, отданным на милость грабительским набегам». Соглашение, подписанное посланниками императора и египетского султана в присутствии Германа фон Зальца и двух английских епископов Петра Винчестерского и Вильгельма Эксетерского, было заключено на срок десять лет с возможностью последующего продления. Так великий магистр Тевтонского ордена своим присутствием поддержал политику отлученного от Церкви императора — политику, увенчавшуюся успехом, где дипломатия и дух толерантности оказались более действенными, нежели бахвальство и бескомпромиссность легата Пелагия, проявленные им при осаде Дамьетты десятью годами раньше.
Оставалась только выполнить формальности, дабы миссия Германа фон Зальца была закончена — короновать императора в Иерусалиме. Великий магистр незамедлительно приступил к приготовлениям церемонии коронации, которая должна была состояться в воскресенье 16 марта. Оставался нерешенным щепетильный вопрос: захочет ли латинская Церковь Востока участвовать в церемонии и тем самым поддержать коронацию монарха, отлученного папой от Церкви?
Пока Иерусалим находился в руках мусульман, духовенство латинской Церкви Востока делало вид, что забыло об отлучении Фридриха II, ибо нуждалось в его помощи, чтобы вернуть себе Святой город; но после освобождения Иерусалима не оставалось причин заигрывать с императором. Несмотря на весь свой талант дипломата, Герман фон Зальца столкнулся с категорическим отказом патриарха и большей части прелатов принять участие в коронации Фредерика II. Он столкнулся с враждебностью тамплиеров, которые упрекали императора в том, что он оставил мусульманам мечеть Аль-Акса, расположенную на месте Соломонова Храма, где сто лет тому назад тамплиеры основали свою первую общину.
14 марта 1229 г. Фридрих II въехал в Иерусалим, куда уже прибыли толпы паломников и крестоносцы, в большинстве своем немцы и англичане. Двумя днями позже в церкви Гроба Господня состоялась коронация. Герман фон Зальца и тевтонские рыцари окружали германских, английских и сицилийских епископов, находящихся в Святой земле. Император взял корону, лежащую на алтаре, и собственноручно водрузил ее на голову. Как только символический жест был сделан, тевтонские рыцари совершили церемониал проскинеза, как и но приезде императора в Акру. Тевтонский орден, невзирая па узы, связывавшие его с папством, считал, что верность императору важнее повиновения понтифику. После коронации
Фридрих II обратился к присутствовавшим на латинском языке, а Герман фон Зальца перевел его обращение на немецкий и французский. То была весьма выдержанная и осторожная речь: монарх объявил о своей готовности восстановить отношения с папой, но обернул в свою пользу историю конфликта между ним и папами Гонорием III и Григорием IX. Фридрих II, окруженный придворными сановниками и тевтонскими рыцарями, вышел из собора под приветствия паломников.