Вторая попытка Пономарева организовать провокацию против Мясоедова закончилась еще более громким провалом. Мясоедов регулярно совершал покупки в большом магазине в Эйдткунене, принадлежавшем некоему Шулеру. Когда Пономарев предложил Шулеру взятку, чтобы тот «случайно» упаковал вместе с очередным заказом Мясоедова несколько винтовок, владелец магазина ударил не оказывавшего сопротивления провокатора по лицу и вышвырнул его на улицу. Хуже того, Шулер немедленно отправил Мясоедову письмо с полным отчетом о происшествии⁶⁵.

Пономарев, не зная, что еще предпринять, впал в отчаяние. Теперь, когда Мясоедов был настороже и, более того, у него имелось письменное доказательство злоумышлений Пономарева, вряд ли можно было надеяться, что третья уловка сработает там, где провалились две первые. В мае 1907 года корнет предпринял последнюю попытку спасти свою миссию от окончательного и позорного провала: он установил контакт с шайкой контрабандистов, во главе которой стояли Лев и Петр Кудрявцевы (между прочим, бывшие чиновники вержболовской таможни!). Через посредников Пономарев сделал Кудрявцевым заказ на перевозку парши товара из Германии в Россию. Втайне от них он предварительно поместил в тюки оружие, амуницию и революционную литературу. Поскольку таможня была извещена заблаговременно, Кудрявцевых, как только они объявились на границе, арестовали. Пономарев, очевидно, надеялся, что это происшествие поднимет его ставки как борца с преступностью и одновременно дискредитирует Мясоедова, который, конечно же, закрывал глаза на банду «опасных» контрабандистов, работавших прямо у него под носом.

Поскольку юридически Сувалкская губерния находилась в условиях чрезвычайного положения, дело подпадало под юрисдикцию законов военного времени, каравших контрабанду оружия смертной казнью. 2 апреля 1907 года одиннадцать обвиняемых предстали перед временным военным судом в Вильне⁶⁶. Несмотря на то что все они заявили о своей невиновности, обвинительное заключение и смертный приговор казались неминуемыми — ведь при аресте было найдено нелегально ввезенное оружие. Однако когда к присяге был приведен Мясоедов, главный свидетель со стороны защиты, дело приняло неожиданный и удивительный оборот. Один из адвокатов, всероссийски известный О.О. Грузенберг, мгновенно ухватился за представившуюся возможность. В ходе судебной процедуры он спросил Мясоедова, имел ли тот какие-либо сведения о связях кого-нибудь из задержанных с революционным движением. Вначале Сергей Николаевич отказался отвечать на вопрос, сославшись на государственную тайну. Но Грузенберг привел аргумент (который принимался во внимание только в военных судах), в соответствии с которым интересы справедливости считались приоритетными по отношению к государственной тайне. Председательствующий в суде генерал-майор барон Остен-Сакен посоветовал Мясоедову отвечать.

Мясоедов начал с того, что, насколько ему известно, никто из обвиняемых никогда не вызывал подозрений в причастности к революционной деятельности. Но на этом он не остановился. Грузенберг вспоминал, что «его будто прорвало — и понеслись бурным потоком разоблачения, одно другого неожиданнее»⁶⁷. Мясоедов изложил всю историю попыток Пономарева подставить его и особенно подчеркнул, что методы, к которым прибегал Пономарев, — это обычная практика охранки. Поскольку после показаний Мясоедова не оставалось сомнений в том, что Пономарев не впервые прибегал к подкупу и лжесвидетельствованию, все одиннадцать обвиняемых были тотчас оправданы.

Оппозиционная пресса мгновенно почувствовала в этом деле прекрасную возможность для критики правительства. Острые выступления в адрес Министерства внутренних дел и в особенности охранки приобрели еще более резкий тон, когда кто-то, по глупой ошибке, связал Пономарева, к тому моменту уже поручика, с темой охраны Таврического дворца, где проходили заседания только что созданной Государственной думы. «Речь», ежедневная газета кадетской парши, одной из ведущих либеральных партий России, возопила: что, «если г. Пономарев не пожелает признать полученного им повышения достаточным и, чтобы отличиться еще раз, станет сосредоточивать в Таврическом дворце динамит и склады оружия?»⁶⁸. Публичные издевки вскоре вынудили правительство сместить Пономарева с должности и тихо перевести его в Ригу.

М.И. Трусевич был в ярости — как и его начальник, министр внутренних дел П.А. Столыпин. Именно в обязанности Столыпина входило восстановление порядка в стране, которую захлестнула волна революционного насилия и террора. Для Столыпина терроризм был не простой абстракцией — от рук бомбистов пострадала его семья. В 1906 году, 12 августа, эсеры-максималисты устроили взрыв на летней даче Столыпина на Аптекарском острове в Петербурге, тогда было убито двадцать семь и ранено шестьдесят два человека, в том числе четырехлетний сын Столыпина и четырнадцатилетняя дочь⁶⁹. Хотя Столыпин был убежден в том, что для борьбы с революцией необходимы глубокие реформы, он не чурался и репрессивных мер⁷⁰. Не случайно к этому времени широкое хождение получило выражение «столыпинский галстук», обозначающее петлю виселицы. Министр внутренних дел твердо знал, что охранка и полиция стоят на защите передовых рубежей в войне, где решается будущее России, и не мог игнорировать тот факт, что Мясоедов — возможно, невольно — подорвал престиж этих органов государственной безопасности. Отметив, что считает «несоответственными долгу службы показания на суде со стороны подполковника Мясоедова», Столыпин приказал начальнику корпуса жандармов перевести Мясоедова «куда-либо во внутренние губернии, но во всяком случае не ближе меридиана Самары»⁷¹.

Мясоедов прекрасно понимал, что такой перевод равносилен ссылке. Он мобилизовал связи своих знакомых и родственников, пытаясь отменить приказ или добиться контрприказа. По некоторым сведениям, он дошел до главы Генерального штаба Ф.Ф. Палицына и вдовствующей императрицы Марии Федоровны⁷². Однако все эти усилия ни к чему не привели. Понимая, что если он даже согласился бы на перевод на восток России, то охранка, пока Трусевич стоит во главе Департамента полиции, не оставит его в покое, 27 сентября 1907 года Сергей Николаевич Мясоедов вышел в отставку из Отдельного корпуса жандармов в чине подполковника. Ему был 41 год от роду, и он впервые во взрослой жизни оказался гражданским человеком.

Отставка решительно изменила обстоятельства Сергея Николаевича к худшему. С увольнением из Отдельного корпуса жандармов ему не только пришлось смириться с понижением своего социального статуса, но и лишиться постоянного дохода. Поскольку Кларино приданое было практически полностью промотано, а самого его сочли недостойным пенсии, Мясоедов столкнулся с весьма реальной перспективой близкой нищеты. В самом конце 1907 года он нанес визит в виленскую адвокатскую контору О.О. Грузенберга. Бывший жандарм так осунулся, побледнел и выглядел таким напуганным, что Грузенберг едва его узнал. Мясоедов объяснил Грузенбергу, что ему остро, жизненно необходимо получить место в частном секторе, поскольку конфликт с тайной полицией закрыл для него всякую возможность государственной службы. По воспоминаниям Грузенберга, Мясоедов сказал ему: «Вы не знаете, что такое охранка. Это осиное гнездо. Я наступил на него — и мне никогда не простят. Перейди я к революционерам, соверши тяжкое преступление, — мне бы простили его скорее, нежели данное на суде показание». Поскольку именно Грузенберг, по мнению Мясоедова, вынудил его дать эти показания, он обратился к адвокату с просьбой подыскать ему службу в банке или на фабрике. Грузенберг изъявил сочувствие и пообещал сделать все, что в его силах — как выяснилось, весьма незначительных⁷³.

Несчастья Мясоедова усугублялись острым кризисом в семейной жизни. Постоянные измены супруга давно оскорбляли и раздражали Клару. Вскоре после того, как он вышел в отставку, Клара узнала о новой серии адюльтеров (на этот раз с женой местного доктора) и пригрозила разводом. Мясоедов поклялся бросить любовницу и разразился длинным посланием, умоляя супругу о прощении: «Я сделаю все, что я должен сделать, как честный человек, муж и отец, и считаю, что это была бы величайшая подлость, если бы я и на этот последний раз не оправдал твоего доверия»⁷⁴.