Находясь в Тифлисе, М.-Ф. Ахундов принимает активное участие в работе научных организаций края. С 1851 года Мирза-Фатали — действительный член, а с 1852 года — член-сотрудник Российского императорского географического общества; с 1864 года — член Археографической комиссии для обследования закавказских и кавказских архивов.

В 1846 году Ахундов получает чин подпоручика, в 1850 году — чин поручика, в 1852 году — штабс-капитана, а в 1854 году — капитана. В 1861 году он производится в майоры, а через некоторое время становится подполковником, умер он в чине полковника. За «усердную службу» Ахундов был награжден многими орденами и медалями.

Но, несмотря на высокие чины и награды, Ахундову жилось нелегко. Имея большую семью, он постоянно испытывал нужду и материальные недостатки. Об этом, в частности, свидетельствует прошение Ахундова на имя барона Николаи, в котором он просит оказать материальную помощь и так говорит о своих лишениях: «Я имею семью из 11 душ и получаю содержание около 1200 рублей в год, очевидно, что это содержание не может обеспечить меня и я лишен душевного спокойствия, отчего и моя энергия для многочисленных моих трудов ослабевает и пропадает» (24, № 1246). В таких нелегких условиях приходилось жить и работать азербайджанскому демократу-просветителю. Умер М.-Ф. Ахундов 26 февраля (по старому стилю) 1878 года в Тифлисе.

Свою литературную деятельность Ахундов начал в 30-х годах XIX века. В 1837 году он пишет свою знаменитую «Восточную поэму — на смерть Пушкина», являющуюся выражением глубокой скорби и протеста против злодейского убийства гениального русского поэта. В этой поэме Ахундов писал:

Это был первый отклик с Кавказа на смерть великого русского поэта, как отметил Н. Г. Чернышевский на страницах газеты «Зурна».

Но по-настоящему художественное дарование Ахундова раскрылось в 50-х годах, когда он создал свои замечательные реалистические пьесы. М.-Ф. Ахундов — первый азербайджанский драматург. За период с 1850 по 1856 год им написано шесть комедий: «Молла-Ибрагим-Халил, алхимик, обладатель философского камня», «Мусье Жордан — ботаник и дервиш Мосталишах — знаменитый колдун», «Медведь — победитель разбойника», «Приключения везира Ленкоранского ханства», «Приключения скряги», «Восточные адвокаты». Венцом его художественного творчества является повесть «Обманутые звезды», написанная в 1857 году.

В своих комедиях Ахундов бичует пороки патриархально-феодального общества, высмеивает невежество, самодурство и ограниченность беков и агаларов, лицемерие, ханжество и обман духовенства, корыстолюбие и скупость купечества. Пьесы Ахундова еще при его жизни были переведены на русский язык и ставились на сценах тифлисского и петербургского театров. Они пользовались большим успехом у зрителей.

В 1874 году вышел полный перевод его комедий на персидском языке. Вскоре пьесы Ахундова были переведены на русский, английский, немецкий, французский и другие языки и вызвали одобрительные отзывы. Рецензенты единодушно называли Ахундова «тюркским Мольером». «Вслед за французским гением, — писала газета „Кавказ“, — явилось на суд публики произведение даровитого татарина Мирха-Фет-Али Ахундова, и все остались довольны его комедией, как первым и единственным произведением в этом роде, да и потому, что в нем есть много неотъемлемых достоинств» (17, № 13).

В 60-х годах Ахундов усиленно занимается философскими и социологическими вопросами. Он изучает произведения русских и западноевропейских мыслителей, знакомится с воззрениями древнеиндийских, греческих и арабских философов. В 1864–1866 гг. он пишет свой известный философский трактат «Три письма индийского принца Кемал-уд-Довле к персидскому принцу Джелал-уд-Довле и ответ на них сего последнего», являющийся итогом всей его литературно-научной деятельности. В этом произведении с наибольшей полнотой изложены философские, атеистические и социально-политические взгляды азербайджанского мыслителя.

«Письма Кемал-уд-Довле» — одно из самых сильных атеистических произведений во всей восточной литературе. В нем впервые с большой силой и убедительностью, открыто и смело и с весьма радикальными политическими выводами дана критика восточного деспотизма и религии ислама. В то же время это одно из немногих произведений в Азербайджане и на Ближнем Востоке, в котором изложены основы материалистической философии.

Для характеристики взглядов Ахундова значительный интерес представляют также и другие его работы, среди них «Ответ философу Юму», «Критика Ек-Кельме», «О Моллайи-Руми и его произведении», «Джон Стюарт Милль о свободе», «Дискуссия с Молла Алекбером», «Бабидские убеждения», «О человеческих потребностях» и др.

Мировоззрение Ахундова формировалось под влиянием экономических, политических и идеологических отношений, сложившихся в Азербайджане после присоединения его к России. Благотворное влияние русской культуры на М.-Ф. Ахундова шло главным образом по двум линиям: через русскую демократическую литературу, а также путем личного знакомства и общения с передовыми людьми России, сосланными на Кавказ за их политическую «неблагонадежность».

Ахундов имел большую личную библиотеку, которая, к сожалению, полностью не сохранилась. Среди оставшихся книг его библиотеки имеются произведения Гоголя, Белинского, Добролюбова с пометками и замечаниями, сделанными рукой М.-Ф. Ахундова. Так, например, в сочинениях В. Г Белинского Ахундовым отчеркнуты и выделены те места, в которых великий русский критик анализирует творчество Карамзина, Жуковского, Батюшкова, Пушкина, излагает свои взгляды о сущности романтизма, реализма, о социальной роли литературы, искусства и т. п. В библиотеке Ахундова не сохранились сочинения Н. Г. Чернышевского, но можно предполагать, что Ахундов знал произведения великого русского мыслителя. Об этом свидетельствует, в частности, хранящаяся в архиве писателя рукопись на двух исписанных с обеих сторон листках под названием «О любви» (24, № 480). В этом небольшом отрывке, написанном рукой Ахундова, без всяких ссылок на источник приводятся высказывания Н. Г. Чернышевского о любви и дружбе. Все выдержки взяты из его романа «Что делать?» (см. 27, 360–361). Например: «Только тот любит, кто помогает любимой женщине возвыситься до независимости», «Пресыщение — знает только пустая фантазия, а не сердце, не живой, действительный человек, а испорченный мечтатель, ушедший из жизни в мечту», «Любовь в том, чтобы помогать возвышению и возвыситься» и т. д. В конце рукописи другими чернилами и другим почерком отмечено: «Из Чернышевского» (24, № 480). В области литературы и драматургии М.-Ф. Ахундов испытал на себе также влияние Гоголя, Грибоедова, Островского, Салтыкова-Щедрина.

Известно, что после разгрома декабрьского восстания 1825 года многие его участники были сосланы на Кавказ. Среди них были братья Бестужевы, М. И. Пущин, Е. С. Мусин-Пушкин и др. У М.-Ф. Ахундова сложились дружеские отношения с известным декабристом Александром Бестужевым (Марлинским). Бестужев брал у него уроки восточных языков и был первым переводчиком его поэмы «На смерть Пушкина». Ахундов был также знаком с великим русским поэтом М. Ю. Лермонтовым, помогал ему в изучении азербайджанского языка, знакомил его с жизнью и литературой своего народа (см. 8, 240). Вполне возможно, что со слов Ахундова Лермонтов записал чудесную сказку «Ашик-Кериб», широко популярную в Азербайджане (см. 22, 90).

Таковы были в самых общих чертах связи (прямые и косвенные) Ахундова с представителями передовой русской культуры, которые в конечном счете оказали решающее влияние на формирование его взглядов. Сказанным, конечно, не исчерпывается значение русской культуры и общественной мысли в целом для формирования мировоззрения Ахундова. Именно через русскую культуру Ахундов приобщился к западноевропейской науке и культуре: знание русского языка и чтение русской литературы помогли ему ознакомиться с основными направлениями философской и общественной мысли народов Западной Европы.