Объезжая удельные княжества, св. Петр полюбил Москву, ее князей и их политику, направленную к единству Руси, подолгу оставался у них. В Степенной книге Царского Родословия сказано: «Божий человек, преосвященный митрополит, великий чудотворец Петр прохожаше многие грады и веси; в преславном же граде Москве начат пребывать больше иных градов. Вид бо в нем благочестия держателя сего благолюбиваго великаго князя Ивана Даниловича, православием сияюща, и милостива до нищих и честь велию подавающа служителем святых Божиих церквей и тех учению внимающа, его же от души зело возлюби чудотворец Петр, с ним же часто беседуя и мудрствуя». Без сомнения, он не без намерения придал особую торжественность похоронам великого князя Юрия, убитого именно тверским князем Димитрием Михайловичем. Конечно, по указанию же митрополита всея Руси, в этих похоронах участвовали «и новгородский архиепископ Моисей, и ростовский владыка Прохор, и рязанский владыка Григорий, и тверской владыка Варсонофий». Если присоединить к этому еще игумнов и прочее духовенство, то этот собор многих на погребении московского князя должен был произвести сильное впечатление не только на Тверское княжество, но и на всю Русь.

Но, возвышая таким образом Москву пред Тверью, первосвятитель Петр старался поставить ее выше и Владимира, заступившего место Киева. Он лишил Владимир значения церковной столицы всея Руси. Формального или торжественного перенесения Всероссийской митрополичьей кафедры в Москву собственно не было; а просто во время своих частых объездов русских областей всероссийский митрополит все реже приезжал во Владимир, все долее гостил в Москве. Но это нельзя представлять себе несознательной случайностью, и совет — построить в Москве подобный Владимирскому собор Успения Пречистыя — личной заботой митрополита о том, что ему здесь лучше всего найти место своего успокоения и погребения своих костей. Нет, глубокая мысль и дальновидное прозрение сделать Москву всероссийской церковной столицей прекрасно освещена митрополитом Киприаном в его житии первосвятителя Петра. По словам этого биографа, Петр начал просить Ивана Даниловича, в то время лишь удельного князя, еще не имевшего поддержки Узбека и еще нерешительного в своих действиях, воздвигнуть в Москве такой же собор Богоматери, какой был в первопрестольном Владимире. Чтобы подвигнуть на это вотчинника малого деревянного города, такого князя, который назвал себя великим князем всея Руси только под конец жизни, притом в одной грамоте к печерским сокольникам, — для этого необходимо было, и для высокоавторитетного старца-святителя, слово сильного и вместе елейного убеждения и даже раскрытие отдаленного будущего. Митрополит Киприан так передает слова св. Петра, обращенные к московскому князю: «Если, сыне, послушаешь меня, то сам прославишься паче всех князей, и весь род твой и град сей возвеличится над всеми русскими городами; святители (всероссийские) будут обитать в нем, и руки его взыдут на плеща врагов его; также и мои кости будут положены в нем».

Чрезвычайно характерен этот тон совета уже умиравшего первосвятителя, который называет сыном того князя, роду которого возвещается никому еще не ясное, даже в соседней Твери, величие. Положению костей своих в будущем храме первосвятитель придает значение только примера для ряда своих преемников. Иоанн Данилович последовал знаменательному совету иерарха; но силы московского князя были настолько слабы, что он при жизни св. Петра успел лишь вывести у самого дома своего фундамент нового храма. Святитель же Петр сам устраивал в храме нишу с каменной гробницей для себя. В декабре 1326 года почивший святитель был погребен здесь.

В день своей кончины он служил литургию, поучал народ и раздавал милостыню. Почувствовав приближение смерти, он послал за московским тысяцким Протасием, так как Иоанна Даниловича не было в Москве, и сказал ему: «Чадо, я отхожу от жития сего; оставляю сыну своему, возлюбленному Ивану милость, мир и благословение от Бога, ему и семени его до века. За то, что сын мой меня успокоил, воздаст ему Господь сторицею». Степенная книга рассказывает, что за несколько времени до кончины св. Петра Иоанн Данилович, проезжая берегом реки Неглинной, мимо Высоцкой слободы (нынешняя Петровка), принадлежавшей, по преданию, боярину Кучке, внезапно увидал там высокую гору, покрытую снегом, который вдруг растаял, а затем исчезла и гора. Князь рассказал об этом видении митрополиту и услыхал от него объяснение: «гора высокая — это ты, князь, а снег — я, смиренный. Мне прежде тебя должно отойти из сей жизни». В память этого на месте видения Калита построили храм Боголюбской Божьей Матери, сделавшийся основным храмом Высоко-Петровского монастыря. Св. Петр построил в Кремле свой митрополичий двор при церкви Иоанна Предтечи, под Бором, которая была его временным кафедральным храмом. При возобновлении его, после 1812 года, здесь открыты были следы старинного кладбища и остатки деревянного дубового здания, по всей вероятности, бывшего митрополичьим подворьем.

Приведенное выше изображение св. митрополита Петра снято с драгоценного покрова, возложенного на его мощи царем Алексеем Михайловичем. В соборной описи этой пелены сказано, что на нем образ святителя вышит золотом и серебром; над головой сделано в виде короны изображение Пресвятой Троицы; по ризам пробелы низаны крупным и мелким жемчугом; в венце двадцать девять искр яхонтовых. Оный покров опушен червчатым бархатом. На нем слова канительные, серебряные, славянской вязью: «Повелением благочестиваго и христолюбиваго царя, государя и великаго князя Алексея Михайловича всея Руссии и его благоверныя и христолюбивыя государыни царицы и великия княгини Марьи, сделан сей покров в соборную церковь Успения Пречистыя Богородицы, великаго Чудотворца Петра митрополита на покровение чудотворных мощей. Наста днесь всечестный праздник пренесения честных мощей твоих, святителю Петре, веселя твое стадо, вернаго царя и люди, о них же не оскудевая молися Христу Богу, им же от него даровати твоей пастве сохранитися от врагов ненавествованных и спастися душам нашим». По сторонам лика надпись: «святый (по-гречески) Петр, митрополит, Московский Чудотворец». Таким представляли себе лик митрополита Петра русские художники XVII века.

В этом иерархе, перенесшем свою всероссийскую кафедру в Москву, мы не можем не видеть одного из величайших творцов государственного могущества и величия нашей России и ее средоточия. Несколько вещественных памятников древности, сохранившихся в Москве, принадлежат, по преданию, св. Петру: 1) написанная им икона Успения Богоматери (в главном иконостасе, в нижнем его ярусе, вторая, по правую сторону от царских врат). 2) Другая икона его же письма — Богоматерь Петровская, в приделе апостолов Петра и Павла. 3) Панагия, золотая, полуовальная с драгоценными каменьями. На вставленном в нее ониксе вырезан пророк Даниил с соответствующей греческой надписью. Задняя сторона панагии — образ Божьей Матери Одигитрии. Хранится в патриаршей ризнице. 4) Саккос из лазоревого атласа с вытканными в кругах четвероконечными крестами. 5) Епитрахиль, с дробницами, обнизанными жемчугом. 6) Посох. 7) Богослужебная шапка, опушенная горностаем. В духовных завещаниях князей и летописях упоминается крест Чудотворца Петра, которым он благословил Иоанна Даниловича. В последний раз достопамятный крест этот упоминается при Феодоре Борисовиче (Годунове).