Після того як Мотря повернулася додому (де її життя зовсім не було солодким – у листах відбилися згадки про важкі «сімейні сцени» – свідченням чого є хоча б ці рядки з листа гетьмана: «Моє серденько! Не маючи відомості про поводження Вашої милості: чи вже перестали Вашу милість мучити і катувати, тепер отже, від’їжджаючи на тиждень на певні місця, посилаю Вашій милості від’їздне через Карпа, яке прошу удячно прийняти, а мене в невідмінній любові своїй ховати»), закохані листувалися протягом певного проміжку часу через невідомих нам на ім’я слуг Мотрі, а також Карпа і Мелашку – слуг гетьмана Мазепи. Через тих же посланців Мотря дістала від гетьмана каблучку та книжечку і передала коханому пасмо свого волосся, намисто з шиї та свою нічну сорочку – в середньовічній Європі такі знаки уваги з боку дами щодо закоханого кавалера були досить поширеними. Згодом листування було перехоплене Кочубеєм, який зберіг 12 листів Мазепи (на жаль, жодного листа Мотрі не збереглося). Згодом Василь Леонтійович не надто шляхетно використав інтимне листування доньки у своєму доносі. Після арешту Кочубея листи повернув гетьманові канцлер Петра I Головкін, завіривши Мазепу в тому, що царські чиновники не знімали з них копій. Насправді ж копії було знято – саме їх на початку XIX століття відшукав у московських архівах російський історик Д. Бантиш-Каменський.

Нам мало що відомо про подальшу долю Мотрі Кочубеївни. Є непевні дані про плани її одруження в 1707 році із сином генерального судді Василя Чуйкевича Семеном і гостро негативну (що й не дивно) реакцію на це гетьмана. Є також згадки і про смерть Мотрі у відносно молодому віці.

Вся ця історія свідчить про те, що Іван Степанович був особою багатогранною, неординарною, справжнім сином своєї блискучої доби – часу, коли навіть наймудріші та найобережніші чоловіки могли ризикнути всім заради справжнього почуття…

Показово, що, хоча вищезгадана історія і сприяла погіршенню відносин між гетьманом та генеральним суддею, спілкування між ними, зокрема стосовно досить делікатних справ, тривало. Але десь у глибині, в інтимному оточенні Кочубея, зростала ворожнеча і ненависть до гетьмана, нагромаджувалися різноманітні матеріали, чутки, плітки, переказувалися необачні слова гетьмана, який інколи міг сказати дещо зайве в присутності Кочубея або його людей, хоча і не підпускав до своїх найпотаємніших планів нікого зі старшини (навіть вірному Орликові Мазепа розповів про свої переговори з Карлом XII під величезним секретом, змусивши поцілувати хрест), тим більше свого ненадійного «приятеля». А той наприкінці серпня 1707 року разом із своїм свояком, полтавським полковником Іваном Іскрою (онуком гетьмана Якова Остряниці, дуже впливовим і амбітним політиком), вирішив, що настав час діяти. Результат добре відомий – провал доносу і страта обох головних змовників…

«Справа Кочубея» змусила гетьмана відкрити деякі свої карти вищій старшині (і то лише найвужчому колу осіб, яким Іван Степанович міг довіряти, – генеральному обозному Ломиковському, полковникам Горленкові, Апостолу і Зеленському). Старшина гаряче підтримала ідею контактів зі шведськими та польськими колами.

На початку 1708 року складний механізм таємних дипломатичних зносин Української козацької держави, Швеції та тієї частини польської політичної еліти, що підтримувала короля Станіслава Лещинського, було нарешті відлагоджено і запущено в дію.

Цілком може бути, що «справа Кочубея» мала ще один наслідок для володаря України – вона розхитала його нерви, дещо підірвавши впевненість у собі, своїй політичній майстерності. Здоров’я гетьмана вже кілька років підточували різні хвороби, серед яких ми точно знаємо про подагру та артрит. Коли у вирішальний момент гетьман писав листи до царя та Меншикова про свій важкий стан здоров’я, це не була лише хитрість досвідченого політика – лише потужним зусиллям волі Мазепа подолав на якийсь час свої недуги і «зірвався як вихор» назустріч шведському війську.

Тим часом становище шведів у Білорусії ставало все важчим – зруйновані дороги, спалені села без запасів провіанту та фуражу, партизанські напади. У непереможній шведській армії поширювалися епідемії, військо страждало від нестачі продовольства. Карл XII чекав приходу з Ліфляндії допоміжного корпусу генерала Адама Левенхаупта, з яким ішов величезний (7 тисяч возів) обоз, навантажений порохом, боєприпасами та провіантом, але той запізнювався. 30 серпня росіянам вдалося розбити шведський загін під селом Добрим. Не маючи змоги пробиватися далі Смоленською дорогою, Карл вирішив наступати на Москву через Брянськ або навіть ще південнішим маршрутом, через Сіверщину. 21 вересня 1708 року шведи перетнули кордон Української козацької держави – були змушені це зробити, хоча це ламало увесь узгоджений попередньо з Мазепою план дій.

У світлі подальших подій шведські історики XIX століття робили однозначний висновок: Карл повернув на Україну тому, що його запросив туди потенційний союзник – Іван Мазепа, отже, провина за кінцеву поразку лежить не на великому шведському полководцеві, а на «хитрому і підступному козакові, який не надав обіцяної допомоги». Насправді ж ми знаємо, як бурхливо відреагував Мазепа на поворот шведів на південь. Він аж ніяк не «запрошував» шведів на свою територію – вони були змушені звернути з прямого Смоленського шляху, сподіваючись пробитися на Москву південнішим маршрутом. До речі, шведські історики так званої «молодої школи» (межі XIX—XX століть) і сучасні скандинавські автори здебільшого твердять, що поворот шведів на південь і їхня кінцева поразка – наслідок багатьох об’єктивних причин і деяких прорахунків Карла XII та його генералів. Останні не слід перебільшувати – у російського та радянського читача нерідко складалося уявлення про шведського короля як про гарного тактика, відчайдушного бійця і дуже поганого стратега. Чому от тільки Наполеон закликав військових читати і перечитувати описи кампаній Цезаря, Ганнібала, Фрідріха Великого, Тюренна та Карла XII? Судити полководця лише за кінцевими результатами його діяльності – небезпечно і несправедливо, адже не все в ході війни залежить від його волі та здібностей.

Так чи інакше, шведи швидко рухалися територією Сіверщини на південь, а паралельно з ними, але дещо східніше поспішало на Україну російське військо, яке мало наказ від Петра I не вступати в генеральну битву з Карлом, виснажуючи ворога тактикою «спаленої землі» та раптовими нападами (малою війною). У результаті найбільше страждала та територія, де йшли бойові дії.

Через недооцінку ворога та неузгодженість у діях шведське командування не дочекалося підходу корпусу Левенхаупта з його величезним обозом. Росіяни виявилися спритнішими. 28 вересня 1708 року поблизу села Лісне (неподалік міста Пропойська) російський «летючий корпус» (корволант) на чолі з Петром I та Меншиковим наздогнав шведів Левенхаупта і розгромив їх. Битва була дуже запеклою, шведи втратили увесь обоз і половину людей, але Левенхаупт усе ж зумів привести на початку жовтня до табору Карла близько шести тисяч уцілілих вояків. Утрата обозу із запасами сильно позначилася на боєздатності шведської армії. Тепер вона мала здобувати провіант і фураж за допомогою реквізицій, що було не найкращим засобом завоювання прихильності українського населення. Ще однією невдачею для шведів та гетьмана Мазепи стало те, що шведський генерал-майор Лагеркруна зі своїм шеститисячним корпусом не встиг вчасно зайняти найпівнічніше полкове місто Гетьманщини Стародуб, і стародубський полковник Іван Скоропадський, попри свою попередню таємну домовленість із гетьманом, був змушений впустити в місто царського генерала Інфлянта з військом (28 жовтня 1708 року). Так Карл XII втратив важливу і зручну базу.

Становище гетьмана Мазепи в цей час було дуже непростим: реєстрове козацьке військо (окрім трьох городових та кількох найманих компанійських та сердюцьких полків) було розкидане по Україні і Польщі, Полтавський полк і компанійці Кожуховського поверталися з Дону, де брали участь у придушенні повстання Кіндрата Булавіна (за злою іронією долі гетьман був змушений допомагати цареві громити непокірних донських козаків, які могли б стати в пригоді українсько-шведсько-польському альянсу). Мазепа намагався повернути ці два полки до Батурина якнайшвидше, відчуваючи, що події починають розгортатися дуже швидко. У резерві залишалися недоукомплектовані правобережні полки, гетьман скаржився на їх «малолюдство». Цар Петро вимагав від гетьмана, аби він з усіма наявними козацькими полками приєднувався до генерала Інфлянта і закликав населення до партизанської війни проти шведів. Гетьман справді видав кілька подібних універсалів, чим спантеличив і населення, і своїх найближчих соратників – надто ретельна конспірація явно почала працювати проти планів Мазепи.