Було задіяно механізм складної інтриги, до якої долучилися як російські бояри, так і українська козацька старшина, невдоволена грошолюбством, зарозумілістю, грубістю та династійними планами Самойловича. Участь генерального осавула Івана Мазепи у змові проти Самойловича переконливо не доведена дотепер. Мазепа, очевидно, знав про змову (хоча вважати його організатором – явне перебільшення) і не повідомив Самойловича про неї, адже вона могла розчистити йому шлях до влади.
Вибори нового гетьмана відбулися о десятій ранку 25 липня 1687 року. На козацькій раді були присутні кілька тисяч (найчастіше фігурує цифра дві тисячі) козаків, уся генеральна та значна частина полкової старшини. Нашому сучасникові ця рада навряд чи здалася б аж надто демократичною – гетьмана обирали далеким від ідеалу методом «прямої демократії», вигукуючи прізвище свого кандидата прямо з місця. У випадку наявності кількох кандидатур і небажання кандидатів забирати їх могла спалахнути серйозна сутичка (як на знаменитій Чорній раді під Ніжином у 1663 році, коли було обрано І. Брюховецького). Проте цього разу процедура пройшла відносно спокійно – старшина і козаки висловилися за Івана Мазепу.
Події липня 1687 року на річці Коломак завершилися пограбуванням рядовими козаками частини майна Самойловича і побиттям або навіть убивствами ними деяких особливо ненависних старшин, розподілом усіх основних посад між старшинами і підписанням відомих Коломацьких договірних статей. Ці статті являли собою угоду з 22 пунктів, що укладалася між Росією та Українською козацькою державою нібито «на підтвердження» знаменитих Березневих статей Богдана Хмельницького. Насправді ж кожні нові статті, що їх підписували з Москвою українські гетьмани, отримуючи булаву, містили різні пункти, які відбивали тогочасний політичний status quo. Як правило, це були все нові й нові пункти, спрямовані на обмеження прав української сторони і все більшу інтеграцію козацької державності до складу Росії. Оцінюючи їх у цілому, навряд чи можна назвати їх якимось успіхом або невдачею нового українського керівництва. Це ті умови, за яких взагалі був можливий прихід Івана Мазепи (чи будь-якого іншого старшини) до влади. Так, Коломацькі статті дійсно «суперечили автономії українських земель» (вислів О. Субтельного) і ускладнювали ведення гетьманом більш вигідної для його держави зовнішньої та внутрішньої політики. Але водночас не варто і переоцінювати їхнє значення, адже багато з положень цих статей завдяки вмілим діям Мазепи в подальшому фактично залишилися нереалізованими (тим більше, що реальні стосунки України і Росії з 1689 року регламентувалися Московськими домовленостями Мазепи і Петра I, котрі нейтралізували більшість невигідних для козацької України пунктів Коломацьких статей).
Набагато більше значення мали тогочасні політичні реалії. А вони були вельми непростими для молодої, не до кінця сформованої Української козацької держави. На час приходу Івана Мазепи до влади вона являла собою своєрідну васально залежну автономію у складі Російської держави; разом з останньою підтримувала союзницькі відносини з Річчю Посполитою та рештою країн – учасниць антитурецької Священної Ліги. Тому уряд Мазепи одразу ж мав приділяти багато уваги міжнародним питанням тогочасної Східної Європи, зокрема так званій «чорноморській проблемі». Суть її полягала в тому, хто пануватиме в цьому ключовому регіоні. Загалом, як зазначає більшість дослідників доби Мазепи, в українській політиці кінця XVII – початку XVIII століття існували дві основні концепції інтересів України в Чорноморському (або Чорноморсько-Балтійському) регіоні і взаємин з країнами, які були тут розташовані.
Перша – концепція часів Богдана Хмельницького і Петра Дорошенка, що базувалася на принципі рівноваги сил у Причорномор’ї. Вона спиралася на порозуміння України з Туреччиною і Кримським ханством заради використання їхнього військового потенціалу проти Польщі (Хмельницький), Росії (Виговський) або обох цих держав (Дорошенко). Загалом Мазепа як колишній «дорошенківець» міг би співчувати подібній лінії на мирне розв’язання чорноморської проблеми.
Але наприкінці XVIII століття поступово зростає і зміцнюється також інша концепція зовнішньої політики України, яка передбачала радикальне розв’язання чорноморської проблеми, вимагаючи активної політики Гетьманщини в цьому регіоні. Ця концепція ще не була надто популярною в Україні, бо вимагала від неї великого напруження сил, ресурсів та жертв. Але й вона мала свою українську традицію і зміст, не будучи чимось абсолютно чужим, – то була ідея об’єднання всіх християнських сил у даному регіоні задля повалення османської могутності і відвоювання Причорномор’я.
Але це було рівноцінне відмові від Правобережжя. Крім того, васальне становище Гетьманщини відносно Росії означало на практиці те, що війна вестиметься великою мірою за рахунок першої, яка стане тилом діючої армії (з усіма наслідками), а результатом, у разі успіху, стане зокрема значне посилення позицій Росії у Причорномор’ї (що, врешті, і сталося наприкінці XVIII століття). Недарма ж такий розвиток подій турбував запорожців (у зв’язку з побудовою росіянами у 80-х роках XVII століття Новобогородицької та Кам’янозатонської фортець).
Є підстави твердити, що гетьман Мазепа з самого початку свого правління усвідомлював усі плюси і мінуси подібної концепції, про що свідчать його роздуми про долю України у знаменитій «Думі». Але на той час Україні вже не вистачало лише власних сил, і гетьман Мазепа, вважаючи російську зверхність за найменше лихо для своєї країни, вирішив іти у руслі російської політики – принаймні поки союз із Росією був хоч чимось корисний для Гетьманщини.
Лише беручи до уваги усе вищезгадане, слід розглядати зовнішньополітичну діяльність Івана Мазепи до початку Північної війни. Особливо це стосується політики гетьмана відносно сюзерена Гетьманщини – Російської держави. Є підстави твердити, що основною метою «російського вектора» політики Мазепи було все ж досягти якомога меншого втручання царської влади в українські справи (тобто зробити можливим проведення власного внутрішньополітичного курсу), а також використати зовнішній чинник для приборкання схильної до інтриг частини старшини, яка негативно ставилася до ідеї сильної гетьманської влади, дбаючи лише про власні інтереси. З цих міркувань (що, звісно, не виключає і мотивів цілком здорового й навіть необхідного для будь-якого політичного діяча честолюбства) і заводив Мазепа «цінні знайомства» в Москві, підтримував дружні відносини з Голіциним та Шереметєвим, Шафіровим і Головкіним.
Перший візит козацького гетьмана до Москви (серпень-вересень 1689 року, з великим супроводом у триста чоловік), що мав на меті засвідчити пошану царівні-регентці Софії та князю Василю Голіцину, давньому знайомому гетьмана і фактичному правителю Росії, відбувся за вкрай несприятливих умов (державний переворот у Москві, заслання Софії до монастиря, Голіцина – до Сибіру і перемога прибічників молодого царя Петра I). Однак цей візит із потенційної катастрофи для Мазепи (якого європейська преса вже поспішила об’явити «заарештованим» чи навіть «страченим разом із Голіциним та Софією» – «Gazette de France» від 1 листопада 1689 року) перетворився на його тріумф. Успішна аудієнція, обмін дарами поклали початок багаторічним приязним відносинам царя і гетьмана. У зв’язку з цим зазначимо: вплив гетьмана на царя був максимальним саме в 1689—1700 роках, коли освічений, з чималим політичним досвідом гетьман мав справу з молодим, без досвіду, царем, який конче потребував вірних і проникливих порадників (серед яких на цьому етапі важливу роль відігравали гетьман Мазепа та відомий шотландець на російській службі генерал Патрік Гордон). На думку сучасної російської дослідниці Тетяни Таїрової-Яковлєвої, у 1689 році саме Мазепа своєю виваженою позицією серйозно допоміг клану Наришкіних (до якого належала мати та інші родичі Петра I) перемогти інший впливовий князівсько-боярський клан Милославських (до якого належала перша дружина царя Олексія Михайловича і їхні діти Софія та Іван). Якщо так, то майже безмежна довіра царя до гетьмана має дуже просте пояснення – події 1689 року стали вирішальними для подальшої долі Петра I і багато в чому – Російської держави.