Держава, династія і народ сприймались як щось постійне, незмінне упродовж свого існування, – позаісторичне. Таким чином, Україна і українці в цій схемі не існували і не могли існувати. Хоча б тому, що більшість російських істориків не визнавала, а офіційна пропаганда прямо заперечувала, аж до XX століття, існування українського народу. Українсько-московське зближення 1653–1655 років сприймалося тут як один із епізодів «собирания земель» Київської Русі, яку вважали вотчиною Рюриковичів.
Водночас Україна в складі Російської імперії виступала як колонія. Тому її історія, звісно ж, аж ніяк не могла перебувати в центрі уваги істориків метрополії. Українсько-московський договір 1654 року теж не є винятком із правила. Як результат – і українська, і російська історіографія розглядали договір переважно в ідеологічній площині, що протягом тривалого часу заважало (і заважає досі) його науковому вивченню.
Михайло Карамзін у своїй роботі створив довершену схему історії Росії (а також всіх східнослов'янських народів), що нею користуються російські історики й дотепер, але він дуже мало подбав про її наукове обґрунтування. Схема російської історії, створена М. Карамзіним, потребувала критики і наукового обґрунтування своїх положень. Це було актуальним ще й тому, що вона лягла в основу державної ідеології Російської імперії. Виголошений С. Уваровим принцип (чи, скоріше, гасло): «Самодержавие, православие, народность» – сприймається тут не інакше, як логічний висновок з ідеологічного доробку М. Карамзіна.
Найслабшою ланкою в цій тріаді була «народність». Адже Російська держава захопила українські та білоруські землі лише незадовго до появи цього ідеологічного гасла. Ще надто гостро відчували завойовані народи свою окремішність, як етнічну, так і політичну. Адже ще довго на цих землях залишались місцеві, відмінні від російських, форми соціально-політичного життя, притаманного їм (наприклад, магдебурзьке право). Тому окремішність українського народу стала основним об'єктом українсько-російських ідеологічних баталій. У тріаді «Самодержавие, православие, народность» лише останній елемент має яскраво виражену внутрішньополітичну налаштованість. Саме він був якнайбільше агресивно спрямований проти самоідентичності українського народу у всіх її проявах.
Вперше довести етнічну тотожність росіян і українців зробив спробу М. П. Погодін. Він, так само як і М. Карамзін, твердив про етнічну монолітність східних слов'ян. На думку дослідника, східні слов'яни часів Київської Русі розмовляли давньослов'янською (церковнослов'янською) мовою. Він слушно зауважив, що найбільш давнослов'янській відповідає мова російська. Звідси був зроблений висновок, що під час монголо-татарської навали корінне населення Київської Русі емігрувало на північний схід. Та невеличка частина, яка залишилася в Середньому Подніпров'ї, була значно сполонізована, бо довго перебувала під владою Речі Посполитої. Таким чином, з даної точки зору, входження України до складу Росії є не загарбанням чужих земель, а поверненням своїх. Воднораз українців було позбавлено однієї з основних підстав для сепаратизму – окремішності відносно росіян. Українсько-російський договір 1654 року, на тлі твердження про одноетнічність росіян та українців, виглядає як акт возз'єднання. Саме таке трактування українсько-російського зближення в 1653–1655 pp. є найбільш вигідним для Росії не в останню чергу ще й тим, що його ініціатором була українська сторона. Це дуже полегшило обґрунтування претензій Російської держави на українські землі і одночасно дуже ускладнило розгляд проблеми, що постала в історіографії.
Особливо це стосується історіографії української, яка, на відміну від російської, набагато сильніше зацікавлена в більш докладному і всебічному розгляді проблеми українсько-російських відносин 50-х pp. XVII століття. Для імперської держави, звичайно, не є важливим вивчення історії своєї колонії, але її опонент, котрий, програвши один із актів своїх визвольних змагань, втратив політичну (державну) незалежність, дуже зацікавлений у тому, щоб вивчати передусім свою політичну історію, особливо в аспекті зовнішньополітичному.
На жаль, представники української історичної думки, особливо в XIX столітті, цілком не усвідомлювали цієї потреби. Основну увагу вони присвятили доведенню етнічної окремішності українців від поляків та росіян. Особливо – від росіян. Певною мірою це пояснюється антиукраїнським характером ідеології та урядової політики Російської держави. Коли на урядовому рівні заперечують існування українського народу, української мови, культури тощо, а представники науки це теоретично обґрунтовують, українська еліта змушена цьому протидіяти.
Окрім того, в українській історіографії почала вкорінюватися традиція розгляду історії України в контексті карамзінської схеми розвитку історії Росії. Першим твором, що започаткував цю тенденцію, є «История Малой России» Д. Бантиш-Каменського, повна назва якого звучить так: «История Малой России со времени присоединения оной к Российскому государству, при Алексее Михайловиче, с кратким обозрением первобытного состояния сего края».
Зміст твору повністю відповідає його назві: більша частина «Истории Малой России» присвячена історії України, починаючи з 1654 року. Весь період історії, що передував російсько-українському договору, описаний дуже коротко. Тобто фактично українсько-російський договір 1654 року і взагалі українсько-російське зближення набуває нового значення і характеру для розгляду історії України.
Літописці XVII–XVIII століть (С. Величко, Г. Грабянка, Самовидець) сприймали договір з Росією як рядову подію зовнішньополітичного життя України в 50-х роках XVII століття, тоді як автор «Історії русів» та Д. Бантиш-Каменський ставляться до нього як до події для історії України епохальної, яка вирішила її долю на вічні часи. Саме ж приєднання у Д. Бантиш-Каменського розглядається як інкорпорація українських земель до складу Росії.
Можливо, однією з причин такого дискурсу було те, що більшість матеріалів, якими скористався Д. Бантиш-Каменський, були російського походження, адже, як і його батько, він працював в архіві колегії іноземних справ у Москві. До речі, «История Малой России…», після того як з'явилася в 1822 році, лише в першій половині XIX століття перевидавалася ще двічі (1830 і 1842 pp.), що свідчить про неабияку для тих часів популярність цього твору. Не в останню чергу ця популярність була обумовлена тим, що в ній було досить широко застосовано актовий матеріал. Та й сам автор аж ніяк не був українським сепаратистом, чи точніше націоналістом, а був людиною досить далекою від політики і лояльною до царського уряду. Так, друге видання «Истории Малой России…» (1830) він присвятив Миколі І. Тож не дивно, що вона була написана в дусі офіційної державної ідеології. Та найважливішим для нас є той факт, що автор «Історії русів» і Д. Бантиш-Каменський малюють нам одну й ту саму картину розвитку подій українсько-російських стосунків 50-х років XVII століття. Збігаються також думки авторів про зміст і значення договору для України. Деяка розбіжність є лише в оцінках тих чи інших подій.
Подальший розвиток української історичної думки в XIX столітті характеризувався загостренням довкола питання ідеологічної боротьби про етнічну окремішність українського народу щодо польського і російського, а також відстороненням дослідників, і не лише дослідників, від політичної історії України. Водночас посилюється увага до соціально-економічного аспекту у вивченні української історії, певною мірою зумовленого соціалістичними вченнями А. де Сен-Сімона, О. Пруд она, пізніше – Карла Маркса, який став домінуючим. Виникає він на тлі поширення ідей федералізму та панславізму.
Для української інтелігенції обидві ці ідеї об'єдналися в одну, бо виникли вони, точніше набули популярності, в другому десятиріччі XIX століття. Надії на визволення у багатьох народів Європи, що перебували під гнітом тієї чи іншої імперії, були пов'язані з наполеонівськими війнами. Саме Наполеон Бонапарт фактично зруйнував Священну Римську імперію, реально загрожував єдності імперії Російської. Утім, ще під час воєн стало помітно, що Наполеон і поневолені імперіями народи мають надто різні інтереси. Військові поразки наполеонівської армії і зречення влади самим Наполеоном повністю перекреслили ці надії. Можливо, саме тоді слов'яни вперше усвідомили спільність своєї історичної долі і своїх інтересів. Зазнаючи поразок у відкритій збройній боротьбі за незалежність і втративши надію на підтримку своїх змагань ззовні, серед еліти слов'янських народів чимдалі більше набуває популярності думка про поліпшення свого життя у складі імперії. Основна ставка робиться на лібералізацію імперських режимів, на поступове здобуття більших прав та свобод для свого народу, аж до набуття ним якомога ширшої автономії в межах імперії. Тобто фактично стратегічною метою цієї доктрини була трансформація імперії у федерацію, можливо – навіть у конфедерацію. Будь-які сепаратистські націоналістичні ідеї сприймалися в контексті федералізму негативно. Таким чином, на перший план знову виходять проблеми соціально-економічні, бо увага до проблем політичного характеру автоматично посилює напругу довкола національного питання.