Документы уничтожались и в последующие годы в ходе периодических архивных "чисток", установить истинные цели и последствия которых в настоящее время уже не представляется возможным. Особенно много документов, по вполне понятным причинам, было уничтожено в августовские дни 1991 г. и позднее, во время так называемого рассекречивания, потому что проводилось оно теми же самыми номенклатурными работниками партийных архивов. Из печати известны данные об уничтожении 25 млн дел в партийных архивах "во избежание их использования посторонними лицами с компрометирующими целями"[64]. Только в одном партийном архиве Кемеровского обкома КПСС из 46 единиц хранения с грифом "особая папка" 45 (примерно 3.300 листов) было уничтожено на специальных бумагорезательных машинах[65].

Особая тема - уничтожение документов ВЧК-ОГПУ-НКВД. Какие документы хранились в этом ведомстве с момента его основания, что уничтожено и что осталось, - все это вопросы, на которые вряд ли когда-нибудь будет дан исчерпывающий ответ. Очевидно только то, что документы уничтожались. Сохранилось свидетельство о том, что в 1954 - 1955 гг. тогдашний председатель КГБ И.А. Серов по указанию руководителей ЦК КПСС уничтожил большое количество архивных материалов госбезопасности. Еще 21 ноября 1953 г. в докладной записке Маленкову и Хрущеву сообщалось, что на оперативном учете в МВД состоят 26 млн человек, а в центральном архиве хранится более 6 млн дел, в том числе следственные и агентурные дела, при этом "находящиеся в архивах и картотеках материалы со времени организации ВЧК не подвергались проверке и расчистке". Руководители МВД предлагали мероприятия "по очистке архивов".

В 1954 г., когда Серов возглавил КГБ, он получил разрешение ЦК КПСС на уничтожение документов. Как вспоминал В.Е. Семичастный, назначенный председателем КГБ в 1961 г., к тому времени "многие документы уже были уничтожены или подчищены..." Рапортуя ЦК в начале 1956 г. о проведенном "разборе оперативных документов прошлых лет", Серов вроде бы преследовал благую цель. Он писал, что уничтожено документов "на более чем 6 миллионов советских граждан", с них "снято пятно политического недоверия". Легко представить, - пишет далее Н.В. Петров, которому удалось обнаружить эти интереснейшие свидетельства, - как много бесценных исторических документов погибло в огне этой "расчистки". В подготовленный в 1954 г. перечень документов была введена норма временного хранения части материалов, после чего они подлежали уничтожению... Преемники Серова в КГБ год за годом суживали номенклатуру дел, подлежащих постоянному хранению. Это привело к уничтожению многих оперативных и даже следственных дел. Полностью были уничтожены архивы органов госбезопасности районного и городского уровней[66].

Говоря о субъективных препятствиях в поиске документов, необходимых для изучения механизма сталинской власти, следует вспомнить, что до начала так называемой перестройки в СССР историки имели доступ только к несекретной документации партийных и государственных органов. Однако, согласно инструкции Секретариата ЦК, и на отдельных несекретных документах, имевших нормативный, справочный, информационный характер, могла проставляться пометка "Для служебного пользования". Секретными же считались все документы КПСС, содержавшие сведения, относящиеся к государственной и партийной тайне. Государственную тайну составляли сведения, отнесенные соответствующими актами законодательства к категории секретных. Партийной тайной считались сведения, касавшиеся тех сторон деятельности КПСС, ее органов и организаций, разглашение которых, по мнению составителей этой инструкции, могло причинить ущерб интересам партии[67]. Расплывчатость определения государственной и партийной тайны позволяла относить к разряду секретных все документы, которые раскрывали механизм коммунистической власти. Таким образом существовал практически полный запрет не только на документацию высших партийных органов - Политбюро, Оргбюро и Секретариата ЦК, но и на их переписку с местными партийными органами, которая тоже шла под грифом "секретно", "строго секретно", "на правах шифра". Действовало специальное "Положение об архивном фонде КПСС", которое периодически утверждалось Секретариатом ЦК. В нем говорилось о том, что "имеющиеся в партийных архивах документы секретного и строго секретного характера не выдаются". В “Основных правилах работы партийных архивов обкомов, крайкомов партии и филиалов ИМЛ при ЦК КПСС”, утвержденных ИМЛ при ЦК КПСС в 1970 г., говорилось: “К исследовательской работе в партийных архивах допускаются члены и кандидаты в члены КПСС, члены ВЛКСМ и в отдельных случаях беспартийные граждане, имеющие направления соответствующих организаций и учреждений…Члены ВЛКСМ и беспартийные исследователи (ученые, писатели, архивные работники), как правило, допускались к работе только над документами непартийных фондов… Исследователям не выдаются неопубликованные документы В.И. Ленина; решения центральных (союзных) партийных и советских органов; документы особых папок; протоколы комиссий по чистке партии; дела по приему в партию и учету кадров; персональные дела коммунистов; материалы, связанные с обороной страны; документы, раскрывающие методы и конспирацию подпольной работы партийных и комсомольских организаций в годы Великой Отечественной войны, а также другие документы, сохраняющие секретный характер, разглашение сведений из которых может нанести ущерб интересам партии и государства”[68].

Однако и сегодня закрытым для широкого круга историков  остается так называемый Президентский архив.  В Центральный  партийный архив Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС, как известно, поступали только копийные протоколы заседаний высших партийных органов, которые представляли собой неразвернутые протоколы принятых решений. Все подготовительные материалы к этим заседаниям хранились в Общем отделе ЦК КПСС и в Центральный партийный архив не передавались. Туда направлялись главным образом материалы идеологического характера, а свидетельства каждодневной работы партийного аппарата - от Политбюро до сектора ЦК оседали в архивах Общего и других отделов ЦК. Архив Общего отдела ЦК, прежде всего архив VI сектора, бывшего архива Политбюро, составляющий сегодня основу Президентского архива, является наследником того самого секретного архива, который формировался с начала 1920-х гг. в структуре Бюро Секретариата отдельно от общего архива Секретариата ЦК. В "Положении о единой системе делопроизводства, регистратуры и архива Секретариата ЦК РКП(б)" от 1 июня 1923 г., предусматривавшем периодическую (от съезда к съезду) сдачу дел, находившихся в архиве отделов Секретариата ЦК, в Центральный архив (впоследствии Центральный партийный архив Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС), имелось очень важное примечание: Секретный архив не сдается[69]. С 1926 г. это был архив Секретного отдела ЦК - преемника Бюро Секретариата, а с 1934 г. до самой смерти Сталина - Особого сектора ЦК.

Именно в этом архиве, по свидетельству заведующего Общим отделом ЦК во времена перестройки В.И. Болдина, "отдельный отсек занимали документы так называемой "особой папки" и материалы, хранящиеся в закрытых еще в 30-е годы пакетах"[70]. Среди этих пакетов было найдено постановление Политбюро от 5 марта 1940 г. о расстреле польских военнопленных. Именно здесь нашелся тщательно скрывавшийся до самого последнего времени секретный дополнительный протокол к советско-германскому договору о ненападении от 23 августа 1939 г. Причем об этой находке в Общем отделе ЦК КПСС знали еще до выступления А.Н. Яковлева на II съезде народных депутатов СССР и принятия по итогам работы его комиссии специального постановления "О политической и правовой оценке советско-германского договора о ненападении от 1939 года". Показательный факт, характеризующий механизм коммунистической власти, сообщил тот же Болдин: спустя некоторое время после того, как М.С. Горбачеву стало известно о найденном подлиннике секретного дополнительного протокола, он спросил Болдина как бы между прочим, уничтожен ли протокол[71].