Начал противоминные действия и японский флот. 29 апреля в Порт-Артуре получили сообщение из Дальнего, что неприятельские миноносцы "выловили все мины в бухте Керр и высадили десант в 60 человек с крейсера "Касаги". 66* Японцы ограждали протраленные проходы разноцветными вехами (белыми с красным и белыми с синим). 67* По свидетельству лейтенанта A.M. Басова, японцы применяли особую систему для "вылавливания" мин. "На носу было приспособление, напоминающее грабли, шедшие на некоторой глубине под водою, затем мина подхватывалась на сетку и отбуксировывалась". 68*

Результаты траления в апреле показали, что сил выделено совершенно недостаточно. В начале мая возобновились выходы в море минного транспорта "Амур" и крейсеров, снова показавшие все недостатки траления. 4 мая контр-адмирал В.К. Витгефт приказал М.Ф. Лощинскому: "Организовать партию траления и протралить проход крейсерам южнее створа мерной мили на два кабельтова и севернее на один, к берегу не менее четырех; все тралы Шульца снабдить кошками; испытать трал подполковника Мсллера; приспособить для траления пароходы Новик и Инкоу . 69*

В связи с отсутствием карты рейда с нанесенными на ней брандерами, минными заграждениями, вехами и бочками, поставленными для разных целей, контр-адмирал Витгефт приказал составить ее и нанести на ней новые тральные створы. Кроме того, было приказано оградить препятствия, замаскировать вход между линиями крепостных мин, убрать лишние вехи, бочки и знаки. Для координирования траления паровыми катерами на берегу выставлены дополнительные створные знаки по направлениям тральных галсов. В связи с тем, что японцы продолжали по ночам минные постановки, в том числе и на протраленных днем участках, принятых мер было явно недостаточно.

5 мая контр-адмирал В.К. Витгефт установил приказом денежную премию в 25 рублей за каждую уничтоженную мину. На следующий день командир "Гайдамака" подал рапорт, в котором предлагал увеличить премию для команд минных крейсеров, так как их экипаж значительно больше, чем у паровых катеров. Витгефт на рапорте наложил резолюцию: "Тралят не ради денег, а награда лишь как знак поощрения от начальства, почему нет причины увеличивать". 70* В связи с подходом японских войск к Квантунскому полуострову русское командование ожидало в скором времени атаки оборонительной позиции у Кинджоу. Контр-адмирал Витгефт отказался послать броненосцы и крейсера для содействия обороне флангов, "так как проход в море не протрален и ежедневно вылавливаем по несколько мин". 71*

Потери в корабельном составе японского флота в начале мая побудили противника активизировать минные постановки на внешнем рейде Порт-Артура, чтобы парализовать русскую эскадру в преддверии наступления японских войск на Кинджоу. В первом часу ночи 7 мая с канонерской лодки "Гиляк" в свете прожектора обнаружили силуэт корабля. По нему открыли огонь вслед за "Гиляком" береговые батареи и канонерские лодки "Отважный" и "Гремящий". Через несколько минут над неизвестным кораблем наблюдался столб пара, затем он исчез в темноте. Спустя некоторое время в направлении скалы Лютин-Рок были видны два минных взрыва с большими столбами воды. По русским данным, в эту ночь происходила минная постановка с корабля-заградителя, похожего на пароход или канонерскую лодку. Заградитель шел от бухты Тахэ, прикрывавшие его миноносцы шли мористее и, отвлекая внимание от постановщика мин, вели огонь из орудий по прожекторам. Несколько снарядов попало в город, и было ранено четыре нижних чина. По донесениям с батарей, заградитель был потоплен, а один миноносец поврежден. По японским данным, в эту ночь проводилась "рекогносцировка", и в канонерские лодки попало несколько снарядов, по повреждения были незначительны.

Утром на месте предполагаемого потопления или повреждения японского корабля было обнаружено 2 всплывших мины, еще две взорвались сами собой и две вытралены. 10 мая на этом месте взорвана контрмина. Причем взорвалась только одна японская мина.

8 мая предполагался выход минного транспорта "Амур" для постановки заграждения в бухте Меланхэ. Для траления впереди по курсу заградителя на рейд вышли миноносцы "Боевой", "Внимательный". "Бесшумный" и "Бесстрашный". В двух-трех саженях от кормы миноносца "Бесшумный" взорвалась мина. В результате корабль получил пробоины в корме и в средней части корпуса. Вода затопила одно котельное и одно машинное отделения, одна машина вышла из строя. Командир лейтенант Д.Н. Максимов под одной машиной благополучно привел поврежденный миноносец в гавань, где на пробоины завели пластыри. 11 мая "Бесшумный" ввели в док. Один кронштейн гребного вала оказался оторванным, а сам вал погнут. Контр-адмирал Витгефт приказал выдать годовой оклад жалованья команде миноносца, а командиру объявил благодарность в приказе.

После подрыва "Бесшумного" миноносцы 2-го отряда стали тралить. Вскоре мина взорвалась вблизи шедшего с тралом миноносца "Скорый", а затем произошел взрыв мины, затраленной миноносцем "Расторопный". При этом корпус подбросило вверх и после этого потекли заклепки. Миноносцы прекратили траление и вернулись в гавань. Всего в этот день уничтожено восемь мин. Выход минного транспорта "Амур" отменили.

8 мая в состав партии траления включены два дежурных миноносца, пароходы "Инкоу" и "Новик", катера и шлюпки с крейсеров. Командиры крейсеров обязывались оказывать контр-адмиралу Лощинскому полное содействие. На время выхода в морс заградителя "Амур" работами по тралению должен был руководить командир броненосного крейсера "Баян" капитан I ранга Р.Н. Вирен. Имело место мнение, что лучше тралить будет тот, кто сам больше заинтересован в этой работе. В начале мая командование эскадры планировало только выходы крейсеров, поэтому с 13 мая заведование тралением передавалось командующему отрядом крейсеров капитану I ранга Н.К. Рейценштейну. Еще 9 мая он подал на имя командующего эскадрой докладную записку, в которой анализировал работы по тралению в течение апреля. Он отмечал, что "работа кипела", но безопасность выхода кораблей из Порт-Артура не обеспечена вследствие недостаточной точности определения места. Протраленное пространство не обозначалось, охрана рейда не могла воспрепятствовать японцам ставить ночью мины на протраленных днем участках. Рейценштейн предлагал отказаться от траления всего рейда, а нарезать и тралить несколько фарватеров, которые обвеховать. Ежедневно каждый фарватер должен протраливаться на два покрытия.

Осложняли траление и гидрологические условия внешнего рейда. Приливо-отливные течения затрудняли удержание места в тральном ордере. Кроме того, в зависимости от направления и силы ветра уровень воды колебался на 0,6-0,9 м.

10 мая у командующего эскадрой состоялось совещание флагманов, командиров кораблей, где обсуждались вопросы совершенствования организации траления и предложения Н.К. Рейценштейна, которые были в основном одобрены. Рейценштейн отвечал за участок рейда мористее крепостного минного заграждения, а контр-адмирал М.Ф. Лощинский за охрану прохода на внутренний рейд и траление до крепостного минного заграждения. Траление на его участке производилось катерами и шлюпками с канонерских лодок и портовыми средствами.

В тот же день Лощинский подписал документ: "Порядок траления внешнего Порт-Артурского рейда". 72* Согласно ему надзор за работами по тралению рейда поручался командиру транспорта "Амур" капитану 2 ранга Ф.Н. Иванову и командиру крейсера "Баян" капитану 1 ранга Р.Н. Вирену. В помощь первому назначался капитан 2 ранга A.M. Лазарев ("Всадник"), второму – капитан 2 ранга В.В. Колюбакин ("Гайдамак"). Вирен должен "наблюдать" за тралением во время выходов транспорта "Амур" в море. Для траления рейда назначались четыре паровых катера с отряда крейсеров, два паровых катера с броненосца "Цесаревич", два портовых баркаса. Кроме того, отряд крейсеров должен высылать три шлюпки для обеспечения своих катеров и портовых баркасов. С отряда крейсеров назначались офицеры на пару своих катеров и по одному на каждый портовый катер – всего четыре. На катера "Цесаревича" назначались офицеры с этого броненосца.