Сложность решения вопроса об отношении Прокоповича к знанию и вере обусловлена еще и тем, что сам он был крупнейшим русским теологом. Однако было бы по меньшей мере односторонностью полагать, что Феофан утилизировал идеи Нового времени — коперникианства, картезианства и т. д. только для создания рационального богословия, для защиты и лучшего обоснования религии, позиции которой начали шататься под ударами развивающейся науки. Сочинения Прокоповича в равной мере не дают основания для признания ни этой точки зрения, ни ей противоположной, которая оценивает наследие мыслителя только через призму его вклада в развитие науки и просвещения в России и умалчивает о его отношении к теологии. Обе эти точки зрения односторонни, ибо основаны на упрощении действительно сложного решения мыслителем этого вопроса и не учитывают противоречий переходной эпохи.

Сочинения Прокоповича относятся к тому периоду развития общественного сознания в России, когда процесс размежевания науки и теологии уже начался, но еще далеко не завершился. Поэтому нет ничего удивительного в том, что наука (включая философию), с одной стороны, и теология — с другой, у него и отделены как структурно различные части лекционного курса, имеющие различные объекты и методы исследования, и вместе с тем еще значительно взаимопроникают друг друга.

Ни у кого не вызывает сомнения то положение, что смысл всей деятельности Феофана, и теоретической и практической, был направлен на обоснование, поддержку, защиту петровских преобразований. Для их осуществления прежде всего нужна была наука, а не теология. Поэтому основные усилия Прокоповича направлены на доказательство необходимости основания и развития в России просвещения, науки, учебных заведений и т. д., он вел непримиримую борьбу с невежеством, суеверием, верой в мощи, с подчинением разума церковным авторитетам. Себя и своих единомышленников он называл «ученой», а не «богословской» дружиной. Нелишне в этой связи напомнить и тот, очевидно, не случайный факт, что Феофан дважды уклонялся от слушания курса теологии в Киеве и в Риме. Мечтая о применении своих сил на научном поприще, он говорил о математике, а не о теологии как своем любимом предмете.

Вместе с тем совершенно очевидно и то, что Петр I не мог бы стоять во главе государства дворян, купцов, мануфактуристов и держать в узде простой народ, если бы он не опирался на веру. Более того, в обществе, где господствовало религиозное сознание, без этого он не только не смог бы осуществить своих реформ, но и преодолеть сопротивление реакционного духовенства и боярства. Он должен был противопоставить своим противникам не только доводы от науки, общенародной пользы, русского патриотизма, но и от теологии. Ибо в то время каждая из борющихся сторон изображала свои действия как единственные санкционированные богом, и Петр также нуждался в такой санкции.

Однако для этих целей его уже не устраивало анахроническое вероучение, откровенно враждебное науке. Ему нужна была иная теологическая интерпретация православия, которая не только допускала бы определенную возможность развития науки, примиряясь с ней, но и обосновывала бы приоритет светского начала над церковным в общественной, и прежде всего государственной, жизни. Именно такая теологическая система и была создана Прокоповичем. Нельзя не видеть, что, приспособляя православие к новым условиям и модифицируя его в реформистском духе, он способствовал его укреплению. Вместе с тем очевидно и то, что, допуская большую свободу науки по сравнению с предшествующими православными богословами и требуя введения разума в теологию, он объективно становился на путь, ведущий в конечном итоге к ее разрушению.

Действительно, по мнению Прокоповича, богословие принципиально отличается от всех наук, в том числе и философии, уже тем, что оно, и только оно, базируется на божественном откровении, которое является его адекватным объектом. Данное людям в глубокой древности применительно к их низкому уровню понимания, откровение требует для его лучшего и более глубокого усвоения постоянного упражнения и усовершенствования разума, использования достижений науки. Между откровением, законами природы и разумом человека, по мнению Прокоповича, не должно существовать противоречия, ибо они являются гармонически приспособленными друг к другу произведениями одного и того же творца. Однако если между новыми данными науки и библейскими текстами все же обнаруживаются разногласия, то это отнюдь не значит, говорит мыслитель, что выводы науки подлежат отклонению или сомнению. В таких случаях библейские тексты, рассчитанные на понимание древних народов, должны быть истолкованы аллегорически, применительно к уровню представлений и мировосприятию современных людей. Положения же науки должны оставаться незыблемыми, ибо если их посылки истинны, а заключение построено логически правильно, то истинных аргументов против них не может выставить даже сам господь-бог. Именно так он рекомендует относиться к учению Коперника. Если ученики и последователи Коперника, утверждает Прокопович в своем курсе теологии, при помощи математических и физических аргументов докажут истинность своего учения, то Священное писание не должно быть для них препятствием, ибо его можно истолковать аллегорически.

Перед нами попытка примирения религии и науки, но такая, которая и приспосабливает религию к науке, и берет под защиту утверждения науки. В силу своей двойственности и противоречивости она раскрывает две дивергентно расходящиеся возможности: 1) дальнейшего упрочения позиций человеческого разума и науки и 2) более тонкого обоснования религии и приспособления ее к новым условиям. Прогрессивная общественная мысль избрала первую из них.

При выяснении взглядов Прокоповича на соотношение церкви и науки важно отметить, что он отрицал определяющую роль церковного авторитета в делах науки. Подобно реформаторам, он считал, что вера имеет индивидуальный, личностный характер, поскольку каждый человек может верить только в то, что он принял своим собственным разумом. Мнение другого человека, общества, церкви в этом смысле есть лишь показание авторитета, которое принимается или отвергается в зависимости от его доказательности для разума данного индивида. Более того, исходя из требования все апробировать рассуждением, разумным доказательством, Прокопович, подобно реформаторам, отвергает значение церкви, соборов, мнения «отцов» церкви как непогрешимого источника веры. Он исключает «традиционный» раздел о церкви из своего богословия. Верующий, по его мнению, не нуждается в посредстве церкви для своего общения с богом. Сохраняя веру и отвергая авторитет церкви, Прокопович по существу предлагает реформистский вариант православия, подобно тому как протестантизм, являющийся христианством буржуазной эпохи, представляет результат реформирования католицизма. Но и то и другое знаменует канун буржуазной эры, ибо наступление на феодализм всегда начиналось с наступления на церковь.

Единым непогрешимым источником веры Прокопович, как и реформаторы, считает Библию. Но он требует введения критерия разума и в рассмотрение библейских текстов. Мыслитель признает право каждого исследователя на самостоятельное истолкование и критический разбор этих текстов. «Разсуждению предаю собственному всех в Священном писании» (16, 35), — говорит он, отвергая существующую традицию.

Не менее смелым со стороны Прокоповича являлось проведенное им сравнение библейских повестей и древнегреческой и римской мифологии. Его результаты изложены им в предисловии и послесловии к книге «Аполлодора Грамматика афинейского библиотеки, или О богах», которая была переведена по приказу Петра I на русский язык в 1725 г. Прокопович в античной мифологии находит аналоги библейским сказаниям. Это снимало ореол святости с Библии, низводило ее до обычного литературного произведения, возникшего на перекрестке исторических дорог многих народов и вобравшего в себя их вековую мудрость, легенды и предания. Это обстоятельство, очевидно, в определенной мере учитывалось Прокоповичем, хотя мнение, высказанное им по этому поводу, было противоречивым. С одной стороны, в трудной для себя ситуации он настаивает на божественности Библии, в частности «Песни песней» и т. д., а с другой стороны, по свидетельству Маркелла Родышевского, «книги Иова, Есфирь, Товия и Юдифь, Маккиавейские, Июды, Иакова и Св. апостола Павла… апокрифами нарицал» (81, 7).