По существу постоянные и неизменные законы природы становятся в «Натурфилософии» Прокоповича на место бога и служат средством его элиминации. Они делают совершенно ненужным и излишним всякое последующее вмешательство бога в дела природы. Созданная богом природа живет дальше на основании своих законов. Все содержание «Натурфилософии» Прокоповича свидетельствует о его стремлении объяснить природу из нее самой, из закономерной связи природных явлений.

Признание неизменности законов природы не могло не привести Прокоповича к необходимости решения одного из труднейших вопросов, стоявших перед наукой того времени, — о возможности чудес. Возникла дилемма: либо неизменные законы природы, либо чудеса. Как и большинство ученых его времени, Прокопович не может решить ее однозначно. Чаще всего он не только отрицает чудеса, но и высмеивает их. Так, по поводу чудесного превращения человека в звезду он пишет: «А о претворяемых в звезды человеках как не имеем смеяться, ведая, что звезды не иное что есть, только великие круглые глыбы, смысла и чувства не имущие» (54, ч. III, 90). Критика чудес и суеверий, о которой мы еще скажем, была одной из самых сильных и ярких сторон просветительской деятельности Феофана. Но она, конечно, не была последовательной, так как, не порывая с официальной церковью и религией, мыслитель не мог стать на позиции принципиального отрицания чудес. Поэтому Феофан должен был искать путей совмещения этих двух взаимоисключающих противоположностей. Чудо в его сочинениях выступает не как нарушение, а как интерпретация законов природы. «Разве не смог бы бог, — пишет он, — защитить тончайшие клочья от всепожирающего нападения пламени? Однако он не защищает их, но позволяет, чтобы они сжигались и уничтожались. Ведь если бы он не позволил, чтобы они уничтожались, то он сам бы нарушил свой закон, если бы он действительно это делал обычно. Ибо делать необычно, что относится уже к чудесам, не означает нарушать свой закон, но интерпретировать» (61, 85 об.).

Конечно, эта точка зрения весьма уязвима. Если допускаются чудеса, то незыблемость законов природы превращается в фикцию, если же, напротив, признается незыблемость этих законов, то чудеса теряют свою сверхъестественность и превращаются в еще не объяснимые данным уровнем науки явления природы. У Феофана допущение чудес как интерпретации законов природы является по существу только прикрытием утверждения о неизменности этих законов — утверждения, которое давало возможность науке в условиях того времени заниматься их изучением.

По мнению Феофана, ни в одно из чудес не следует верить, но каждое нужно сначала исследовать. С огорчением он говорит, что «многии безумные или паче нерадетельные о истине… человецы скоровымышленным чюдесам веруют, не требуя, как бы надлежало, никакого достоверного свидетельства и доказательства» (34, 94 об.). Как правило, вера в чудеса базируется на снах, видениях, откровениях. А «откровения оные приходят в мир сей дверми лжи, а не истины… чем же откровение то утверждали? тем, чем и всегда скаски свои утверждают плуты и лживцы: мне видение было, мне во сне явилось, то есть одним пустым словом, и скаску скаскою во уверение привести покушаются» (45, ч. III, 90).

В результате исследования и проверки «чудес» большинство из них, по мнению Прокоповича, оказываются следствием 1) либо преднамеренного человеческого измышления, т. е. обмана с целью наживы и обогащения, 2) либо суеверия, обусловленного невежеством, незнанием законов природы, 3) либо унаследованной от древних народов языковой традиции, связанной с иносказанием, аллегоризмом, когда смысл и значение высказывания не совпадают.

Многие чудеса, о которых идет речь в Библии, по мнению Прокоповича, могут быть объяснены на основании законов природы. Другие же «не нужно воспринимать в их собственном смысле. Ибо что значит: Стало солнце по приказу Иисуса…земля прикреплена и не должна никуда двигаться и тому подобные пророчества святого духа?» (124, 191 об.). Нельзя не заметить близости этих рассуждений Прокоповича к идеям ученых-реформаторов, подвергших критическому исследованию Библию, в том числе и изложенные в ней чудеса. Эти идеи были обобщены Б. Спинозой в его «Богословско-политическом трактате». «…В священном писании рассказывается, как о чудесах, о многом, причины чего легко могут быть объяснены из известных принципов естествознания», — говорит Спиноза (120, 129).

В результате филологически-критического изучения Библии, сличения ее еврейских, греческих, латинских, сирийских, славянских текстов, а также сопоставления библейских утверждений с данными науки того времени русские ученые конца XVII — начала XVIII столетия все чаще приходят к выводу о наличии в ней множества ошибок, неясностей, противоречий, расхождений с наукой. «Издание Вульгаты, — пишет Прокопович, — исполнено бесчисленными погрешностями, уже опровергнутыми разумными мужами» (9, 116). Он не считает возможным умолчать и о том, что «бесчисленное множество ругани есть в Священном писании» (61, 184 л.), вследствие чего оно не может рассматриваться как образец хорошего стиля. «Эти слова спасителя неясны, — замечает он по поводу одного места из Библии, — слабым является доказательство латинян, которое базируется на этом месте Священного писания» (там же, 220 об.). Со многими положениями Библии, например о будущем уничтожении небес, он не соглашается: «…небеса не могут полностью уничтожаться, но только измениться. Поэтому слова Писания о гибели небес нужно понимать как об их изменении… из одной субстанции в другую» (там же, 178 об.). Многие ошибки Библии, по мнению Феофана, основаны на том, что кажущееся в ней принимается за существующее. «Обратите внимание, — наставляет он своих слушателей, — на то, что Солнце и Луна называются здесь (в Библии. — В. Н.) великими светилами, хотя Луна, как учат и со всей определенностью утверждают математики, меньше всех планет, за исключением Меркурия. Однако из-за того, что она является ближайшей соседкой Земли, кажется нам большей, чем другие, и одного только Солнца меньшей. Следовательно, Моисей говорит не согласно опытам астрономов, а в соответствии с общим языковым обычаем, как то чаще всего делает и другие ошибки Священное писание» (там же, 158 об.). Если Коперник и его последователи, говорит Феофан, при помощи математических и иных аргументов докажут истинность своего учения, то соответствующие положения писания следует толковать аллегорически.

Таким образом, Прокопович не считает, что при обнаружении расхождения и конфликта между утверждениями Библии и данными науки эти последние должны быть отсечены или интерпретированы в духе откровения. Напротив, переосмысливанию и переинтерпретации подлежит откровение (54, 1, 34). Такое понимание соотношения науки и теологии не только отличалось от концепции Фомы Аквинского и его последователей, но и было направлено против нее.

Элементы пантеизма и деизма, присутствующие в произведениях Прокоповича, вливались в общее русло прогрессивного развития отечественной философии XVII — начала XVIII в., содействовали ее отходу от теологии и сближению с естественными науками. Они были восприняты и развиты дальше Козачинским, Конисским, Сковородой, Ломоносовым, Десницким, Козельским, Аничковым и другими отечественными просветителями XVIII в. Но и они не доводят защиту свободного развития науки, стремление оградить ее от насильственного вмешательства и контроля со стороны религии и церкви до требования отрицания всякой религии. Это требование выдвигается и обосновывается в трудах отечественных мыслителей-материалистов только в XIX в.

В отличие от традиции, по которой вопросы онтологии освещались в «Метафизике», Прокопович переносит их изложение в «Натурфилософию». Уже это перенесение онтологических вопросов из метафизики в натурфилософию и соединение их с последними свидетельствует о том, что мыслитель пытался найти разгадку сущности бытия мира не в сфере сверхъестественного, а на пути изучения природы.