Письма и прошения русских пленных из Швеции показывают, что они оказались в более затруднительном положении, чем их визави. В первую очередь это касалось, как писали шведы, «ортодоксальных русских», то есть православных. В течение всей войны они в большей или меньшей степени испытывали затруднения в исполнении религиозного долга.
В Стокгольме с начала XVII века при русском гостином дворе существовала часовня для купцов и прочих православных людей, так же как в Ревеле и Нарве. Именно в ней, как изначально планировалось, должен был проводить регулярные службы священник Алексей Федоров, который ехал в свите русского резидента князя Хилкова в Стокгольм и вместе со всеми прочими оказался в плену. Жесткая позиция шведских властей, разделивших и изолировавших пленных друг от друга, привела к тому, что в первые годы плена лишь некоторые офицеры и резидент могли пользоваться его услугами. Особенно тяжело было в первые годы плена: к 1702 году Хилков и генералы неоднократно просили Королевский совет разрешить им проведение православных служб в доме Фалкенберга, где жили Долгорукий, Трубецкой, Головин и несколько их сослуживцев. Не выдержав напора, советники все-таки обратились за официальным разрешением к королю, сообщив ему, что Книперкроне в Москве разрешено посещать церковные службы в Немецкой слободе. Карл не торопился с ответом и члены Совета самостоятельным решением позволили священнику А. Федорову посещать пленников. При активной поддержке церемониймейстера Спарвенфельда в одной из комнат в доме генералов была оборудована домовая церковь Покрова Богородицы, которую освятили вдень Петра и Павла 10 июля 1702 года.
Но даже эта небольшая победа не решала проблему для большинства русских пленных, которые по-прежнему не имели возможности участвовать в церковных службах. И Долгорукий, и Хилков регулярно писали властям на всех уровнях, настаивая на том, чтобы к рядовым и гражданским «допустили» священника, а то «многие без покаяния умереть могут». Писали они и в Москву с просьбой прислать священнослужителей. Проблема была настолько острой, что в конце мая 1705 года Хилков попросил шведские власти не освобождать из плена иеромонаха Симона и дьякона Арсения, а отправить их в Стокгольм, где они могли бы окормлять свою паству.
К 1706 году ситуация несколько стабилизировалась. Во-первых, царевичу Александру Имеретинскому удалось добиться разрешения на приезд в Швецию своего домашнего священника отца Панкратия, который, как писали в документах, «прибыл с Руси своей волею». Он сразу же стал активно проводить службы для остальных генералов и офицеров. Во-вторых, в русской колонии появилось еще несколько церковнослужителей, которые оказались в плену в результате боевых действий на приграничных прибалтийских территориях. Скорее всего, решение шведских властей привезти их в Стокгольм было продиктовано стремлением снять напряжение и избавиться от недовольства «московитских» пленников.
Участь церковнослужителей, оказавшихся в плену, была столь же тяжела, как и всех остальных пленных: они испытывали голод, холод и унижения. Вернувшиеся из шведского плена в 1710 году офицеры Зиновьев, Водорацкий и Лихачев рассказывали, что вместе с ними в Евле находился священник, которого, как и всех прочих, на протяжении девяти месяцев никуда не выпускали из деревянной избы, на окнах которой были железные решетки. Судя по всему, речь шла о Василии Прокофьеве, которого спустя некоторое время обменяли на шведского коллегу. Уже упомянутый А. Вестерман, преодолевая с соотечественниками все тяготы и перипетии плена, находил время для того, чтобы фиксировать все события в жизни шведской колонии в Соликамске, в частности, он писал о церковных службах по поводу помолвок, свадеб, рождений и смертей. Воодушевлять и поддерживать одних, хоронить других — вот задачи, которые решали священнослужители, находившиеся в плену.
Но иногда они выполняли особые, не свойственные священникам в обычной жизни, функции. И это грозило им смертельной опасностью. Со временем и русские, и шведские власти обнаружили, что именно священнослужители — та тонкая ниточка, которая связывает пленных между собой, а всех их с внешним миром. Это стало для них очень неприятным открытием, так как приводило к утечке недозволенной, а то и секретной информации. Шведские власти, пытаясь бороться с этим, стали обыскивать православных служителей до и после религиозных служб или посещения больных. А резидент Хилков в своих письмах в Россию особо предупреждал Головина, что необходимо приставить к каролинам специального человека, знающего язык, чтобы он присутствовал на службах в кирхах, так как «они там обычно обсуждают противные дела». Безусловно, что и русские пленники пользовались точно такой же практикой; уже в 1704 году к ним прикрепили «переметнувшегося толмача» Полукарпа Герасимова, которому было поручено следить, чтобы «про шведов ничего не говорили». Впрочем, судя по записям шведских властей, через некоторое время Герасимов попал под влияние русских (в частности, любил играть с ними в карты) и стал выполнять их просьбы, например помогать с передачей писем. Судя по всему, ему доверял и генерал Трубецкой, так как при отъезде у него оставил часть своих вещей. Безусловно, ситуация с соблюдением права пленных на свободу вероисповедания и в России, и в Швеции не была идеальной. Кроме объективных причин, затрудняющих выполнение объявленной свободы вероисповедания, большую роль играли субъективные факторы. Например, посещение церковных служб рассматривалось властями, как в России, так и в Швеции, как привилегия, которую при необходимости можно использовать для шантажа и наказания пленных. Особенно часто этим инструментом пользовались шведские власти, при всякой возможности ограничивая религиозные права противника, как православного, так и других вероисповеданий. А поводы могли быть самыми разнообразными. Так, после побега однофамильцев полковника и майора Гордонов в конце мая 1702 года русским пленным было запрещено ходить «до церкви» девять дней. В условиях информационной изоляции пленники довольно часто даже не представляли причины наказания. Лютеранин генерал Вейде не сталкивался с трудностями православных пленных, но и он в 1703 году пожаловался в Королевский совет, что «без всякой причины и душевности» ему и его товарищам запретили посещать кирху и они уже «по полугоду дом Божий не посещали».
Пожалуй, самыми резонансными и массовыми случаями нарушения религиозной свободы были насильственные действия царских подданных по перемене вероисповедания рядовым пленным и депортированным. В Швеции хорошо знали о подобных эксцессах, а полномочные представители шведских пленных в России регулярно писали во все властные инстанции и самому царю с просьбой прекратить подобное «варварство». Иногда казалось, что их активность может дать реальные результаты. Например, довольно сильное впечатление на русские власти произвело прошение генерала Адама Левенгаупта от 30 октября 1717 года, в котором он жаловался, что с пленными обращаются, «словно это бессловесные твари и неодушевленные вещи», и что ни в одной христианской стране недопустимо такое поведение по отношению к военнопленным. Ответом стал сенатский указ, запрещающий среди прочего насильственное крещение. Но не прошло и нескольких месяцев, как выяснилось, что действенной силы запрет не имел, так как массовые нарушения свободы вероисповедания по-прежнему активно происходили на частном уровне.
Субъектами таких действий в первую очередь становились депортированные жители прибалтийских провинций, которые с негласного согласия властей рассматривались в качестве законной «добычи войны». Их положение было по-настоящему бесправным.
В Москве и Новгороде на некоторых рынках существовали специальные места, где торговали пленными «свейской» или «чухонской породы». В Москве этот торг шел на Ивановской площади. Резидент Книперкрона часто сообщал царю и московским властям конкретные случаи, как, например, в 1703 году, что некий «грек по имени Заб… купил 2 женщин, Марью и Варвару, и 3 девок, Елену, Анну и Софью, и намерен в турецкую землю и вечное порабощение провести». Он же в 1707 году сообщил, что, несмотря на запреты, «персидский купец уже 20 шведских пленников держит на своей службе и хочет увезти с собой».