Прежде всего, следует упомянуть о неразберихе с орудием преступления. 2 сентября рабочий А. В. Кузнецов принес в ВЧК якобы найденный им «тот» револьвер. В нем не хватало трех патронов. Через год в ВЧК поступил донос на сотрудницу этой организации Зинаиду Легонькую. В нем говорилось о том, что это именно она стреляла в Ленина. Действительно, Легонькая после покушения была возле завода Михельсона. Она же участвовала в обыске Каплан. Но ведь оружия тогда не нашли! А теперь после обыска на квартире Легонькой нашли. Объяснение, которое она дала, представляется довольно диким для сотрудницы ВЧК. Легонькая заявила, что нашла браунинг в портфеле Каплан и решила оставить себе на память, как сувенир. Трудно себе представить, что должны были с ней тогда сделать за это. Действительно трудно: ее… отпустили.

1 сентября 1918 года «Известия ВЦИК» сообщили: «Из предварительного следствия выяснено, что арестованная, которая стреляла в товарища Ленина, состоит членом партии правых социалистов-революционеров черновской группы. Она упорно отказывается давать сведения о своих соучастниках и скрывает, откуда получила найденные у нее деньги… Из показаний свидетелей видно, что в покушении участвовала целая группа лиц, так как в момент, когда тов. Ленин подходил к автомобилю, он был задержан под видом разговоров несколькими лицами. При выходе был устроен затор публики. Принимаются все меры к выяснению всех обстоятельств дела. Задержано несколько человек». Действительно по делу о покушении были арестованы и доставлены в ВЧК для допроса 14 человек. Всех их затем оправдали и освободили.

В следственном деле есть показания 17 свидетелей. Однако ни один из них категорически не смог утверждать, что в Ленина стреляла Каплан. Хотя все они заявляли, что стреляла женщина. Но ведь первый вопрос, который задал после покушения Владимир Ильич своему водителю, был таким: «Его поймали?» Возможно, он видел, что в него стрелял мужчина? Как ни странно, но никто из свидетелей не запомнил и лица преступницы или преступника…

После первых допросов на Каплан перестали смотреть как на организатора покушения. Это вытекало из содержания вопросов, которые ей задавали. Однако ее упрямо выставляли террористкой-одиночкой. Вполне возможно, что она не стреляла, но также возможно, что она действительно участвовала в этом деле. Только роль ее была иной. Скорее всего Каплан должна была отслеживать перемещения Ленина в тот день, чтобы знать наверняка, будет ли выступать он на митинге, и передать сообщение исполнителям. По собственным показаниям Фанни, она приехала «на митинг часов в восемь». Именно тогда многочисленные свидетели и видели эту странную, а потому легко запоминающуюся женщину. Но кто же являлся организатором теракта? Следствие на этот вопрос ответа не дало. 31 августа был проведен последний допрос Каплан на Лубянке.

Утром 3 сентября на Лубянку явился комендант Кремля П. Мальков с предписанием перевести Ф. Каплан в полуподвальную комнату Кремля, тщательно охраняемую латышскими стрелками. А через несколько часов секретарь ВЦИК Аванесов вручил Малькову постановление ВЧК о расстреле Каплан и сказал ему, что это нужно сделать немедленно. Было принято решение произвести расстрел в тупике двора Автоброневого отряда. Приговор привели в исполнение в четыре часа дня 3 сентября 1918 года. Но после этого встал вопрос о том, что делать с телом расстрелянной? За ответом на него обратились к Я. Свердлову. Мальков вспоминал: «Яков Михайлович медленно поднялся и, тяжело опустив руки на стол, будто придавив что-то, чуть поддавшись вперед, жестко, раздельно произнес: „Хоронить Каплан не будем. Останки уничтожить без следа“». Во исполнение этого приказа тело террористки было облито бензином и сожжено в железной бочке в Александровском саду. Как утверждает Мальков, свидетелем этого стал известный поэт Демьян Бедный, который жил как раз над Автоброневым отрядом. Он прибежал по черной лестнице на шум моторов нескольких грузовиков и сразу понял, что происходит.

Столь быстрое развитие событий и внешняя простота дела породили мощный всплеск возмущения среди рабочих. По сути, настоящего расследования преступления не было. Главной вещественной уликой его стал пистолет, признанный после коллективного осмотра чекистами орудием покушения. Его принес один из рабочих, присутствовавших на митинге, после того как прочитал объявление ЧК о розыске оружия, из которого стреляли в Ленина. Ни дактилоскопической, ни баллистической экспертизы пистолета не проводилось: столь скоротечному следствию и так все представлялось предельно ясным. В протоколах допросов часто фигурировали такие фразы, как «кто-то сказал», «крикнули», но никаких попыток установить этих лиц не было. Опрос присутствовавших на митинге не проводился. Похоже, что следствие вполне устраивало признание Ф. Каплан в том, что она действовала одна.

Впоследствии даже Я. X. Петерс говорил, что история этого покушения на В. И. Ленина была довольно темной. Член ВЦИК В. Э. Кингисепп, возглавлявший следствие, жаловался на то, что ему мешают работать: необходимые документы поступали с большим опозданием, следственный эксперимент во дворе завода Михельсона проводили сами чекисты, изображая Ленина и Каплан, неизвестно для чего «на помощь следствию» из Екатеринбурга прибыл палач царской семьи Я. Юровский с помощниками. Впоследствии из «дела Каплан» будут кем-то вырезаны несколько страниц. Особенно много вопросов связано с пистолетом, из которого якобы стреляли в Ильича. Специалистов удивило несоответствие меток от пуль на пальто вождя с местами его ранения. Когда же сравнили пули, извлеченные при операции в 1922 году и при бальзамировании тела Ленина в 1924 году, выяснилось, что они не из одного пистолета.

Впервые хотя бы некоторый свет на эту историю пролила брошюра «Военная и боевая работа партии социалистов-революционеров за 1917–1918 гг.», вышедшая в феврале 1922 года за рубежом. Ее автором являлся бывший начальник Центрального летучего боевого отряда партии эсеров и руководитель террористической группы Г. Семенов (Васильев). В книге подробно описаны вопросы, связанные с подготовкой покушения на Ленина: слежка, состав групп, исполнители, дислокация агентов на митингах, средства связи и конспиративные явки. Выяснилось, что исполнителями покушения намечались Коноплева, Каплан, Федоров, Усов и Козлов, а непосредственно на заводе Михельсона действовали Каплан и рабочий Новиков. После покушения, боясь ответного террора со стороны большевиков, ЦК партии эсеров выступил с заявлением о своей непричастности к этому акту. Рядовых боевиков-эсеров это заявление возмутило.

Более обстоятельное изучение всех обстоятельств дела о покушении на В. И. Ленина началось только в 90-х годах XX века. 19 июня 1992 года Генеральная прокуратура России по заявлению ульяновского писателя Авдонина и с учетом большого общественного интереса к этому делу начала проверку обоснованности расстрела Фанни Каплан. Она длилась четыре года и была закончена в 1996 году, но на многие вопросы следствие так и не смогло дать убедительного ответа. Например, установлено, что выстрелы были действительно произведены из семизарядного браунинга, найденного на месте преступления. В его патроннике оставалось четыре патрона, то есть из него было произведено три выстрела. Но тогда непонятно, каким образом на месте преступления оказались четыре стреляные гильзы. Значит, стрелявших было двое? Шофер Ленина в одних показаниях говорит, что опознал в покушавшейся Ф. Каплан, в других — что видел только женскую руку с браунингом после первого выстрела. Но была ли это рука Каплан? Помощник военного комиссара С. Н. Батулин тоже оставил противоречивые показания. Из них непонятно, где он задержал террористку — то ли во дворе завода, то ли на Серпуховке, то есть в действительности никто из дававших показания не видел покушавшегося, а сам Ленин, как свидетельствует его вопрос, видел, что стрелял мужчина.

Мало кому известно, что с 8 июня по 7 августа 1922 года в Колонном зале Москвы проходил судебный процесс над правыми эсерами, который проводил Верховный революционный трибунал РСФСР. О нем подробно поведали 92 тома судебных материалов, недавно рассекреченных ФСБ России. Следственное дело Ф. Каплан фигурировало на нем как «вещественное доказательство» террористической деятельности эсеров. Так вот, на процессе были названы имена истинных участников покушения на В. И. Ленина. Это были Г. И. Семенов, который организовал слежку за Ильичем и направил убийц на завод, и его боевая подруга Л. В. Коноплева. Именно она предложила ЦК партии эсеров осуществить покушение на большевистского вождя, предлагая себя в качестве исполнительницы. В подготовке его участвовали также эсеры Тесленко, Усов и Ефимов. Сегодня историки полагают, что стрелять в вождя революции могли Л. Коноплева, 3. Легонькая, В. Новиков и А. Протопопов. Правда, убедительных данных, что это сделал кто-то из них, пока тоже нет. На допросах в НКВД в декабре 1937 года В. Новиков признался лишь в одном: он показал Каплан Ленина, а сам во двор завода не заходил и ждал «результатов» на улице.