Всюду не хватало рабочих рук, стройку вели в основном солдаты. Кирилов разрывался в поиске людей. Наконец его осенила мысль: на строительных работах и пограничной службе использовать ссыльных. Однако при ознакомлении с ними Кирилов с грустью и возмущением обнаружил, что люди эти в большинстве своем не годны для трудовой и тем более строевой службы. Их изувечили во время допросов.

27 октября 1736 года Иван Кириллович обратился в Сенат с просьбой «милостиво» рассмотреть ради «сбережения простых людей и поселения их в новых местах» его доклад «О пытках и публичных наказаниях…». По тогдашнему времени это был смелый документ. Призывая правительство к милосердию, Кирилов обращал внимание на то, что, несмотря на громадное количество казней, преступления не прекращаются.

— Отчего же так много простого народа впадает в вины? — рассуждал он. — А все дело в худом воспитании без наставления и утверждения в законе от духовных чинов, которые сами вследствие своего невежества впадают в преступления и сами ссылаются…

Не народ плох, развратен, считал Кирилов, а его управители вместо добрых примеров жизни подают дурные.

В своем докладе Кирилов предложил при судах и следствиях отменить пытки железом и вырезание ноздрей для молодых людей от 16 до 25 лет, заменить их «не портящими», то есть не калечащими людей, наказаниями. Он вскрыл также ущерб, наносимый государству бюрократическим судопроизводством, злоупотреблениями и лихоимством следователей и тюремщиков-костоломов, по году и более державших «винных людей» под следствием и приводящих их к болезням. Он просил сократить эти сроки и увеличить «дневное пропитание ссыльных с одной копейки до трех».

Сенат рассмотрел проект Кирилова и постановил: всем ссыльным, направляемым в Оренбургский край, ноздрей не вырезать, оставив в силе наказание кнутом, увеличить для них дневное пропитание с одной копейки до двух; смертные казни оставить.

Усмиряя восставших, Кирилов одновременно с усердием хлопотал о благоустройстве края. Заключил договоры с купцами и подрядчиками на поставку продовольствия, вербовал добровольцев для новых поселений, налаживал между городами коммуникации. Он представил в Сенат проект «Об учреждении почты» на перегонах: Москва — Нижний Новгород — Казань — Уфа — Оренбург, рассчитав промежутки между станциями, потребное количество ямщиков и лошадей, стоимость и содержание, установил порядок отправки почты.

* В одном из писем в Петербург Кирилов сообщал, что в своем странствии по Башкирии «десяти дней на одном месте не живет». Замотанный служебной круговертью, окруженный со всех сторон вооруженными бунтовщиками, он не прекращал работу по картографированию новых земель.

Уже на втором году работы экспедиции Кирилов, будучи в Петербурге, представил в Академию наук первую карту Башкирии, а также карты Среднего Поволжья и Южного Урала с нанесенными на них обозначениями разведанных полезных ископаемых, растительного покрова.

Между тем в Башкирии назревало новое восстание. Не желая верить слухам, Кирилов 26 января 1737 года докладывал самой императрице, что «башкирский народ в такое уже состояние приведен, что с начала их подданства никогда таковы послушны не были и никогда ж страху за свои злодейства не видали, как нынче есть».

К карательным мерам Кирилов прибегал, лишь опробовав все мирные. Видя, в какое разорение приведены башкиры, какие нужды и голод терпят, особенно зимой, он запретил взимание с них штрафных лошадей. Кирилов высказался также против намерения Сената отправить на турецкие рубежи 3000 вооруженных башкирских конников. Этим указом, изданным по предложению Румянцева, предполагалось ослабить башкир. Кирилов убедил, что такая мера лишь пуще взбунтует их и тогда правительственные войска принуждены будут у них, башкир, «стоять без выводу».

Иногда Кирилову казалось, что вокруг наступило желанное время мира и можно заняться наукой. В казенных рапортах высокому начальству о ходе строительства и заселения новых пунктов он подчас переходил на лирический тон.

Описывая новый край и жителей, он искренне восхищался: «Тут нет ни одного места с недостатком к житью человеческому; земля черная, леса, луга, реки рыбные, звериные ловли довольные…» С интересом приглядывался к башкирам, что «как птицы небесные: не сеют, не жнут, а сыты бывают».

С началом весны по всей Башкирии разлилось, подобно водополице, новое восстание. Многотысячными отрядами мятежников предводительствовали опытные, авторитетные в народе вожди Бепеня Трунбендин, Кильмяк Нурушеви Кусяп Салтанов.

Прохваченный холодным апрельским ветром, так называемым бишкунаком, Кирилов с горячкой лежал в постели, и когда из Петербурга прискакал нарочный с указом, попросил Рычкова прочесть его.

— «…И хотя при нынешней турецкой войне в войске мы не без нужды, однако не менее нужно и то, чтоб домашний внутренний огонь был потушен как можно скорей, — читал Рычков, — и потушен таким образом, чтоб вперед не опасаться новых смут…»

— Указы слать легко, но какой силою нам бунтовщиков искоренить? — с одышкой вопрошал Кирилов. — Как намерен расположить свое войско бригадный командир Хрущов? Надобно и Тевкелева оповестить, и Татищева на совет позвать…

— Полковник Тевкелев уже прислал, ваше превосходительство, свои предложения. Огонь и пули — вот чем склонен он усмирять бунтовщиков, — доложил Рычков.

— Сие опробовано уже… Тевкелев к тому ж запамятовал, что мятежников в десятки раз больше нас.

— Генерал-майор Хрущов отзывается на Украину в действующую армию. От Татищева нет вестей, но слыхивал я, что он ведет переговоры с казахами и калмыками. Хочет двинуть их против бунтовщиков. Но прежде того он отправил к вождям письменные увещевания явиться с повинною. Некоторые башкирские старшины, вняв, что покаянную голову не рубят, покорились. Другие же люто упорствуют, выдвигая встречно всякие предерзости.

— Вождь бунтовщиков Бепеня недавно прислал Татищеву весьма неглупое, но опасное письмо. Ежели все добровольно подданные предадутся такому своевольству, разглашая себя якобы не подданными, то сей дурной пример оттолкнет всякий другой народ русское подданство принимать, — рассуждал Кирилов.

Письмо Бепени начиналось напоминанием о том, что прежде башкиры жили на своих землях вольно, а ясак платили «в знак того, что подданные». Прежние московские государи держали башкир «не под саблею», то есть не принуждали к военной службе, и города на их землях не строили. Заканчивалось письмо отчаянным, но гордым вызовом: башкирам некуда идти с родных мест, и что если и дальше их будут притеснять, «то хоть пропасть, хоть смерть принять готовы».

Все лето до глубокой осени башкирская земля содрогалась от взрывов, окутывалась дымом пожарищ, поливалась кровью тысяч людей. Повсюду шли ожесточенные бои повстанцев с регулярными войсками.

Но Кирилов этого уже не видел и не слышал. Заболев туберкулезом легких еще год тому назад, он пренебрегал каким-либо лечением, не находя для этого времени. Невзгоды и тревоги почти трехлетней походной жизни окончательно подорвали его здоровье. В конце марта Иван Кириллович слег, а в ночь на 14 апреля 1737 года скончался в возрасте 48 лет.

Сжегши себя в работе, он, кроме географических трудов, ничего другого после себя не оставил — ни богатства наследникам, ни даже портретного своего изображения (хотя всегда имел под рукой живописца и гравера). Вдова, Ульяна Петровна Кирилова, вскоре же обратилась в Кабинет министров с просьбой помочь ей погасить долги мужа. Она предлагала принять в казну часть имущества и пильные заводы, принадлежащие семье, которые без пригляда всегда странствующего вдали хозяина были маловыгодными. Она также попросила Академию наук оплатить «работу над картами мужа своего».

Однако лишь спустя 25 лет Сенат обратился к Екатерине II с ходатайством о пожаловании Петру Ивановичу, сыну Кирилова, десяти тысяч рублей для оплаты лежащих на нем долгов его отца. Свое прошение Сенат обосновал тем, что статский советник Иван Кирилов, построив город Оренбург, оказал «знатную услугу Отечеству, положив начало к распространению Российского государства и к защищению подданных…». О научных трудах Кирилова, введших его в разор, не сказано, увы, ни слова.