В 1611-1614 годах появляется ряд новых указов, направленных против христианства, после чего начинаются открытые гонения. С 1624 по 1638 год издаются указы, которые запрещают иностранцам посещать, а японцам — покидать Японию или же возвращаться в нее после пребывания в других странах. При Хидэтада и Иэмицу гонения достигают апогея. По разным дан-ным, за время гонений в Японии было замучено от нескольких десятков до нескольких сот тысяч христиан. Вдоль проезжих дорог появились бесконечные вереницы крестов. Христиан пытали, распинали, сжигали, заживо зарывали в землю. В 1637 году, доведенные до крайности непосильными налогами, крестьяне острова Кюсю, возглавляемые ронином (самураем, лишившимся своего господина), подняли бунт, известный ныне как Симабарс- кое восстание. Большинство участвовавших в нем крестьян исповедовало христианство, и восстание тут же приняло религиозную окраску. Поддерживаемые ронинами, христиане в течение пяти месяцев удерживали у стен крепости стотысячное сёгунское войско. Сёгуну пришлось прибегнуть к помощи голландцев, разрушивших выстрелами своих корабельных пушек стены твердыни. Практически все население крепости, составлявшее более 37 тыс. человек, было уничтожено (в живых осталось около 100 человек).

Известно, что святитель Николай неодобрительно отзывался об этом восстании, но указывал на мученическую стойкость обманутых своими главарями людей и их любовь ко Христу.

Вскоре после разгрома восстания была введена система обязательной ежегодной регистрации всех японцев в буддийских приходах («домашних храмах»), которая гарантировала непринадлежность членов этих приходов христианской Церкви. Отре-чение требовалось не только от данного лица и членов его семьи, но и от их потомков в третьем и четвертом колене, при этом отречение должно было повторяться ими раз за разом. Архиепископ Антоний (Мельников) пишет о сохранившихся доныне медных иконах Спасителя и Богородицы со стертыми и истоптанными краями. Отрекавшихся понуждали становиться на иконы, но несчастные пытались стоять на их краях.

В 1639 году исповедание христианства в Японии окончательно запрещается. Япония изолирует себя от мира на два с лишним столетия. Сохраняются лишь торговые контакты с протестантской Голландией (судам голландцев разрешен вход в порт Нагасаки), Китаем и Кореей.

Тогда же возникла и японская катакомбная Церковь, открыто заявившая о своем существовании только в 1865 году (в ту пору численность ее составляла около 20 тыс. человек). Катакомб- ники жили главным образом на западе Кюсю, в окрестностях Нагасаки и Симабара. После легализации они отказались от воссоединения с католиками и сохранили собственную иерархию, состоящую из мирян. Известно, что в годы гонений они поклонялись Богородице под видом бодхисатвы Каннон.

«Открытие» Японии и последовавшие за ним падение сёгуна- та и восстановление императорской власти в 1868 году в корне изменили ситуацию. Страна взяла курс «на Запад». В 1873 году антихристианский закон был отменен. В стране появилось мно-жество христианских миссионерских центров. В том же 1873 году японцы перешли с традиционного лунного на григорианский солнечный календарь. Был установлен единый для всей страны выходной день — воскресенье. В 1854 году Япония подписала торговые договоры со США, Англией, Францией и Голландией.

В 1855 году был подписан и договор с Россией, известный как Симодский трактат. В соответствии с ним японское правительство открывало для России три порта: Симода, Хакодате и Нагасаки. В Хакодате было открыто русское консульство. В ту пору население этого города составляло около 6 тыс. жителей.

Первым русским консулом в Хакодате был назначен Иосиф Антонович Гошкевич (1814-1875), личность замечательная во многих отношениях . Он прибыл в Хакодате в третьей декаде сентября 1858 года в сопровождении семьи, морского офицера, врача, священнослужителя (последний по болезни вернулся на родину в год учреждения консульства), четырех слуг и двух слу-жанок.

Еще до прибытия иеромонаха Николая в Японию русское консульство успело построить в Хакодате церковь Воскресения Христова (впоследствии, во время большого хакодатского пожара, эта церковь сгорела, и на ее месте был построен каменный храм). Строил и освящал церковь отец Василий Махов. Болезнь вынудила его уже через год покинуть Японию и вернуться на родину, после чего И. А. Гошкевич и обратился в Синод с просьбой прислать священника с высшим духовным образованием.

Следует заметить, что в эту пору отношение японцев к иностранцам было весьма и весьма недоброжелательным. Навязанные западными странами договоры «о мире» вызывали крайнее неудовольствие у самураев, считавших иностранцев «варварами» и ратовавших за их полное изгнание. Соответственно открытие страны и появление иностранцев способствовали развитию крайней ксенофобии, проявлявшейся порой в открытом насилии. Так, за первое полугодие 1861 года было убито шесть иностранцев. Вооруженные нападения на христиан, в которых японцы видели едва ли не главных своих врагов, происходили в Киото, Эдо и Иокогаме. В Хакодате инцидентов подобного рода не было, однако и к русским японцы относились с ничуть не меньшей, а то и большей подозрительностью, чем к другим иноземцам. Смута, а вместе с ней и антисёгунские настроения усиливались. В 1862 году началась настоящая гражданская война, закончившаяся в 1868 году отставкой сёгуна и созданием императорского правительства. Последним оплотом сил сёгуна волею судеб оказался Хакодате, занятый флотом Эномото. Однако флот этот был разбит императорскими силами уже в мае 1869 года. Император переехал в Эдо, получивший после этого название Тоокёо [Токио], или «Восточная столица». Началась эпоха Мэйдзи — эпоха «Просвещенного Правления».

«Один Господь знает, сколько мне пришлось пережить мучений в эти первые годы. Все три врага: мир, плоть и диавол — со всей силой восстали на меня и по пятам следовали за мной, чтобы повернуть меня в первом же темном, узком месте, и искушения эти были самые законные по виду: "Разве я, как всякий другой человек, создан не для семейной жизни? Разве не можешь в мире блистательно служить Богу и ближним? Разве, наконец, не нужны ныне люди для России более, чем для Японии?" И т. д. Тысячи наговоров выливают тебе в уши, и это каждый день и час, и наяву и во сне, и дома в келье, и на молитве в церкви. Много нужно силы душевной, великое углубление религиозного чувства, чтобы побороть все это».

О проповеди не могло идти и речи, ибо «тогдашние японцы смотрели на иностранцев как на зверей, а на христианство как на злодейскую секту, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи». Помимо прочего, молодой миссионер не знал японского языка и не был знаком с японской религией, историей и культурой. «Приехав в Японию, я, насколько хватало сил, стал изучать здешний язык. Много было потрачено времени и труда, пока я успел присмотреться к этому варварскому языку, положительно труднейшему на свете, так как он состоит из двух: природного японского и китайского, перемешанных между собою, но отнюдь не слившихся в один». «Кое-как научился я наконец говорить по-японски и овладел тем самым простым и легким способом письма, который употребляется для оригинальных и переводных ученых сочинений». Сначала его учил японскому переводчик хакодатского губернатора. По рекомендации последнего иеромонах Николай стал посещать частную школу известного своей редкостной эрудицией Кимура Кэнсая. Там же он занялся изучением истории и литературы Японии, а также буддизма, синтоизма и конфуцианства. Помимо Кимуры Кэнсая, его наставниками были Сага Дзюан и Ниидзима Симэта. На кабинетные занятия ушло восемь лет. Практически все это время он занимался по 14 часов в сутки. Тогда же он стал посещать литературные собрания и языческие храмы. Д. М. Позднеев7 пишет: «Путем постоянного чтения японской литературы и постоянного общения с японцами отец Николай достиг удивительного знания японского разговорного и книжного языка. У него был сильный иностранный акцент, однако это не мешало ему быть понимаемым всеми японцами от мала до велика, богатство словаря и легкость построения фраз давали его речи силу, приводившую в восторг всех японцев... Фразы были краткие, обороты самые неожиданные, но чрезвычайно яркие и сильные».