В Хакодате он вернулся в марте 1871 года. Проповедь Евангелия продолжалась и в его отсутствие. В конце года архимандрит Николай крестил в Сендае одиннадцать человек.
Святитель Николай и священники Японской Православной Церкви. Юбилейное фото в честь 25-летия епископской хиротонии святителя Николая. 11 июля 1906 г.
В 1872 году в Хакодате прибыл иеромонах Анатолий (Тихай), кандидат Киевской Духовной академии . Архимандрит Нико-лай отзывался о нем так: «Лучших помощников я не желал бы!» Он оставляет Хакодатскую церковь на о. Анатолия и 4 февраля 1872 года перебирается в Токио.
ТОКИО
Отец Николай поселился в токийском районе Цукидзи, в котором проживали иностранцы — дипломаты и коммерсанты. «Представьте, например, мою обстановку, хотя это одна из последних мелочей. Жара теперь, Боже, кзквя жара! Перестать работать, конечно, нельзя, не об этом речь; и утром до полудня, и вечером с пяти часов человек 20-30 имеет полное право приходить выслушивать уроки Закона Божия. Но куда приходить? Мое жилище — одна комната на чердаке по точнейшему измерению 11 квадратных футов [?]! Вычтите из этого пространство, занимаемое столами, стульями и подобием сделанного дивана, заменяющего мне кровать; высота — стать в ней во весь рост человеку такого роста (как я) едва возможно. Разочтите, сколько воздуха в таком жилье. И в нем, однако, происходит катехизация 20-ти человек. Сидеть — уже не спрашивайте, как сидеть... К счастью, еще два окошка, одно наискось другого. Если благотворительная природа посылает ветерок, то ничего. А если нет веяния воздуха — духота нестерпимая. Внимание с трудом связывает мысли; самое горло отказывается служить полтора или два часа подряд».
В 1872 году в Японии вновь начинаются гонения на христиан. В феврале в Сендае за принадлежность к христианству было арестовано и допрошено более 120 человек. В Хакодате поводом к гонениям послужил пасхальный перезвон, привлекший в церковь множество любопытствующих, чем не замедлили воспользоваться катехизаторы. Губернатор приказал арестовать всех катехизаторов, уволил с работы чиновников-христиан и закрыл типографию миссии. Савабе, занимавшийся катехизацией в Сендае, и Сакаи, находившийся в это время в Хакодате, вновь оказались в тюрьме. Их освобождение стало возможным только после обращения архимандрита Николая к высокопоставленным правительственным чиновникам Ивакура Томоми и Кидо Такаёси, которые, помимо прочего, известили его о том, что отношение японского правительства к христианству вот-вот должно измениться.
И эти изменения не заставили себя ждать. Уже 10 февраля 1873 года вышел указ, отменявший антихристианские законы.
«Признаки того, что Богу угодно просвещение Японии светом Евангелия, с каждым днем выясняются все более. Взгляните на этот молодой, кипучий народ. Он ли не достоин быть просвещенным светом Евангелия? С каждым днем ко всем миссионерам, в том числе и к русским, приходят новые люди, жаждущие знать о Христе. С каждым днем число новообращенных растет... Господь попустил нас испытать гонение, но неизбежная туча уже пронеслась мимо...»
Вскоре архимандриту Николаю удалось найти участок земли для будущей токийской миссии. Он принадлежал графу Тода и находился на холме Суругадай. 16 сентября (3 сентебря ст. ст.) 1873 года он перебрался на этот участок, открыв здесь школу русского языка и катехизаторскую школу, в которых он сам и преподавал.
На 32 тыс. рублей, собранных среди частных жертвователей адмиралом Е. В. Путятиным, в том же 1873 году было построено двухэтажное здание миссии с домовой церковью, классами и дортуарами (спальными помещениями) школы катехизаторов. На средства О. Е. Путятиной (дочери адмирала Путятина) и графини Орловой-Давыдовой была открыта женская школа на 100 учениц.
В катехизаторское училище принимали мужчин в возрасте от 18 до 60 лет, которые должны были представить рекомендацию и ручательство местных катехизаторов.
В Женском духовном училище изучались Закон Божий, арифметика, японская и всеобщая история, китайский, японский и русский языки, каллиграфия, рукоделие и шитье.
Тогда же была учреждена и Семинария (Сэйкё сингакко). Первоначально она размещалась в нескольких специально при-обретенных архимандритом Николаем домиках. Первый выпуск состоялся в 1882 году.
Программа была примерно такой же, что и в русских духовных семинариях, с той разницей, что здесь не преподавались классические языки. Преподавание велось на японском, однако при этом обращалось особое внимание на изучение русского языка. Поступать в семинарию могли юноши и мужчины в возрасте от 14 до 60 лет. Обучение продолжалось семь лет. Кроме богословских предметов в курс семинарии входили русский и китайский языки (при этом изучалась и классическая китайская литература), алгебра, геометрия, география, китайско-японское письмо, история (всеобщая, японская и российская), психология и история философии. Сам отец Николай в течение многих лет преподавал в семинарии догматическое богословие и всеобщую гражданскую историю.
Большинство поступающих в семинарию не были христианами. После окончания четвертого класса они должны были крес-титься или же покинуть семинарию и продолжить свое обучение в другом учебном заведении. С пятого класса студентам семинарии вменялось в обязанность ходить в свободное время по частным домам с проповедью христианства. Младшие же классы в значительной степени носили характер общеобразовательной школы, которая, помимо прочего, давала студентам возможность познакомиться с русской культурой. Об уровне и качестве преподавания в семинарии говорит хотя бы то обстоятельство, что министр иностранных дел Японии Соэдзима Танэоми отдал на обучение и своего сына, и двоих племянников. Воспитанниками Токийской семинарии были доктор Сато Сесуке, ректор университета на острове Хоккайдо, Абэ Хироси, губернатор Токио, Андо Кенсуке, городской глава Иокогамы, министр Като Масуо, дипломат Омаэ Тайдзо и многие другие .
Среди приглашенных из России преподавателей были о. Гавриил (Гаев), о. Владимир (Соколовский), о. Гедеон (Покровский), о. Сергий (Глебов), о. Сергий (Страгородский). В 1897 году семинария перешла в новое трехэтажное каменное здание, построенное на личные средства наследника российского престола, будущего императора Николая II, Царя Мученика.
В миссии были образованы пять отделов: переводческий, издательский, семинария, женская школа, школа для катехизаторов. Кроме того, при миссии существовали детский приют, иконописная мастерская, миссийский хор и библиотека.
Число обращенных непрерывно возрастало. С 1874 года в день святых первоверховных апостолов Петра и Павла стали созываться поместные соборы Японской церкви, в которых принимали участие главным образом миряне . На соборы допускались без права голоса все желающие, в том числе и язычники. Голосование на этих соборах всегда было закрытым. Проводилось два собора: большой — с участием мирян, представляющих различные общины, и малый, в котором участвовали только священнослужители, — на последнем рассматривались прошения, заявления, вопросы церковного управления и намечались кандидаты в священники.
12 июня 1875 года архимандрит Николай предложил сорока катехизаторам выбрать кандидатов для рукоположения. Было названо три имени, однако согласие на хиротонию дал только один из них — Павел Савабе. Бывший жрец и стал первым православным священником-японцем, друг же его Иоанн Сакаи был посвящен во диакона. Рукополагал их специально прибывший для этого в Хакодате начальник Камчатской миссии епископ Павел. В 1878 году тот же епископ Павел рукоположил диакона Иоанна Сакаи и четверых других кандидатов во священники. Хиротония состоялась во Владивостоке. Теперь среди самих японцев было 6 священников, 27 катехизаторов и 50 помощников катехизатора.
Церковь продолжала расти. В 1878 году начальник миссии поднял вопрос о назначении в Японию епископа. Святейший Синод нашел таковое назначение не только возможным, но и необходимым. По телеграфу пришел запрос о согласии архимандрита Николая быть епископом. Он ответил: «Если из России не может быть назначен епископ, я согласен». Таким образом, ему пришлось вновь отправиться в Россию.