Душа о. Николая уже была полностью отдана японской миссии, и, таким образом, уже к тому моменту он был «Николаем Японским».

В апреле 1906 года о. Николай был возведен в сан архиепископа, а 6 лет спустя, 16 февраля 1912 года скончался в возрасте 75 лет на территории Миссии в Токио. Борясь в последние годы жизни со страданиями, причиняемыми сердечной болезнью и астмой, он до самой смерти занимался переводом и редактированием богослужебных книг и даже в день своей смерти давал своему преемнику епископу Сергию (Тихомирову) последние инструкции по ведению миссийских дел.

Перед его кончиной, в 1911 году, православие в Японии насчитывало 31 984 верующих, 265 приходов, 41 священника, 15 хоровых регентов, 121 катехизатора. Единое пшеничное зерно дало плод многий.

В 1970 году, через 58 лет после кончины, о. Николай был прославлен Русской Православной Церковью в лике святых с наименованием «равноапостольный».

Дальнейшая судьба основанной о. Николаем Японской Православной Церкви сложилась непросто: после кончины своего основателя ее одна за другой начали захлестывать волны различных несчастий.

Наиболее серьезный удар от русской революции 1917 года в Японии как непосредственно связанная с Россией испытала на себе именно Японская Православная Церковь — и шок от этого удара был не из тех, что быстро проходят. А в 1923 году, словно вдогонку, произошло другое несчастие: Великое кантосское землетрясение нанесло серьезнейший ущерб Собору Воскресения Христова в Токио (широко известному под названием «Николай–до» — «храм Николая»), восстановление которого потребовало долгого времени и больших трудов как священнослужителей, так и верующих Японской Церкви.

После этого Церковь вынуждена была страдать от преследований со стороны поднявшего голову японского милитаризма.

После Второй мировой войны на волне времени и при поддержке зарубежных миссий в Японии активизировалось христианство, пришедшее из Америки и Западной Европы, но в Японской Православной Церкви, которая была оторвана от Русской Матери–Церкви, такого «возрождения» не произошло. Наверное, можно сказать, что проблему взаимоотношений между церковью и международной политикой в Японии наиболее остро на своем опыте прочувствовала именно эта маленькая Церковь. Размышляя о проблеме восприятия японцами гигантского социально–политического разрыва, происшедшего при переходе от Царской России к Советскому Союзу, также нельзя игнорировать опыт Православной Церкви в Японии.

Святитель о. Николай иногда отправлялся в поездки по местным приходам. Естественно, что, занимаясь миссионерской деятельностью в Японии целых 50 лет, он объездил всю страну. В своих Дневниках он подробно записывает состояние каждого прихода — от количества прихожан до таких деталей, как состав семей верующих, размер средств, необходимых для постройки храма, и т. д.

Он также описывает виды природы, рек и гор, которые встречались по дороге, впечатления о том, насколько бедный или богатый поселок или село, где он побывал, какая прослойка там больше — самурайского дворянства или простого народа, какая промышленность есть в той или иной местности, как ведутся сельскохозяйственные работы в деревне. Путевые заметки о. Николая можно назвать также своего рода полевыми записями о состоянии японской деревни в эпоху Мэйдзи.

Например, во время посещения района Цугару он записывает в своем Дневнике: «Местность бедная; кто мечтает о чистоте японских жилищ, будто бы повсюдной, пусть приедет сюда и посмотрит, в каких грязных соломенных лачугах живет бедный японский люд, по крайней мере, в Цунгарской области» (5/17 мая 1893 года). Надо сказать, что в эпоху Мэйдзи было не так много иностранцев, которые настолько хорошо знали японскую деревню.

Много записей и о гостиницах, в которых о. Николай останавливался в дороге. Например, в путевых заметках во время объезда района Дзёсю весной 1881 года он пишет следующее: «Один из везших меня ямщиков, пробежав 10 ри и не переставая бежать, пред Кумагая, стал вслух восхищаться горами направо! Как тут не сказать, что японцы — народ, расположенный к поэзии и мягким чувствам! В Кумагая добрались еще засветло, но остановились на ночлег, так как дальше нет хороших мест для ночлега, а до Маебаси нельзя сегодня добраться. В гостинице прямо объявили, что с иностранца за ночлег 50 сен. Комната порядочная; дали теплой воды вымыть голову. Ама [Амма?] мущины и женщины три раза уже приходили набиваться своим искусством. Спать хочется; но заснуть едва ли скоро придется, так как кругом гомон и шум» (7/ 19 мая 1881 года).

В путевом дневнике во время поездки по Тохоку в июне того же 1881 года есть подробная запись о производстве лака около города Фукуока в Иватэ — сколько его добывается, какова его стоимость, как ухаживают за деревьями. «Закупщики лака приходят из Эцинго и откупают деревья совсем», — пишет о. Николай (4/16 июня 1881 года). Он также подробно фиксирует свои наблюдения о разведении шелковичного червя в Дзёсю — как и каких видов производится шелковая нить, куда она продается, каковы условия труда работниц фабрики (15/27 июня 1881 года).

Похоже, о. Николай любил осматривать различные места производства — в его путевом дневнике часто встречаются описания впечатлений от посещения заводов по изготовлению соевой пасты «мисо», соевого соуса, соли, рыбных консервов, керамики и т. д.

А когда он находился на своем рабочем месте в Токийской Миссии, к нему каждый день приходили со всей страны письма с рапортами и просьбами от священников, катехизаторов, верующих. «Вчера пришло еще письмо из Акита, деревни Оою, от христианина Тимофея Циба, тоже с просьбою посодействовать искоренению ужасного обычая давить новорожденных и бросать в реку. Сегодня посланы письма к нему и к Ефрему Ямазаки с укорами и убеждениями. Авось, даст Бог, хоть у християн–то не будет этого» (13/25 января 1882 года).

Таким образом, и находясь в Токио, о. Николай через священников и катехизаторов из местных приходов постоянно соприкасался с жизненными реалиями японской провинции. Поэтому его Дневники являются ценным материалом по истории не только Японской Православной Церкви, но и различных областей Японии.

Особенное впечатление в поездках по местным приходам производит то, как о. Николай обращает особенное внимание на верующих, способных к пению, и даже в самой захолустной общине ревностно старается повысить уровень исполнения церковных песнопений.

«Поет одна Раиса, девочка, бывшая несколько лет в Хакодатской Миссийской школе, дочь о. Николая — врача, кажется, жившего в Хакодате, и поет превосходно и смело; голос у нее также отличный. Наказывал ей научить и других, способных петь» (29 мая/10 июня 1881 года).

О. Николай также очень чутко реагирует на качество исполнения песнопений.

«Поют 3–е: Иоанн Кон и 2 девочки, учившиеся пению от Василия Такеда. Девочки поют хорошо, Кон же до того дурно, что во время богослужения я должен был попросить его перестать петь и удовольствоваться одним чтением; читает же он хорошо» (13/25 июня 1881 года).

«Вечером было много катехизаторских писем; везде помаленьку дело идет вперед. Больше и больше открывается потребность в учителях пения; Роман Цибауслан на север, Яков Маедако — на юг, в приход о. Павла Таде, оттуда должен в Оосака, а пения и сам–то путем не знает; в Преображенской же Церкви слепец Александр Комагай обучает, и тому везде рады» (20 января/1 февраля 1882 года).

Развитие проповеди означало также увеличение количества людей, способных исполнять церковные песнопения.