О. Николай был, пожалуй, единственным христианским миссионером, обладавшим в эпоху Мэйдзи таким глубоким пониманием Японии.

Существует еще один важный момент: о. Николай был все–таки русским миссионером и, в отличие от протестантских и католических миссионеров из Европы и Америки, принадлежал к миру православия, которое еще сохранило в себе действительную религиозную сущность. Христианская вера, которую он проповедовал, вероятно, была близка «японскому духу» эпохи Мэйдзи с его остатками средневекового мироощущения.

«Японцы, кажется, и обнаруживают наклонность именно к православию. Не нравится им гнет католичества. […] Не нравится японцам и протестантство. Протестантство, давая лишь библию в руки, но предоставляя каждому понимать ее как угодно, не может удовлетворить их религиозной жажды», — пишет о. Николай (Япония и Россия. — Древняя и новая Россия, ноябрь 1879 г.).

Как русский человек, приехавший в Японию уже в зрелом возрасте, о. Николай, естественно, делает о Японии различные наблюдения и сравнивает ее с Россией. Например, в работе «Япония с точки зрения христианской миссии» (1869) он пишет, что Япония — не страна «восточной тупости и неподвижности», как ее представляют в России; что в Японии не наблюдается «абсолютный деспотизм сверху и безответное раболепство снизу, невежество, отупение и вместе с тем невозмутимое самодовольство и гордость»; что «деспотами, в том смысле, какой мы привыкли соединять с этим словом, [японские] императоры никогда не были»; что «образование здесь разлито почти равномерно по всем слоям народа» и т. д., предлагая таким образом свои представляющие большой интерес наблюдения о Японии в сравнении с Россией.

В другом месте, узнав в процессе изучения японской истории, что с эпохи Муромати фактическая власть перешла от императоров к сёгунам, о. Николай, словно обнаружив что–то редкое и необычное, пишет: «Япония, не задумываясь долго, создала себе новую форму правления. Вышло нечто очень оригинальное: император, по–видимому, продолжал быть тем же императором; титулы и почести на словах и в книгах остались за ним, но власть перешла к более живым и сильным деятелям — сёогунам» («Япония с точки зрения христианской миссии»),

В дневниковых записях также часто встречаются сравнения Японии с Россией. Так, во время поездки по Дзёсю о. Николай сравнивает японских соловьев со своими родными, причем в пользу последних: «По окраине дороги — внизу, в мочевине [1], много тальника, любимое местопребывание для соловьев, и сколько же зато их здесь! Жаль только, что они не так хорошо поют, как наши, например курские», — или, сравнивая японских и русских ямщиков, пишет, что в Японии они «не такие нахальные» (7/19 мая 1881 года).

Делал он и крупномасштабные сравнения Японии и России. Например, точка зрения о. Николая, изложенная в Дневнике от 20 мая/2 июня 1905 года, где он сопоставляет морскую державу Японию и континентальную державу Россию, представляет большой интерес и сегодня.

Особенно часто о. Николай выделяет по сравнению с русскими такую особенность японцев, как их законопослушность. Во время русско–японской войны японское правительство приняло решение охранять Православную Церковь и о. Николая, для чего в токийской Миссии (Николай–до) постоянно дежурили полицейские и жандармы. Охрана была устроена чрезвычайно серьезно и простиралась до самых мелочей. Часто действия охраны казались о. Николаю проявлением чрезмерной приверженности правилам, упрямым нежеланием отступить от них ни на йоту. Он даже писал с некоторым негодованием: «Формалисты эти японцы!» Однако в то же время и ценил японскую приверженность правилам и законам: «Но это же и хорошая черта их и сила их: закон они исполняют точно и аккуратно. Сёогунство своим строгим режимом так воспитало японцев» (4/17 февраля 1904 года).

О. Николай, приехавший в Японию в конце эпохи сёгуната, чувствовал преемственность между эпохами Эдо и Мэйдзи и знал, что основы социального поведения и характера японцев были сформированы именно в эпоху Эдо. А как в этом отношении обстояло дело с Россией? Вот что о. Николай пишет по этому поводу: «Здесь [в Японии] закон и правило царят. В России не закон, а „усмотрение”» (19 июля/1 августа 1905 года).

Русско–японская война стала для о. Николая и для Японской Православной Церкви периода Мэйдзи величайшим бедствием. В то время как все сотрудники русской дипломатической миссии в связи в началом войны вернулись на родину, о. Николай один остался в Токио. Он продолжал без устали работать — стоять у руля молодой Японской Церкви для того, чтобы сохранить ее и не дать потерять японским верующим присутствие духа, — а также трудиться для «религиозного утешения» русских военнопленных, в большом количестве попадавших в Японию с поля битвы (окончательное их число превысило 70 тысяч человек).

Во время этой войны о. Николай делает дневниковые записи, не пропуская почти ни одного дня, и дневники этого периода можно назвать, наверное, самой интересной и примечательной частью из всего текста его Дневников.

В период русско–японской войны японское правительство заняло официальную позицию, признающую, что война не имеет отношения к религии, и приняло решение оградить Японскую Православную Церковь от водоворота войны. Для этого японская полиция приступила к охране Православной Миссии на Суругадае. Но даже несмотря на это православные японцы подвергались упрекам и нападкам со стороны своих обычных сограждан — «по всей стране на православных христиан часто возникали гонения». Православные верующие, по причине принадлежности к «русскому христианству», подвергались со стороны соседей остракизму, разрушению домов и имущества и другим преследованиям.

«Местные организовали против верующих своего рода союз и отказывают им в торговых и прочих сделках»; «в начальной школе дети верующих подверглись со стороны других учеников избиениям, в результате чего один из них стал глухим»; «хулиганы в количестве 3040 человек, напав на дом [православного] катехизатора, начали беспорядочно бросать камни и черепицу, сломали двери и перегородки и ворвались внутрь» — эти и подобные происшествия происходили одно за другим. Газеты же «по распоряжению полиции писали об этих событиях лишь в опровержительных тонах». Православные в Кусиро для того, чтобы «откупиться» от окружающих, вынуждены были отдать своих лошадей, которые были очень нужны им самим, на военные нужды. Бывали также случаи, когда опрокидывали все до одного могильные камни на православных кладбищах.

Страдания японских христиан причиняли воспитавшему их о. Николаю сильную душевную боль. Слушая рассказы о гонениях на верующих в разных уголках Японии, он каждый раз приходил в такое негодование, как будто мучили его собственное дитя. А когда приходило известие о смерти на поле боя японского юноши, преподававшего в семинарии, он погружался в глубокую печаль и молился о упокоении его души. Душа о. Николая слилась воедино с душами японских христиан.

Однако в то же время о. Николай каждый день слышит новости о поражениях русской армии, и ему, как русскому человеку, не дают покоя патриотические чувства.

«Какое горе, какое великое горе! Красота и сила русского флота — Макаров, потонул!» (2/15 апреля 1904 года).

«Несчастная эта война с мыслей не идет, ко всему примешивается и все портит; знать, патриотизм такое же естественное чувство человека, как сознание своего ,,я“» (4/17 августа 1904 года).

«Сложная моя печаль. […] Любезные мои японцы торжествуют; но, как я ни люблю их, на этот раз не с ними: Отечество милей и дороже; и крайне печально, что не Отечество бьет японцев, а они нас» (5/18 апреля 1904 года).

Сердце о. Николая, любившее и Японию, и Россию, из–за русско–японской войны страдало и разрывалось надвое.