Боевую рубку для большей неуязвимости уже в ходе постройки решили вместо эллиптической сделать круглой (внутренним диаметром 1,37 м), а бронирование усилить с 89 до 1 14 мм.

Несмотря на возрастающую перегрузку, 25,4-мм бронирование верхней палубы распространили и на. оконечности; крышки машинных люков снабдили усиленным набором, а их толщину с 25.4 увеличили до 37 мм.

Принципиально новым решением явилась принятая затем броневая защита дымоходов, во избежание повреждений котлов осколками снарядов. С этой целью дымовую трубу на "Смерче" обнесли кожухом из четырех плит толщиной 25,4 мм и высотой 1,22 м от верхней палубы. Для возможности съемки с якоря под огнем противника шпиль на палубе заменили брашпилем, с проводкой цепи с верхней палубы.

По предложению контр-адмирала Г.И. Бутакова усовершенствовали и подачу снарядов к орудиям, применив для этого тельферное устройство, подвешенное к крыше башни, благодаря чему с подачей снаряда мог справляться один человек. Новшеством на корабле стали и телескопические мачты системы Кольза.

11 июня 1864 г. "Смерч" спустили на воду, а уже 5 сентября, готовый к плаванию, он начал кампанию, подняв Андреевский флаг и вымпел. 2 октября корабль покинул верфь и, преодолев бар Невы, вместе с мониторами "Стрелец" и "Единорог" пришел в Кронштадт. Испытания корабля пришлось отложить из-за необходимости замены в доке поврежденной лопасти гребного винта и поломки зубьев чугунных шестерен для вращения башен.

По предложению начальника броненосной эскадры контр-адмирала И.Ф. Лихачева переделали уже установленную боевую рубку так, чтобы ее визирные отверстия обеспечивали командиру круговой обзор поверх башен. Прежняя высота рубки, принятая в проекте на уровне башен по примеру "Рольф Краке", несмотря на неоднократные обсуждения конструкции и ее изменения, ни у кого замечаний не вызвала. Эта элементарная, казалось бы, ошибка — наглядный пример трудности решения многих вопросов в новом деле броненосного судостроения. На изменении конструкции рубки настаивал именно И.Ф. Лихачев — организатор броненосной эскадры, талантливый новатор флота.

После завершения отделочных работ в Кронштадте "Смерч" 31 мая 1865 г. приступил к ходовым испытаниям, длившимся до 5 июня. При осадке носом 2,97 и кормой 3,15 м, частоте вращения винтов 100–116 об/ мин суммарная индикаторная мощность машин составила 800 л.с., а скорость — около 8,3 узлов.

Первое плавание с эскадрой оказалось непродолжительным. 23 июля 1865 г. "Смерч", следуя финляндскими шхерами между островами Спаргольм и Стокгольм, ударился о необозначенный на карте подводный риф. Несмотря на немедленно задраенные двери носовой водонепроницаемой переборки, вода быстро распространилась по вентиляционным трубам, клапаны которых или оказались недостаточно надежными, или неплотно закрытыми.

Водоотливные средства не смогли справиться с поступавшей водой. Умело подведенный пластырь из обыкновенного паруса мог бы спасти корабль, но эскадра, как и все флоты мира, продолжавшие и после этого случая терять корабли даже от незначительных пробоин, еще не знала этого простого и надежного средства.

Благодаря наличию переборок "Смерч" продержался на воде два часа, однако его гибель послужила грозным предупреждением флоту и потребовала нового подхода к обеспечению кораблей средствами борьбы за живучесть и необходимости настойчивого обучения экипажей методам этой борьбы. Лишь приход на эскадру мичмана С.О. Макарова положил начало разработке учения о непотопляемости корабля.

20 августа 1865 г. "Смерч" подняли, применяя впервые мягкие резиновые понтоны, разработанные А.Ф. Александровским — создателем испытывавшейся в те годы в Кронштадте первой отечественной подводной лодки с механическим (пневматическим) двигателем.

Опыт проектирования и постройки "Смерча" еще раз успешно проявился в 1866 г. при конструировании башен для других аналогичных кораблей.

Непрекращавшиеся в Англии нападки прессы на башни системы Кольза смутили даже генерал-адмирала Константина, отдавшего приказ о разработке доморощенной башни "на штырь". В этой конструкции основная тяжесть башни передавалась на раскрепленный под ней штырь, служивший для предупреждения смещения башни в катках. Но участие в проектных работах самого Кольза и авторитетное мнение адмирала Г.И. Бутакова, позволили усовершенствовать систему катков и ''вращательного аппарата" и не возвращаться к башням Эриксона.

Восстановленный "Смерч" вошел в состав броненосной эскадры под командованием вице-адмирала Г.И. Бутакова. В те годы она стала подлинной школой новой тактики возрождавшегося после Крымской войны на базе качественно новой техники русского флота, школой передового опыта нового броненосного судостроения, кузницей кадров, полигоном для испытания новейшей техники.

В напряженных морских учениях и походах под руководством замечательных адмиралов — организатора эскадры И.Ф. Лихачева и создателя "Новых оснований пароходной тактики" Г.И. Бутакова, корабли и флот в целом неуклонно наращивали боевую мощь, а экипажи учились наилучшим образом использовать боевые и технические возможности своих кораблей. Все это не замедлило сказаться на усилении военно-морской мощи России, о которой герой гражданской войны в США адмирал Д. Фаррагут заявил: "русский флот в короткий срок достиг такой силы, что ему некого теперь опасаться".

Единственная на флоте двухбашенная броненосная лодка "Смерч" — наиболее совершенная и перспективная из входивших в состав эскадры кораблей — занимала передовое место и в учениях и в плаваниях. Отличным примером изыскания технических резервов корабля стало использование на "Смерче" вспомогательного котла для питания паром главной машины, благодаря чему, как отмечал Г.И. Бутаков в приказе по эскадре, корабль обгонял даже большие броненосцы.

Вооружение корабля вместо первоначально установленных по проекту бомбовых 196-мм гладкоствольных пушек (по две в башне) в 1867 г. заменили первыми в русском флоте, заряжающимися с казенной части нарезными орудиями 203-мм калибра. Эти орудия заказали фирме Круп-па в Германии.

Из 26 орудий, распределенных на фрегаты "Севастополь". "Ослябя" и батарею "Не тронь меня", два предназначались "Смерчу". С этими орудиями (вызвавшими значительную переделку станков и башен, включая и прорезание амбразуры по ее центру, а затем, по предложению Г.И. Бутакова. и отверстий диаметром 89 мм в противоположной стене башни для использования банника) корабль плавал до 1870 г., когда их заменили новыми, освоенными Обуховским заводом орудиями образца 1867 г. калибром 229 мм (120 снарядов па орудие).

В 70-е годы XIX в. "Смерч", имея еще достаточное боевое значение, должен был войти в состав обороны подступов к Кронштадту. Для защиты от миноносцев на корабле установили 16-мм картечницу Гатлинга и 44-мм скорострельную пушку Энгстрема, В 1882 г. на корабле установили новые котлы, изготовленные Кронштадтским пароходным заводом, а в 1889 г. заменили часть сильно изношенных листов днища.

Переклассифицированный в 1892 г. в броненосец береговой обороны, корабль продолжал свою службу в составе учебных отрядов флота. К прежним 229-мм орудиям добавили четыре 87-мм пушки образца 1867 г. и четыре 37-мм револьверные пушки. Скорость корабля к тому времени не превышала 6,5 уз.

В 1894 г. корабль исключили из списков флота и разоружили. Корпус его, несмотря на износ, находился в удовлетворительном состоянии и в 1909 г. Его использовали в качестве блокшива (блокшив № 2). В годы первой мировой войны корабль использовался как плавучий склад мин заграждения (до 650 шт.). В апреле 1918 г. из-за невозможности перехода во льдах "Смерч" оказался интернированным в Гельсингфорсе, а в мае 1918 г. в составе последнего отряда советских кораблей перешел в Кронштадт и еще около 30 лет продолжал служить флоту в качестве блокшива (с 1924 г. под № 3. с 1932 г. — № 1).