Налбандян ставит в центр внимания философию человека: «Человек является и творцом и предметом философии… Человек изучает философию и сам же является предметом изучения» (там же). Это сближает армянского мыслителя с Фейербахом. Однако Фейербах рассматривает человека лишь как чувственно-конкретное биологическое существо, когда же он рассуждает о нем как о социальном существе, человек превращается у него в некую абстракцию. В отличие от Фейербаха, Налбандян включил общественное бытие в философское учение о человеке. Он понял ограниченность чисто биологического истолкования психического, сознания. Обнаружив, что моральные нормы, моральные убеждения и понятия нельзя выводить из физиологии, из биологических свойств человека, он приходит к мысли, что их источником является социальная жизнь, сложившиеся в обществе социальнополитические отношения. Правда, мысль о первичности общественного бытия и вторичности общественного сознания не была у него четко оформлена терминологически и не получила дальнейшей углубленной разработки.

Враг застоя, революционер, требующий изменения жизни на демократических основах, Налбандян естественно и закономерно тянулся к диалектике. Интерес к диалектике чувствуется уже в самых ранних его произведениях, написанных еще с идеалистических позиций, таких как, например, «Речь об армянской словесности». Характерно также его письмо к А. Гёкчяну, написанное 12 мая 1855 г. В этом письме он говорит об изменчивости вещей, о текучести их форм, о связи общего и отдельного как всеобщем законе действительности. Без изменения положения вещей, говорит он, природа лишилась бы живительной силы (см. там же, 619). Это первое высказывание Налбандяна в духе диалектики.

В статье «Замечания» (1858) Налбандян пишет, что жизнь природы и общества есть непрерывное движение (см. там же, 151). Это уже общее положение, а не просто отдельное высказывание. Оно составляет суть системы взглядов Налбандяна. Он исходит из того, что принципом природы является движение. Если природа находится в движении, то в ней не может быть ни окостенелых форм, ни раз навсегда данного содержания. Явления, предметы, изменяясь, переходят друг в друга. Следовательно, природа есть нечто целое, где существует связь между отдельными вещами, где частное, отдельное и общее взаимосвязаны, составляют одну общую цепь. «…В природе, — отмечает Налбандян, — все подвержено изменению, разлагаются организмы, уничтожаются составляющие их элементы… которые не исчезают, а, связанные по законам природы, постепенно меняют свой облик…» (там же, 570). Жизнь в сущности своей есть движение, а движение внутренне противоречиво, представляет собой борьбу противоположных тенденций. Жизнь как биологическая форма движения основана на двух противоположных явлениях — ассимиляции и диссимиляции. Организм непрерывно усваивает и выделяет вещество, и только благодаря этому единству противоположностей он существует и развивается. Как только прекращается этот единый процесс, прекращается и жизнь.

Опираясь на Ж. Ламарка, Ж. Сент-Илера, К. Рулье, Ч. Дарвина, Налбандян по-своему формулирует основное противоречие развития биологических организмов — взаимодействие изменчивости и наследственности, борьбу организма и среды: «Жизнь есть непрерывное изменение, непрерывный обмен веществ и самосохранение. Внешние силы (грубо говоря) действуют в отношении наследственности, самосохранения организма разрушительно. Организм находится в непрерывном изменении — усваивает и выделяет вещество и развивается. Пока он может совершать эти действия, имеет в себе силу и мощь противостоять этому действию внешних разрушительных сил и противостоит этим силам, он сохраняет свою особь — живет» (там же, 438). Вопрос о механизме наследственности Налбандян специально не рассматривал, но он исходил из того, что наследственность есть результат глубоких, еще не раскрытых наукой химико-физиологических процессов.

Всеобщий характер борьбы противоположностей Налбандян видит и в жизни общества. «Во все времена новый порядок вел войну против старого порядка, свет — против тьмы, добродетель — против порока, правда — против лжи» (там же, 283), — пишет он в «Дневнике». Эту мысль Налбандян развивает в своей программной статье «Замечания». «Спор и война, — утверждает он, — неотъемлемая собственность человечества…» (там же, 153). Конкретизируя это положение применительно к состоянию современного ему армянского общества, Налбандян продолжает: «В нашем народе имеются теперь различные точки зрения и направления; имеются, следовательно, различные знамена, идет борьба. Было бы странно отрицать это, странно было бы также желать какого-то объединения борющихся между собой лагерей. Это было бы вредно для нашего народа… Для сближения противоположных лагерей не следует приносить в жертву убеждения… Да будет благословенна борьба, да будет она сильна, беспощадна… Подлинное следствие истины — разделение; должен быть раскол, чтобы выявились избранные. Вино, пока оно не перебродит, — не прояснится» (там же, 154). Здесь ярко выражена важная мысль о том, что для объединения различных общественных сил в борьбе против общего врага (в данном случае в интересах национально-освободительного движения), необходимо прежде размежеваться.

Признаком научно-философского подхода к жизни общества Налбандян считает рассмотрение ее как борьбы нового и старого, борьбы, где неизбежно побеждает новое, которое и надо пестовать и растить. О неизбежности победы нового говорит исторический опыт прошлого — борьба науки со средневековым мракобесием. «То европейское просвещение, к которому ныне… может приобщиться любой член человечества, Европа приобрела ценою крови. Полвека с юной святой силой… воевало оно против лишения своих прав с могучей старухой, мрачных воинов которой было больше, чем сынов просвещения» (там же, 173–174). Налбандян оптимистически оценивает исторические перспективы человечества. Он видит необходимость и неизбежность победы демократии над крепостничеством, народа над самодержавием. Непосредственно после поражения революционного движения 1861 г. Налбандян предвещал его неизбежную победу в будущем. Эти диалектические идеи и определили революционно-демократические позиции армянского мыслителя. «Еще задолго до того, как взять в руки перо, — писал он, — мы знали…что старые умы никогда не согласятся мирно уступить место новым идеям… новое только в борьбе водрузит свое знамя на развалинах старого» (там же, 361). Жизнь политического борца постоянно убеждала его в справедливости этого положения диалектики.

Анализируя процесс развития языка, Налбандян отмечает диалектический характер взаимодействия старого и нового: старое не отбрасывается целиком, не разрушается, оно наследуется новым. Идею диалектического отрицания он применяет, как было показано выше, и к философскому наследию.

В философских размышлениях Налбандяна важное место занимает исследование связи качественных и количественных изменений. Опираясь на данные естествознания и истории, он показывает, что развитие происходит на основе количественных изменений, которые ведут к качественным изменениям. Налбандян выступает против механистического, чисто количественного понимания изменения. Целое, пишет он, состоит из частей, но оно не есть простая сумма частей. При соединении элементов возникает нечто такое, что совершенно отсутствует в соединяемых частях. Эту закономерность Налбандян поясняет на примере химических соединений. Аналогичную закономерность он отмечает и в обществе. Так, в нации миллионы людей теряют свои индивидуальные особенности и живут общей, национальной жизнью. В истории человечества, пишет Налбандян, с момента образования нации началась новая эпоха в жизни миллионов людей.

Налбандян подчеркивает сложный, противоречивый характер развития, моменты отступления назад в поступательном ходе истории. «Жизнь — текучее явление… она то теряет свое первоначальное направление, то получает новое направление, то переживает застой, то развивается с невообразимой быстротой. Бывали периоды, когда человек, прожив столетие, не проходил и однодневного пути, но бывало и так, что он в течение дня перешагивал через столетие» (там же, 459–460). В этом вопросе Налбандян непосредственно следует за Н. Г. Чернышевским.