24 октября 1847 года Хуарес официально вступил в должность губернатора Оахаки. Время было тревожное. Американские оккупанты захватили почти половину территории страны. Их войска бесчинствовали в столице. Вашингтон требовал от безвольного правительства Пенья-и-Пеньи, находившегося в городе Керетаро, согласия на отход к США всех северных районов Мексики, угрожая в противном случае вообще стереть Мексику с карты, заменив ее опереточной республикой Сьерра-Мадры, которой управлял бы американский проконсул.
События наложили свой отпечаток на речь Хуареса, которую он произнес при вступлении на пост губернатора Оахаки. Это первое большое известное нам публичное выступление Хуареса. В отличие от других современных ему политических деятелей, блиставших своим красноречием, часто бессодержательным и пустопорожним, Хуарес, как и большинство индейцев, был чрезвычайно скуп на слова и редко выступал с публичными речами. В национальном конгрессе депутаты за такую молчаливость даже прозвали его сфинксом.
О чем же говорил Хуарес, вступая на должность губернатора Оахаки? В первую очередь об ответственности государственного деятеля за судьбы его страны: — «Когда жестокий захватчик оккупирует столицу республики и угрожает нам завоеванием всей нашей страны, первая должность в штате является не чем иным, как тяжким бременем. Тот, кто его несет, находится в непосредственной опасности. Оно не сулит ничего, кроме забот, изнурительного труда и страданий. Учитывая это, я не колеблясь предстаю перед вами, готовый выполнить свой долг и встретить все испытания, уготовленные мне судьбой».
Хуарес обещал стоять на страже демократических свобод, однако реакционеров-мятежников он пригрозил наказывать со всей строгостью закона.
«Мы, — говорил Хуарес, — являемся свидетелями страданий нашей родины, которой грозит гибель. Родина взывает к нашей помощи. Напряжем же все наши силы, мы еще можем ее спасти. Может, однако, случиться так, что по неисповедимой воле божественного провидения наша родина будет вычеркнута из списка свободных наций. Тогда давайте работать так, чтобы в случае нашей гибели под ее руинами будущие поколения с гордостью вспоминали нас».
Это были искренние, лишенные ложного пафоса слова патриота, верившего в правоту своего дела и готового погибнуть за него, но не сдаться врагу, не склонить перед ним колени.
Назначение, а потом избрание Хуареса губернатором штата Оахака не могли не привлечь к себе внимания мексиканской общественности. Впервые чистокровный индеец занимал столь высокий пост в республике. Консерваторы, унаследовавшие от испанских колонизаторов чувство презрения к закабаленным ими индейцам, которых они считали низшими существами, были возмущены. Но зато в лагере левых либералов назначение Хуареса было встречено с одобрением и вызвало большой подъем. Хуарес зарекомендовал себя, участвуя в работе парламента в столице, как стойкий патриот, демократ и противник церковного засилия. А то, что он был индейцем, только радовало левых. Ведь индейцы составляли подавляющее большинство населения Мексики, и левые пытались приобщить их к политической борьбе с реакцией. Хуарес выступал как бы символом политического пробуждения индейцев. Сам Хуарес никогда не противопоставлял себя метисам, креолам или европейцам. Он считал себя мексиканцем и делил людей не по цвету кожи или национальному признаку, а по их политическим взглядам, по их отношению к насущным проблемам Мексики.
Вступление Хуареса на пост губернатора вызвало радостное оживление в его родном селении Сан-Пабло-Гелатао. Здесь все его хорошо помнили и внимательно следили за его успехами. Неоднократно жители Гелатао обращались к нему за советом и помощью и всегда находили поддержку. На церемонию вступления Хуареса в должность губернатора прибыла большая делегация его односельчан — сапотеков из Гелатао. Они, соблюдая древнюю традицию, привезли ему в дар скромные продукты своего труда — кукурузу, фрукты, овощи, цыплят. Хуарес их принял как братьев, разместил у себя дома, обещал выстроить школу в Гелатао, что он вскоре выполнил.
Отвечая на приветствия индейцев, Хуарес сказал: «Я сын народа, и я не забуду этого. Более того, я намерен защищать его права и буду стремиться к тому, чтобы народ получил просвещение, чтобы он пробудился к сознательной жизни, завоевал себе счастливое будущее. Простые люди должны бороться с преступностью и нищетой, в которые их ввергли недостойные политиканы, провозглашающие себя на словах их друзьями и освободителями, но на деле являющиеся их самыми жестокими тиранами».
Кто же были эти жестокие тираны? Хотя Хуарес не назвал их по имени, все знали, что он имел в виду в первую очередь Санта-Анну и ему подобных предателей.
Первой заботой Хуареса-губернатора было поднять население на борьбу с американскими захватчиками, укрепить оборону штата на случай, если бы им вздумалось расширить военные действия на южную часть Мексики.
В отличие от умеренных либералов и консерваторов, жаждавших во что бы то ни стало на любых условиях подписать мир с агрессором, Хуарес был сторонником продолжения войны. В одном из своих выступлений перед ополченцами, шедшими на фронт, Хуарес говорил:
— Идите же в бой! Стойкость и мужество победят любого врага. Будем думать только о войне, если не хотим стать рабами захватчиков… Пусть весь наш гнев обратится против янки и предателей.
Хуарес организовал производство ружей в Оахаке. Учрежденный им арсенал даже смастерил пушку. По его указанию было издано и распространено среди населения руководство по партизанской войне, в котором давались указания, как создавать партизанские отряды и какой тактики придерживаться в борьбе с американскими захватчиками. Немаловажное значение имел и военный госпиталь, созданный заботами неутомимого губернатора.
Чтобы добыть средства на вооружение ополченцев, Хуарес заложил губернаторский дворец. Даже те, кто не разделял его либеральных взглядов, но выступал против оккупантов, признавали его огромный вклад в дело защиты родины в период войны с США. Один из них, консерватор Хосе Фернандо Рамирес, писал: «В условиях всеобщего уныния только штат Оахака держался стойко, последовательно и героически, представляя все фронту — войска и деньги».
Мексиканский народ хотел сражаться и сражался против янки, грабивших и терзавших его землю, как это некогда делали испанские завоеватели во главе с конкистадором Эрнаном Кортесом. В тылу американских войск действовали многочисленные партизанские отряды. В страхе сообщал в Вашингтон командующий оккупационными войсками в Новой Мексике полковник Прайс: «Кажется, что повстанцы поставили себе целью убивать каждого американца, находящегося в их стране, и каждого мексиканца, подчинившегося власти американского правительства».
Партизаны действовали не только в сельской местности, они устраивали смелые налеты на города. В октябре 1847 года они проникли в Пуэблу, где разгромили американский гарнизон и убили военного губернатора Томаса Чайлда. Такая же участь постигла и губернатора Новой Мексики полковника Чарлза Бента. Партизаны освободили от оккупантов Вилья-Эрмосу — столицу штата Тамаулипас, изгнали захватчиков из Калифорнии, заставили капитулировать американский гарнизон форта Саттера, перерезали дорогу между Веракрусом и Мехико, по которой снабжались войска американцев в столице, совершили тысячу других подвигов. Да и сама мексиканская армия сражалась упорно и отважно, и если бы не предательство Санта-Анны и имущих классов Мексики, американцам пришлось бы за свою победу заплатить во много раз дороже. Земля в буквальном смысле горела под ногами у интервентов.
Однако в Керетаро, где заседало мексиканское правительство, царили растерянность я уныние. Консерваторы больше опасались роста партизанского движения, возглавляемого крестьянскими вожаками, чем действий американских оккупантов. Умеренные либералы боялись, что продолжение войны может привести к полной утрате независимости, к захвату всей страны Соединенными Штатами. Поэтому, когда Вашингтон предложил прекратить войну в обмен на отторжение всех северных провинций Мексики — Техаса, Новой Мексики, Калифорнии и частично территории Тамаулипаса, Коауили и Соноры — вплоть до русла реки Рио-Гранде-дель-Норте, мексиканское правительство, недолго думая, приняло это предложение. 2 февраля 1848 года в селении Гуадалупе-Идальго, где хранилась икона покровительницы Мексики св. Гуадалупе, был подписан договор о прекращении войны. Американцы нарочно настояли на его подписании в указанном выше селении, чтобы связать с сим два почитаемых мексиканцами имени — св. Гуадалупе и Мигеля Идальго.