Именно в Новгороде по инициативе и под руководством Макария началось создание Великих Четьих миней. Для работы Макарий собрал кружок образованных и талантливых людей, в который входили такие выдающиеся личности, как писатель Ермолай-Еразм, дипломат Дмитрий Герасимов, ученый серб Лев Филолог. Митрополит усердно разыскивал подходящих людей в самых разных слоях общества. Так, когда в Новгород из Москвы был прислан для сбора ратных людей боярский сын — «храбрый воин» Василий Тучков, Макарий, узнав, что тот «из детства навык св. Писанию», привлек и его к работе.

Работа продолжалась двенадцать лет. В предисловии к Великим Четьим минеям Макарий писал: «А писал есмь сия святыя великия книги <…> и собирал, и в едино место их совокуплял двенадцать лет многим именем и многими различными писари». Первая редакция была завершена в Новгороде в 1541 году и получила название «Софийский комплект», поскольку Макарий вложил его в храм Святой Софии Новгородской на помин души своих родителей.

9 марта 1542 года, в разгар борьбы между боярскими группировками, шестидесятилетний Макарий прибыл в Москву и через десять дней был возведен на митрополичий престол. Хотя он и был ставленником Шуйских, опала, которой были подвергнуты честолюбивые бояре, не коснулась митрополита. Человек безусловно честный и добросовестный, умеющий во всем придерживаться золотой середины и не впадающий ни в какие крайности, он пользовался большим авторитетом среди духовных и светских лиц и неизменным уважением Ивана Грозного.

В Москве Макарий продолжил работу над Великими Четьими минеями, которые были здесь значительно расширены и дополнены. В них вошли жития целого ряда святых, почитавшихся на Руси лишь в отдельных местностях, но не канонизированных официальной церковью — Петра и Февронии Муромских, Стефана Пермского, Александра Свирского и др. Под руководством Макария была проведена их официальная канонизация. Причисление к лику святых таких чисто русских, любимых народом праведников и подвижников стало одним из проявлений роста национального самосознания, столь характерного для эпохи, но при этом оно имело не только духовное, но и политическое значение, наглядно продемонстрировав объединение отдельных областей Руси под общей государственной властью.

К написанию житий новых святых для Великих Четьих миней Макарий привлек многих московских образованных людей, в числе которых, возможно, был и Иван Федоров. Тут-то могли пригодиться и его обширные познания, и хороший слог, и мастерство доброписца. Новая редакция Великих Четьих миней была переписана в двух экземплярах. Один из них, впоследствии получивший название «Успенский комплект», Макарий в 1552 году вложил в Успенский собор Московского Кремля, второй — «Царский комплект» — в 1554 году преподнес Ивану Грозному.

По инициативе и при участии Макария были созданы и другие монументальные рукописные труды. На протяжении 1540—1560-х годов создавался Большой Лицевой (то есть иллюстрированный) летописный свод, охватывающий огромный временной период — от Сотворения мира до середины царствования Ивана Грозного. Этот труд состоит из десяти томов, включает в себя около девяти тысяч листов, украшен шестнадцатью тысячами иллюстраций-миниатюр. Макарий был инициатором также создания «Степенной книги», представляющей собой попытку систематического изложения русской истории. «Степенная книга» разделена на семнадцать «степеней» и охватывает время от княжения Святого Владимира — крестителя Руси до Ивана IV. Она была составлена между 1560 и 1563 годами духовником Ивана Грозного Андреем, который впоследствии под именем Афанасия стал преемником Макария на митрополичьем престоле.

Не исключено, что и в этих трудах, так или иначе, принимал участие Иван Федоров.

Служба в кремлевском храме и жизнь в Кремле давали Ивану Федорову возможность быть непосредственным свидетелем всех основных событий тогдашней церковной и государственной жизни. Так, 16 января 1547 года Иван Федоров, несомненно, присутствовал на церемонии венчания на царство шестнадцатилетнего Ивана Грозного.

И дед Ивана Грозного — Иван III, и отец — Василий III именовали себя царями, но официально носили титул великих князей Московских, Иван IV первым из русских правителей официально принял титул «царя и великого князя всея Руси».

Слово «царь» представляет собой русское произношение слова «цезарь», так именовали себя римские императоры. Как уже было сказано, после женитьбы Ивана III на Софье Палеолог, московские цари стали считать себя преемниками византийских, а стало быть, и римских императоров-цезарей, но в начале XVI века широкое распространение получила политическая легенда, возводящая род Рюриковичей к роду римских императоров уже не через брак с византийской царевной, а напрямую. Согласно этой легенде, Август — римский цезарь, подчинивший себе весь мир, отдал во владение своему младшему брату — Прусу — далекие земли, лежащие по берегам реки Вислы. По имени Пруса земли эти стали называться Пруссией. По соседству с Пруссией лежали земли славян, и в славянском городе Новгороде жил мудрый муж по имени Гостомысл, который был там воеводою. Приближаясь к концу своей жизни, Гостомысл посоветовал новгородцам призвать себе в правители князя из Прусской земли. На призыв новгородцев откликнулись трое потомков Пруса — братья Рюрик, Синеус и Трувор. Они стали первыми русскими князьями, и от старшего из братьев — Рюрика и пошла династия Рюриковичей.

Как мы помним, Иван Грозный был венчан на великое княжение Московское трехлетним ребенком, теперь же, шестнадцатилетним юношей, он венчался на царство. По мнению некоторых исследователей, идея эта принадлежала митрополиту Макарию, который был не только церковным, но и политическим деятелем и понимал, что царский титул, принятый правителем России, значительно поднимет ее международный престиж. Митрополитом Макарием была разработана торжественная церемония венчания, и именно он изложил легенду о происхождении рода Рюриковичей от Пруса в качестве вступительной статьи к «Чину венчания» Ивана IV на царство. Однако эта легенда была далеко не единственной, обосновывающей право Ивана Грозного на царский титул: многие тогдашние государственные деятели и писатели измысливали цветистые истории, объясняющие, почему пришло время великому князю Московскому объявить себя царем.

Церемония венчания Ивана Васильевича на царство запомнилась москвичам надолго.

Утром 19 января 1547 года Иван Федоров стоял на Соборной площади среди празднично одетой толпы.

Еще не совсем рассвело, дул холодный ветер, по небу неслись рваные облака. Слуги торопливо расстилали по снегу алое сукно — от государева крыльца до входа в Успенский собор. Дьяк, ведавший дворцовым хозяйством, суетился и покрикивал на слуг.

Толпа сдержанно гомонила, охваченная радостно-тревожным ожиданием. Всем предстояло зрелище, доселе невиданное.

Гулко зазвонили колокола на Ивановской звоннице. Тяжелые двери государевых покоев медленно распахнулись, на крыльце появился государев духовник — величавый и осанистый протоиерей Благовещенского собора. В руках он держал тяжелое золотое блюдо, на котором сверкала драгоценными каменьями золотая шапка, опушенная собольим мехом, рядом с шапкой возлежал так же богато изукрашенный крест и еще какие-то красивые и дорогие вещи.

Благовещенский протоиерей стал медленно спускаться по ступеням, за ним, с почтительно-торжественным выражением на лицах шли бояре и дьяки.

В толпе вытянули шеи, стараясь получше разглядеть золотое блюдо. Мальчишка лет тринадцати, стоявший рядом с Иваном Федоровым, восторженно присвистнул: