Однако, в целом картина была печальная - все шло к концу. Весной 1930 года были арестованы 12 баптистских пасторов и конфискованы все церковные здания, кроме одного. В Москве было конфисковано пять церквей из шести.

Как это не парадоксально, но по горькой иронии, именно война спасла верующих от полного истребления.

После вторжения Гитлера в Советский Союз летом 1941 года и оккупацией Белоруссии, Украины и части России, на оккупированной территории стали возрождаться церкви евангельских христиан и баптистов. Верующие получали разрешения от немецкой комендатуры на проведение молитвенных богослужений. Комендатура предоставляла верующим клубы и брошенные большие дома для молитвенных собраний. Уцелевшие от арестов служители обходили и объезжали города, поселки и села и создавали церкви.

Возобновившие служения церкви объединялись в региональные союзы. Так в 1942 году на Украине был создан Приднепровский союз баптистов при активном содействии братьев Д.Д. Шаповалова, И.Я. Татарченко и других.

В Донбассе организовался Донецкий союз баптистов, во главе которого стали А. Ф. Зернов и А. Гаража. Центр Союза находился в г. Макеевка. При Донецком союзе баптистов был создан печатный орган, который издавал журнал «Голгофа», правда, тираж был небольшой и за период оккупации с 1942 г. по сентябрь 1943 г. вышло несколько номеров.

После освобождения оккупированной территории, церкви сохранились, а многих служителей арестовали: в т. ч. А.Ф. Зернова, А. Гаража, И.Я. Татарченко, Д.Д. Шаповалова и других. Каждый из них был осужден на десять лет лагерей.

Положение на фронтах для Красной Армии было критическое. Белоруссия и Украина были оккупированы немецкими войсками. Немцы подошли к Москве и Ленинграду и двигались на Кавказ. И. Сталин неоднократно ставил вопрос перед союзниками об открытии второго фронта. Союзники медлили, Сталин торопил. На одной из конференций Глав правительств США, Англии и Советского Союза, И. Сталин в очередной раз поставил вопрос об открытии второго фронта союзниками. И тогда президент США Рузвельт дал согласие на открытие второго фронта с условием, если И. Сталин обеспечит свободу вероисповеданий в Советском Союзе, Другого выхода не было и И. Сталин вынужден был согласиться. По его личной команде, в срочном порядке были доставлены в Москву, находящиеся в концлагерях Сибири и в ссылке, уцелевшие религиозные лидеры, как православные, так и евангельские христиане и баптисты.

В Москву были доставлены Я.И. Жидков, А.Л. Андреев, М.И. Голяев. А.О. Карев, К. Крючков, НА. Левинданто, П.И. Малин, Ф.Г. Патковский, а также был приглашен, находящийся в Москве М.А. Орлов, и другие бывшие работники Союзов евангельских христиан и баптистов. (Из личной беседы с А. Андреевым, 1966 г.).

С 26 по 29 октября 1944 года, при непосредственной организации правительства, состоялось совещание служителей союзов евангельских христиан и баптистов, с единственной повесткой - организация Союза евангельских христиан и баптистов. В его работе приняли участие сорок пять делегатов, совместно с вышеперечисленными работниками бывших Союзов и некоторые старейшие члены церквей Москвы и Подмосковья. На совещании председательствовал М.А. Орлов, его заместителями были Я.И. Жидков и М.И. Голяев, секретарями - А.В. Карев и Н.А. Левинданто. М.А. Орлов сделал доклад о деятельности ВСЕХ в период с 1931 по 1944 годы.

Затем были заслушаны доклады по вопросу объединения, которые прочитали Я.И. Жидков и Н.А. Левинданто. А.В. Карев зачитал проект совместной резолюции евангельских христиан и баптистов по вопросу слияния церквей в одно братство и в один союз.

Был принят проект совместной резолюции:

Признавая, что воля Небесного Учителя Иисуса Христа должна быть превыше всего для Его учеников на земле, а эта воля в вопросе о взаимоотношениях детей Божиих выражена ясно и определенно словами Христа, произнесенными, в Первосвященнической молитве: «Да будут все едино» Ин. 17:21, совещание считает важнейшей задачей, чтобы указанные слова Иисуса Христа были наконец осуществлены в жизни евангельских христиан и баптистов в нашей стране.

Принимая во внимание то, что вопрос единства евангельских христиан и баптистов всегда занимал видное место в истории обеих союзов и обсуждался на многих съездах и заседаниях, совещание считает, что многократные попытки, предпринимавшиеся к объединению евангельских христиан и баптистов в прошлом, и особенно знаменательный в отношении единства верующих, объединенный съезд 1920 года, хотя и не привел к слиянию обеих союзов в один, но приготовил почву для окончательного осуществления великого исторического для евангельских христиан и баптистов в Советском Союзе, дела в настоящем.

Стремясь выполнить волю Господа Иисуса Христа в отношении единства Его учеников, а тем самым завершить дело единства евангельских христиан и баптистов, совершавшееся на протяжении многих лет как руководителями обеих братских союзов, так и всеми искренними братьями и сестрами, членами евангельских и баптистских церквей, совещание постановляет:

Предав полному забвению все разногласия в прошлом, из двух союзов - Союза евангельских христиан и Союза баптистов - создать один Союз евангельских христиан и баптистов с руководящим органом - Всесоюзным советом евангельских христиан и баптистов с пребыванием его в г.Москве.

В состав Всесоюзного Совета евангельских христиан и баптистов вошли: председатель Я.И. Жидков, помощники председателя М.И Голев и М.А. Орлов, казначей П.И. Малин, секретарь А.В. Карев, члены Совета А.Л. Андреев, Ф.Г. Патковский и Н.А. Левинданто.

Кроме того, было выработано Положение о Союзе евангельских христиан и баптистов и принята система уполномоченных (старших пресвитеров) по регионам. Уполномоченным церквей по Украине был назначен А.Л. Андреев, по Белоруссии - В.Н. Чечнев, по Северному Кавказу - Н.И. Карнаухов.

Все церкви евангельских христиан и баптистов были письменно извещены о состоявшемся совещании и о его итогах. Ранее разделявшие верующих вопросы о том, кто может совершать крещение, хлебопреломление и бракосочетание, а также о возложении рук на крещаемых и рукополагать служителей, были урегулированы при уважении убеждений евангельских христиан и баптистов.

Эта весть о создании Союза ЕХ и Б облетела не только нашу страну, но стала достоянием и Всемирного братства баптистов. В октябре 1944 года Всесоюзный совет евангельских христиан и баптистов получил приветственную телеграмму от Всемирного союза баптистов, подписанную председателем союза доктором Рашбруком.

Об образовании Союза евангельских христиан и баптистов сообщил ТАСС (Известия, 1944 г. № 266 от 10 ноября).

В 1945 г. Президиум ВСЕХ и Б принял решение с 1 января 1946 г. в названии Союза упразднить союз «И» и заменить его дефисом (-). Такое же наименование получили и церкви, входящие в союз. Таким образом завершилось слияние двух братств в одно.

В создании ВСЕХБ было изначально заложено много положительного. Во-первых, многим церквам он давал возможность легализовать, наконец, свое положение, после длительного периода гонений и запретов. Это, конечно, было значительным облегчением. Выступления руководителей Союза, таких как Карев и Жидков воспринимались с доверием, благодаря искренности их тона и духовности содержания.

В октябре 1948 г. на расширенном заседании Совета был принят новый устав ВСЕХБ. Он включал 44 параграфа, утверждал организационную структуру союза и определял обязанности старших пресвитеров и т. д. Устав был разослан по всем церквам. В своем сопроводительном письме Жидков пояснял, что новый Устав предоставляет общинам полную свободу, всячески старался показать, что не станет ограничивать деятельность, и в то же время в повелительных выражениях подчеркивал, что те, кто не примет новый устав, автоматически лишаются права состоять в союзе ВСЕХБ.