Серьезным испытанием для Русской Церкви было появление в Новгороде в последней трети XV века ереси жидовствующих ,которая охватила церковные и государственные круги и проникла в народ. « Ныне и в домех, и на путех, и на торжищех, иноци и мирстии вси сонмятся, вси о вере пытают», - пишет прп. Иосиф Волоцкий. Жидовствующие отрицали основные христианские истины и церковные установления, отдавая во всем предпочтение Ветхому Завету, превратно ими толкуемому. С опровержением их лжеучения активно выступил свт. Геннадий Новгородский. По его просьбе прп. Иосифом Волоцким был составлен “Просветитель”, в котором раскрываются основные истины христианской веры и даются ответы на обвинения жидовствующих. «Просветитель» явился первым крупным апологетическим опытом на Руси. Хотя внешне ересь была преодолена, ее идеи, тем не менее, продолжали жить.

Ересь Матфея Башкина, появившаяся в середине XVI в., во многих положениях была близка к ереси жидовствующих, хотя своими учителями он и называл «латинников», а не иудеев. В переложении его последователей, Феодосия Косого и Игнатия, ересь обрела форму крайнего рационализма. Их учение было обстоятельно разобрано иноком Отенским Зиновием ,учеником прп. Максима Грека. В своей книге «Истины показание к вопросившим о новом учении» Зиновий дает обстоятельные разъяснения по многим спорным пунктам, его опровержения хорошо продуманы, аргументация основывается на обширных библейских и исторических материалах. Зиновию принадлежит и другое апологетическое сочинение «Черноризца послание многословное», которое дополняет «Истины показание…» анализом других вероучительных и церковно-практических вопросов, затрагиваемых еретиками.

В ΧΙΙΙ – XVΙ в. на Руси появляется много апокрифических книг, пришедших главным образом из Болгарии (апокрифические сказания об Адаме, Енохе, Ламехе, патриархах, «псалмы Соломоновы», «Исаака видение», «Иакова повесть», «Хождение Богородицы по мукам», «Завет 12 патриархов» и др.). Эти произведения, содержащие в себе не мало фантазий, суеверий, астрологических идей и разного рода догматических и нравоучительных заблуждений, встретили ревностное противодействие в лице прп. Максима Грека.У него много произведений и догматико-полемического характера, написанных против иноверцев и еретиков. Пять небольших его статей направлены против иудеев. В «Слове обличительном на эллинскую прелесть» прп. Максим показывает превосходство христианства перед язычеством. Здесь он особенно подчеркивает тот важный факт, что вера Христова распространялась по всей земле не силой оружия, но кротким словом и примером высокой нравственной жизни христиан. Полемике с латинянами были посвящены «Слово против лживого сочинения Николая Немчина о соединении православных с латинянами», «Слово похвальное апостолам Петру и Павлу; здесь же и обличения против латинских трех больших ересей», а также послания боярину Федору Карпову и Николаю Немчину и др. Не обошел своим вниманием прп. Максим и ислам, которому у него посвящены три сочинения. Последнее его произведение – «Слово на арменское зловерие», является опровержением учения монофизитов о том, что Христос на Кресте умер Своим Божеством.

Среди западнорусских апологетов XVI в. привлекает к себе внимание старец Артемий, бывший Троицкий игумен, который вел активную борьбу в Литве с протестантами и арианами. Его письма свидетельствуют о глубоком понимании им христианства. В них автор постоянно ссылается на святых отцов и призывает «испытывать писания» их, они проникнуты духом терпимости и любви.

Другой известный апологет православия в это время на Западе Руси - князь А. Курбский ,« стремился к творческому обновлению отеческих преданий, к оживлению и продолжению византийской традиции»[21]. Он ревностно заботился о просвещении православных, укреплении в них разумного понимания веры. Для него « отеческое богословие и эллинская мудрость смыкаются в единое целое: «древние учителя наши в обоих научены и искусны, сиречь, во внешних учениях философских и в священных писаниях»»[22].

Значительную остроту апологетической борьбе придала Брестская уния, в противостоянии которой особенно большую роль сыграли православные братства. При братствах сначала в Вильне и Остроге, затем в Львове, а в начале XVII в. – в Киеве велась активная богословско-полемическая и переводческая работа. Из наиболее деятельных апологетов здесь следует назвать архим. Захарию (Копыстенского) (+1626), прекрасно знавшего святоотеческие творения и боровшегося как с протестантизмом, имевшим в то время большой успех на юго-западе Руси, так и с латинской унией. Его «Палинодия», написанная в ответ на книгу униатского архиеп. Л. Кревзы «Оборона унии», была ярким самостоятельным сочинением, раскрывавшим православное понимание христианского единства.

При митрополите Киевском Петре Могиле(+1647) значительно усиливается духовная и богословская зависимость православной литературы от католических источников. Основанное им училище - Киевская коллегия, была устроена по образцу латинских коллегий, что, естественно, наложило глубокий отпечаток на характер воспитания, преподавания и богословского образования ее учеников. Это сказалось и на апологетических трудах. В Киевской коллегии апологетическое богословие не преподавалось как отдельная дисциплина, но входило в состав лекций по философии, преподаваемой по католическим учебникам. Некритическое отношение к западной богословской мысли ощутимо сказалось и на «Православном Исповедании» Петра Могилы. В этом катехизисе содержатся откровенно католические идеи. Архиеп. Василий (Кривошеин ) называет его « ярко латинским документом по форме, а иногда и по содержанию и по духу»[23]. Прот. Г. Флоровский пишет: « В целом «Православное Исповедание» есть только как бы «приспособление» или «адаптация» латинского материала и изложения [к православному учению, оно]… гораздо больше связано с римско-католической литературой, чем с духовной жизнью православия»[24].

Архим. Иоанникий (Галятовский),ректор Киевской коллегии (+1688), писал не только против иезуитов и униатов («Беседа белоцерковская»; «О происхождении Святого Духа»; «Ответ» на книгу иезуита Скарги«Фундамент веры»), но и против мусульман («Алкоран разрушенный», «Лебедь»), и иудеев («Мессия правдивый»).

Однако б ольшая часть южнорусской апологетической литературы XVI-XVII столетий не отличалась оригинальностью. Для полемики с католиками и униатами православные, как правило, пользовались протестантскими источниками, а для полемики с протестантами – католическими, что делало православную литературу такой же схоластической и малоэффективной.

Вторая половина XVII в. жизнь Церкви отмечена прежде всего реформами патр. Никонаи старообрядческим расколом, породившим напряженную дискуссию. Появляется большое количество противораскольнической литературы, очень неоднородной по своему содержанию и достоинству. Более значимые труды появились в XVIII - XIX веках.

В 1685 г. в Москве открывается Славяно-греко-латинскаяшкола (с 1814 года – Московская духовная академия), положившая начало систематическому богословскому и светскому образованию в России.

В XVII – XVIII веках Церковь сталкивается с новыми для нее явлениями. В Россию в связи с реформами Петра I активно проникают идеи материализма, атеизма, деизма, масонства, мистицизма и т.д. И борьба с ними, как правило, была очень затруднена. Так, весь тираж полемической книги Евстафия Станевича «Разговор о бессмертии души над гробом младенца» (1818), написанной против идей пиетизма и масонства, был изъят по распоряжению обер-прокурора кн. Голицына (масона), который так отозвался о ней: « К суждению о бессмертии души привязано защищение Восточной церкви, тогда как никто на нее не нападает… Автор, понимая превратно, не чувствует, что может привести умы в беспокойство, что подлинно Церковь в опасности»[25].

Но хотя руки богословия и были жестко связаны политикой Петра и его преемников, отдельные апологетические сочинения все же появляются. Митрополит Стефан Яворский(+1722) оставил одно из интереснейших апологетических сочинений этой эпохи «Камень веры», направленный против лютеранских нововведений в петровской России. Против апокалиптических настроений раскольников им же были написаны «Знамения пришествия антихриста и кончины века от Писаний Божественных». Интересен его «Ответ Сорбонской академии о соединении церквей», который предвосхищал позднейшие экуменические дискуссии православных с инославными.