В 1605 году, когда имели место поединки с представителями семейства Есиока, Мусаси посетил храм Ходзоин на юге Киото. Здесь он сражался с Оку Ходзоином, учеником дзэнского мастера Хоина Инэя. Ходзоин изучал поединок на копьях и был явно не чета Мусаси, который дважды победил его с помощью короткого деревянного меча. После этого Мусаси некоторое время жил при храме, изучая новую технику и общаясь с монахами, которые практикуют искусство поединка на копьях вплоть до наших дней. Интересно отметить, что вначале слово осе (буддийский священник) означало «учитель копья».

Находясь в провинции Ига, Мусаси встретил воина по имени Сисидо Байкин, который в совершенстве владел цепью и серпом. Пока Сисидо размахивал своей цепью, стараясь улучить момент, чтобы ударить Мусаси, тот выхватил кинжал, сделал резкий выпад вперед и пронзил грудь противника. Наблюдавшие за поединком ученики Сисидо бросились на Мусаси, но он обратил их в бегство, виртуозно размахивая двумя мечами в четырех направлениях.

В Эдо воин по имени Мусо Гоносукэ пришел к Мусаси, чтобы вызвать его на поединок. В это время Мусаси был занят изготовлением лука, но тут же принял вызов и, подняв свой недоделанный лук, показал гостю, что готов использовать его в качестве меча. Гоносукэ с настоящим мечом в руках сделал стремительный выпад в сторону Мусаси, но тот уклонился и ударил его по голове своей легкой палкой. Гоносукэ испугался и убежал.

Однако не все встречи Мусаси с мастерами боевых искусств заканчивались поединками. Говорят, что однажды Мусаси встретил на улице известного самурая Япо Хего, племянника не менее знаменитого Япо Тадзима-но-ками. Хотя Мусаси и Хего до этого ни разу не виделись, они сразу же узнали друг друга и после короткого разговора стали друзьями. Хего пригласил Мусаси в свое имение, где они пили сакэ и играли в го, как старые знакомые. Мусаси гостил у Япо Хего довольно долго, но два великих мастера ни разу не скрестили мечи. Впоследствии Мусаси так высказывался об этой встрече: «То, что я сразу узнал Хего, было таинственным действием ума, без причины и цели. Почему мы не вызвали друг друга на поединок? В этом не было необходимости, потому что мы безмолвно постигли равенство нашего мастерства». Эта встреча напоминает другую встречу равных, встречу Будды и его ученика Кашьяпы, в ходе которой Будда показал цветок, а Кашьяпа с пониманием улыбнулся.

Позже, странствуя в провинции Идзумо, которая всегда славилась мастерами боевых искусств, Мусаси обратился к господину Мацудайра с просьбой разрешить ему поединок с самым сильным из его слуг. Было решено, что против Мусаси выйдет человек с двухметровым деревянным шестом. Мусаси использовал два деревянных меча. Поединок проходил в саду библиотеки господина Мацудайра. Мусаси загнал противника на ступени веранды, подался вперед, угрожая нанести ему удар в лицо, и когда тот принял защитную стойку, ударил его одновременно по обеим рукам. Тот выронил свой шест.

К удивлению собравшихся, господин Мацудайра тоже вызвал Мусаси на поединок. Мусаси стал оттеснять его в сторону тех же ступеней, на которых только что победил предыдущего соперника. Господин Мацудайра яростно пытался сдержать натиск, но Мусаси неожиданно сломал его меч пополам «ударом огня и камней». Господин поклонился Мусаси, признав свое поражение, и после этого Мусаси некоторое время гостил у него на правах учителя.

Но самая известная дуэль с участием Мусаси состоялась в 1612 году, когда он находился в городе Огура в провинции Бундзэн. Его противником был Сасаки Кодзиро, молодой воин, создавший сильную фехтовальную технику цубамэ-га-эси («ласточкин заслон»), моделью для которой послужило движение хвоста ласточки в полете. Кодзиро был слугой господина провинции Хосокава Тадаоки (этот примерный самурай своего времени послужил прототипом вероломного Бунтаро в романе Джеймса Клавелла «Сёгун»). С помощью другого слуги, которого звали Нагаока Сато Окинага и который в свое время был учеником отца Мусаси, господину Тадаоки было подано прошение разрешить поединок Кодзиро и Мусаси. Тадаоки удовлетворил прошение и назначил поединок на восемь часов утра следующего дня. Местом поединка должен был стать небольшой остров, находящийся в нескольких милях от Огура.

Накануне поединка Мусаси покинул свое временное жилище и переехал в дом Кабаяси Таро Дзаэмона. По городу распространились слухи, что Мусаси боится утонченной техники Кодзиро и собирается бежать из города. На следующий день в восемь часов Мусаси спал так крепко, что хозяин дома не мог его разбудить, пока не пришли официальные представители от господ, собравшихся на острове. Тогда Мусаси встал, выпил воду, которую ему принесли, чтобы он умылся, отправился прямо на берег и сел в лодку. Сато Окинага, работая веслами, направил лодку в сторону острова. Тем временем Мусаси, подвязав рукава кимоно бумажными веревочками, принялся вырезать деревянный меч из запасного весла, которое было в лодке. Закончив вырезать меч, он улегся на дне лодки, чтобы отдохнуть.

Когда лодка приблизилась к берегу, Кодзиро и почтенные господа, собравшиеся, чтобы наблюдать поединок, были удивлены тем, что они увидели. Непричесанный, с полотенцем, повязанным вокруг головы, и длинным веслом в руках, Мусаси спрыгнул в воду и бросился к месту поединка. Кодзиро обнажил свой длинный меч, изготовленный прославленным мастером Нагамицу, и отбросил в сторону ножны. «Ты прав, ножны тебе больше не понадобятся!» – выкрикнул Мусаси, налетая на противника со своим веслом. Кодзиро вынужден был нанести удар первым, но Мусаси одним движением отразил меч и ударил его по голове. Падая, Кодзиро напоролся на собственный меч и скончался. Увидев, что поединок закончен, Мусаси поклонился собравшимся и сразу же побежал обратно к лодке. В некоторых вариантах истории говорится, что когда Кодзиро упал, Мусаси попятился, бросил весло, выхватил оба своих меча и с криками ликования принялся размахивать ими в воздухе.

Приблизительно в это время Мусаси перестал пользоваться в поединках боевыми мечами. Никто больше не сомневался в его непобедимости. В дальнейшем Мусаси посвятил себя поиску глубинного понимания Пути меча.

В 1614 и затем в 1615 годах он снова воспользовался возможностью поучаствовать в военных действиях и штурме крепости, сёгун Токугава Иэясу осадил крепость Осака, в которой засели восставшие сторонники Асикага. Мусаси присоединился к армии сегуна как в зимней, так и в летней кампаниях, на этот раз воюя против тех, на чьей стороне он был вбитвеприСэкигахара.

По словам Мусаси, он постиг суть стратегии в 1634 году, когда ему было пятьдесят или пятьдесят один. В этом же году он поселился в Огура вместе со своим приемным сыном по имени Иори, который был беспризорным мальчишкой, пока Мусаси не подобрал его во время странствий в провинции Дэва. Впоследствии Мусаси больше ни разу не покидал остров Кюсю, а Иори поступил на службу к Огасавара Тададзанэ и в составе его армии подавлял восстание японских христиан в Симабара в 1638году.

Мусаси провел в Огура шесть лет. В 1640 году он принял приглашение господина Тадатоси Хосокава и поселился в его замке Кумамото. Здесь Мусаси провел несколько лет, занимаясь преподаванием фехтования и рисованием картин. В 1643 году Мусаси отправился жить в горную пещеру Рэйгэндо, где за несколько недель до смерти, 19 мая 1645 года, написал для своих учеников «Книгу пяти колец». Впоследствии Мусаси был известен в Японии под именем Кэнсэй, что означает «бог меча».

Вызывает особый интерес вопрос о том, был ли Миямото Мусаси лично знаком с Такуаном Сохо. Хотя не существует письменных документов, подтверждающих прямое влияние Такуана на Мусаси, есть легенды о встрече этих двух героев своего времени. Создается впечатление, что Такуан со своим глубоким пониманием дзэн и искусства меча лучше, чем кто-либо другой, мог вдохновить Мусаси на неустанные поиски совершенства за пределами техники. В пользу этой гипотезы говорит и то, что Мусаси и Такуан являются уроженцами одних мест: Мусаси родился в деревне Миямото, которая находится по другую сторону горы от места рождения Такуана, деревни Идзуси.