История деятельности советских органов госбезопасности стала создаваться практически сразу после их организации. Известная книга С.П. Мельгунова «Красный террор в России в 1918–1923 гг.», написанная в начале 1920-х гг. по горячим следам, с использованием только опубликованных источников, весьма неточна с фактической стороны. Она акцентирует внимание на особенностях новорождённой карательной системы: органы ВЧК-ГПУ являются вооружённым отрядом партии и по её заданиям осуществляют массовый террор как против так называемых эксплуататоров, так и против любых политических противников, к которым относятся все несогласные. Мельгунов подчёркивает, что «красный террор» являлся официальной политикой советских властей, указывает на огромные масштабы репрессий и крайнюю жестокость чекистов. Книга Мельгунова оказала огромное воздействие на зарубежную историографию советских репрессий, её влияние заметно и в «Архипелаге Гулаг» А.И. Солженицына. Устаревшая как источник, она не потеряла своей ценности, поскольку автор, познавший суть карательной политики на собственном опыте, смог глубоко оценить её особенности.

Первые научные работы о ЧК-ОГПУ стали появляться только с конца 1950-х гг. Они ввели в исследовательский оборот большое количество интересных, но тщательно отобранных фактов, представляющих чекистов, как правило, с героической стороны. Однако, в середине 1980-х гг. вышли книги о региональных чекистских структурах периода гражданской войны, дающие более правдивую картину событий[4]. В частности, в монографии Э.А. Васильченко содержится большое количество сведений о работе и кадрах Госполитохраны Дальневосточной республики (ГПО ДВР), упоминается ряд негативных фактов, связанных с ведомственными противоречиями, сепаратизмом чекистов и частыми нарушениями законности с их стороны. О неразработанности проблемы применительно к региональным органам госбезопасности говорит тот факт, что в работах 1970-1980-х гг. указывалось на наличие либо четырёх, либо шести руководителей ГПО ДВР, и только в 1989 г. появилась точная цифра — 10 чел.[5].

Последние полтора десятилетия исследователи, получившие в своё распоряжение многочисленные источники по некогда закрытой теме, активно изучают деятельность органов госбезопасности 1920-1930-х гг., предлагая работы как общего порядка, так и касающиеся истории подразделений центрального аппарата и региональных отделений ЧК-ОГПУ[6]. Большая монография А.М. Плеханова о ВЧК-ОГПУ 20-х гг. вводит в оборот значительный массив ценных фактов, в том числе о работе чекистов Сибири, но отличается игнорированием целого ряда исследователей, уже давно опубликовавших множество документов, на которые автором даются архивные ссылки. Работа М.Н. Петрова о деятельности органов ВЧК-ОГПУ Северо-Запада России 1920-х гг. даёт представление о строительстве регионального карательного аппарата, принципах кадровой политики, широком использовании агентуры, в том числе в провокационных целях. О.И. Капчинским изучен социальный и национальный состав центрального аппарата ВЧК, в диссертации А.Ю. Данилова выведен особый социально-психологический тип провинциального чекиста периода гражданской войны — всевластного и безнаказанного хозяина подконтрольной ему территории.

Очень значительная часть опубликованных работ по истории органов безопасности выполнена ведомственными исследователями и отличается ярко выраженной тенденциозностью. ВЧК-ОГПУ рассматриваются не столько как органы политической полиции, сколько формально — как часть госаппарата, выполнявшая специфические и в основном полезные для общества функции. Оценка чекистских кадров обычно идёт по линии противопоставления сравнительно немногочисленных карьеристов и нарушителей законности здоровому большинству так называемых «честных чекистов», вынужденных выполнять преступные установки политического руководства и своего начальства[7].

Сейчас, когда образ ФСБ в обществе стал изменяться к лучшему, поскольку эта спецслужба выступает в качестве основного гаранта безопасности в текущей войне с терроризмом, ведомственные историки, и все те, кто испытывает ностальгию по советской эпохе, начали «улучшать» чекистскую историю. Наглядный пример — вышедшие в 2003 г. две книги работника ФСБ В.И. Михеева[8]. Они построены на документах ЦА ФСБ, а также местных управлений ФСБ, и транслируют в точности ту же картину событий, которая предназначалась для чекистского руководства 1920-х и 30-х гг. Книги Михеева пестрят формулировками вроде: «Объективной оперативной необходимостью было пресечение деятельности различных повстанческих организаций и группировок, возглавлявшихся бывшими офицерами, полицейскими, жандармами, помещиками, лицами, склонными к террористической и экстремистской деятельности». Автор изучил даже агентурные разработки, но проигнорировал заведённые по ним следственные дела, которые большей частью давно прекращены. Вместе с тем Михеев приводит интересные, хотя и неполные, цифры о масштабе репрессий в регионе, а также обширные выдержки из оперативной документации ОГПУ. Некритическое отношение к документам ВЧК-ОГПУ очевидно и в упоминавшейся выше книге А.М. Плеханова.

Появляющиеся публикации об острых проблемах советской истории свидетельствуют о том, что к «архивной революции» 1990-х гг. оказались не готовыми не только ведомственные историки. Многих исследователей охватила стихия документальных сведений, не все оказались критичными по отношению к тем терминам и оценкам, которые родились в силу чисто политических оснований. В результате на свежие факты накладывался прежний понятийный аппарат, а формулы из официальных директив перекочевали в статьи и монографии.

Известная исследовательница Р. Маннинг вполне серьёзно говорит о демократизации, которая, по её мнению, «оставалась официальным курсом сталинского режима вплоть до осени 1937 г.». Современные историки повторяют тезисы о «буржуазной и помещичьей контрреволюции», «трудовом перевоспитании бывших кулаков», доверяют фальсифицированным в ВЧК-ОГПУ протоколам допросов[9]. Противостояние консервативных и современных точек зрения на историю России, медленное изживание архаичных взглядов ещё долго будут определять состояние российской историографии.

Оценивая значимость и особенности выбранного для исследования Сибирского региона, можно сказать, что он был в определённой степени полигоном для настройки репрессивного механизма. В Сибири долгое время действовали внеконституционные органы управления, организовывались масштабная политическая ссылка и массовые внесудебные расправы с целью противодействия восстаниям и уголовно-политическому бандитизму, широким образом опробовались (в ходе известной командировки И.В. Сталина) методы полицейского нажима на крестьянство. Однако огромный и удалённый от центра регион обладает достаточным набором типических черт, делающих изучение его карательных органов вполне представительным для общей оценки деятельности чекистских структур.

История органов госбезопасности Сибири начала изучаться с конца 1960-х гг., когда появилась популярная книга М.Е. Бударина об омских чекистах. Правда, она опиралась на весьма узкий круг источников и была далека от научных оценок. В русле официозных представлений и в течение 1980-х гг. появлялись однотипные книги, подготовленные в управлениях КГБ, о региональных органах госбезопасности Сибири. Все они предлагали весьма скудный материал по деятельности и кадрам ВЧК-ОГПУ. Редким исключением являлась публикация Л.А. Жженых, целиком посвящённая деятельности Якутской губчека[10].

Ценный материал о карательной системе 1920-1930-х гг. содержится в вышедших монографиях Н.М. Кучемко, Н.Я. Гущина и В.А. Ильиных. В 1987 г. появилась насыщенная новыми фактами статья В.И. Шишкина о деятельности сибирских ЧК 1919–1921 гг.[11]. Однако подход к освещению деятельности ВЧК-ОГПУ в работах профессиональных историков до конца 1980-х гг. оставался прежним — чекисты представлялись в высшей степени героическими борцами с бесчисленными врагами советской власти.