В ряде показаний бывших участников движения говорится о том, что кружки строились на основе троек: активный конспиратор принимал в организацию трех человек, каждый из которых принимал еще по два, после чего образовывался десяток во главе с десятским; три десятка составляли группу, возглавляемую тридесятским; во главе всех конспираторов крупного города стоял так называемый «старший» (в Петербурге им был Сераковский). Только «старший» знал всех конспираторов; остальные во избежание провала должны были общаться только с ближайшими своими соратниками внутри тройки, десятский — с руководителями троек, тридесятский — с руководителями десятков. Такая система, возможно, и существовала первое время, но она явно не привилась. Во всяком случае, в 1860–1861 годах существенных следов ее не обнаруживается. М. Черняк, учившийся в эти годы в Академии генерального штаба, на следствии показал: «С Домбровским я познакомился в конце 1860 года, жил он в это время с товарищами своими […] на Офицерской улице (дома не помню). У них происходили еженедельно собрания офицеров-поляков из разных академий. Цель этих собраний была связать всех поляков и по возможности подготовить их (в нравственном отношении) к делу восстания. Как средство для этого употреблялась словесная и письменная пропаганда (брошюры, книги и т. п. по большей части эмигрантов) […]. Устроено это общество было следующим образом: все члены, сколько их могло собраться, выбирали из своей среды посредством закрытой баллотировки председателя и обещались исполнять в момент восстания беспрекословно все полученные через него распоряжения. Он же входил в непосредственное сношение с Варшавою и другими местами и обязан был передавать им упомянутые выше сведения, собирал деньги и т. п. Каждый из членов обязывался честным словом не спрашивать у председателя и не узнавать стороной, Через кого именно он сносился с Варшавой и провинциями, и не требовать от него отчета в собранных деньгах».

Это свидетельство подтверждается некоторыми другими, в частности показаниями инженерного офицера Васьковского, вступившего в ряды конспираторов примерно в то же время. Он на следствии сообщил: «…Мы вместе поехали к Домбровскому и его товарищам […}. Там застали большое число офицеров, и между ними я помню одного только штатского Болтуца […]. После этого я бывал у Домбровского несколько раз, так как у него собирались, кажется, по средам. В одно из этих собраний, где были только офицеры, были выборы председателя, и меня Варавский просил выбирать Опоцкого; я написал на выборной карточке фамилию Опоцкого, но выбрали Домбровского».

За два года своей председательской деятельности Домбровский очень многое сделал для увеличения численности петербургских военных кружков, для идейной закалки их участников, для укрепления федеративных связей между ними, для расширения контактов военных организаций с освободительным движением в стране, с польскими и русскими революционерами, находящимися за границей. Состав кружков постепенно менялся — ведь большинство в них составляли слушатели академий и воспитанники военно-учебных заведений, которые после выпуска выезжали из столицы. На председательском посту Домбровского сменил гвардейский прапорщик В. Погожельский, поступивший в Академию генерального штаба в 1861 году. Позже, осенью 1862 года, был избран комитет в составе Э. Юндзила, В. Коссовского и В. Опоцкого. Он действовал накануне и в первые месяцы восстания 1863 года, в котором так или иначе приняло участие около половины участников петербургских военных кружков.

Домбровский приехал в Петербург оппозиционно настроенным офицером, внутренне созревшим для антиправительственной деятельности, но плохо представлявшим, где и как можно приложить свои силы, не имевшим постоянных контактов с какой-либо революционной организацией. За два года многое изменилось. Он не только кончил одно из лучших в Европе военно-учебных заведений, но и стал активным участником революционного движения, опытным конспиратором, годовым отдать асе свои силы борьбе и стать профессиональным революционером. Несколько лет назад он после окончания умения попытался бы, вероятно, добиться прикомандирования к академии, чтобы готовиться к научной работе, Либо хлопотал бы о должности в Петербурге. Теперь соображения, связанные с военной карьерой, не играли для него никакой роли. Решая вопрос о том, куда проситься после академии, Домбровский исходил только из интересов освободительной борьбы. Высокое сознание революционного долга, да и вся необычайно деятельная натура Домбровского неудержимо влекли его в самую гущу событий. К тому времени стало ясно, что в русских губерниях революционный взрыв можно ожидать только в 1863 году, когда у крестьян истечет срок так называемого временнообязанного состояния. Именно на это ориентировались русские революционеры, среди которых у Домбровского было немало друзей. В Польше, напротив, ситуация продолжала обостряться. Военное положение, введенное в связи с манифестациями, не приостановило брожение, а еще больше его усилило. Царство Польское стало в это время той частью Российской империи, в которой революционный взрыв был наиболее вероятен. Освобождение его родного народа, освобождение всей России зависело теперь От того, как пойдет дело на польских землях. Естественно, что именно там, и только там, хотел быть Домбровский.

После выпускного акта некоторые из однокурсников Домбровского, в частности Голиневич, получили отпуска и сразу же разъехались из Петербурга. Варавский заболел и оказался в госпитале. Закончив служебные и особенно многочисленные конспиративные дела, Домбровский на рождественские праздники поехал в Москву. Здесь он не только повидался с родными, но и имея ряд встреч с деятелями революционного подполья. А оно существовало и активизировалось, несмотря на репрессии по отношению к участникам студенческих волнений, несмотря на аресты среди распространителей «Великоруса» и других нелегальных изданий, часть которых печаталась в Москве. Трудно сказать, знал ли в это время Домбровский таких студенческих вожаков Москвы, как П. З. Аргиропуло и П. Г. Зайчневский, встречался ли с Ю. М. Мосоловым и H. М. Шатиловым, которые возглавляли полуконспиративную «Библиотеку казанских студентов», ставшую ядром московского отделения «Земли и воли». На уж с офицерами В. П. Колесовым, О. Еленский, В. Нарбутом и другими товарищами по Брестскому кадетскому корпусу и Дворянскому полку он, конечно, виделся. Думается, что разговоры с ними не ограничивались воспоминаниями о кадетских шалостях: ведь и Домбровский и его друзья были участниками революционных кружков, жаждавших деятельности и искавших контактов между собой.

Но вот поездка кончилась. Возвратившись в Петербург, Домбровский тщательно упаковал свои вещи. За несколько часов, остававшихся до отъезда, он еще успел сделать несколько прощальных визитов, погулять на прощанье по Невскому и зайти в военное министерство. В нужной ему комнате он снял шинель и поправил новые, еще не обмявшиеся штабс-капитанские погоны. Затем он подошел к одному из писарей, продиктовал ему рапорт и тут же его подписал. В рапорте была всего одна фраза: «Имею честь почтительнейше донести департаменту генерального штаба, что я к месту моего служения в г. Люблин отправляюсь 5-го сего января». Ниже собственноручной подписи офицера писарь тут же сделал помету: «№ 3-й. 5 января 1862 года».

Так кончился петербургский период жизни Домбровского, сыгравший роль важного, переломного этапа в его биографии.

С февраля 1862 года в подпольных организациях Варшавы большое влияние и широкую известность начал приобретать один из офицеров, русских войск. За небольшой рост он получил ласковое прозвище Локетек, которое превратилось скоро в его конспиративную кличку. Локетек был очень подвижен и обладал неиссякаемой энергией. Он имел чудесную способность появляться чуть ли не одновременно в разных концах города для того, чтобы встретиться то с офицерами или солдатами, то с рабочими или ремесленниками, то со студентами или чиновничьей мелкотой из многочисленных варшавских канцелярий. Человек исключительных способностей, веселый и остроумный, он всегда был вожаком среди товарищей и их любимцем. Вера в неизбежность победы революции настолько переполняла его, что, когда он говорил, никто не мог оставаться равнодушным к его словам, не прислушаться к его горячим доводам. Это был штабс-капитан Ярослав Домбровский. Он состоял в штате 5-й пехотной дивизии, штаб которой находился в Люблине, но был прикомандирован к штабу 6-й пехотной дивизии, дислоцировавшейся в Калише. Фактически Домбровский с начала февраля 1862 года, то есть почти сразу по приезде в Царство Польское, обосновался в Варшаве, получив срочное задание от генерал-квартирмейстера Первой, или Действующей, армии и находясь в штабе 4-й дивизии. Такие штатные нонсенсы в те времена не были редкостью.