Повстанческое руководство провозгласило ликвидацию крепостного права, наделение крестьян землей, право каждого поляка на основные буржуазные свободы. Однако, во-первых, аграрная программа восстания далеко не соответствовала чаяниям крестьян, а именно они составляли подавляющее большинство населения, во-вторых, эта программа последовательно проводилась в жизнь лишь немногими деятелями левого крыла партии красных. В марте 1863 года к восстанию вынуждена была присоединиться партия белых, неуклонно усиливавшая свое влияние в повстанческом правительстве — Жонде Народовом. С этого времени повстанческие декреты все чаще стали истолковываться с помещичьей точки зрения, причем дело доходило иногда до карательных мер против крестьян, добивавшихся полного осуществления декретов.

Наибольшего размаха вооруженная борьба достигла весной — летом 1863 года. Повстанцы проявляли большой героизм и самоотверженность, добивались отдельных частных успехов. В целом же к середине лета стало ясно, что шансов на победу восстания нет, хотя боевые столкновения не прекращались еще долгое время. Восстание потерпело поражение, но царизм вынужден был пойти на серьезные уступки. Это выразилось прежде всего в том, что крестьянская реформа 1864 года в Царстве Польском, готовившаяся с оглядкой на аграрные декреты повстанцев, дала крестьянам гораздо больше, чем реформа 1861 года в других частях тогдашней Российской империи.

Восстание существенно повлияло на положение Домбровского. За несколько дней до начала вооруженной борьбы из Варшавы выехали, чтобы подготовить выступления на периферии, Падлевский, Потебня и многие другие товарищи Домбровского. Одновременно покинули город почти все знакомые ему члены руководящего органа партии красных, который превратился теперь в Жонд Народовый. Его представителем в Варшаве остался руководитель городской организации Стефан Бобровский. К сожалению, на третьем месяце восстания он погиб во время бессмысленной дуэли, в которую его втянул специально подосланный белыми авантюрист. Все эти изменения затрудняли связь Домбровского с волей и шаг за шагом лишали его возможности сколько-нибудь серьезно влиять на развитие событий.

Изменилось и положение дел в следственной комиссии. Большинство варшавских конспираторов, хорошо знавших Домбровского, десятки его петербургских друзей и единомышленников встали на сторону восставших и оказались командирами отрядов, повстанческими офицерами или рядовыми повстанцами. В ходе боев многие из них попали в руки карателей, а представ перед следствием и судом, далеко не все проявили необходимое мужество. Число показаний, уличающих Домбровского в антиправительственной деятельности, постепенно росло, защищаться во время допросов ему становилось все труднее.

Десятый павильон охранялся самым тщательным образом, вдобавок он был расположен внутри крепости, обнесенной стенами и кишащей солдатами. Но это не обескураживало Домбровского, который мечтал вырваться на свободу. По свидетельству жены, он разработал и подготовил два варианта побега. Оба они относятся к весне 1863 года.

Первый план, судя по воспоминаниям Домбровской, заключался в следующем. В ночное время, погасив свечу, Домбровский собирался вызвать караульных, убить сначала того, который в таких случаях входил в камеру, затем второго, остающегося для охраны незапертой двери. Одновременно через подпиленные двери выбегали предупрежденные заранее заключенные из числа наиболее надежных; все вместе они должны были атаковать внутреннюю охрану (четырех жандармов), затем освободить остальных арестантов, вырваться из Десятого павильона, перебраться через стену крепости, переплыть Вислу и скрыться через восточное предместье Варшавы — Прагу. Для осуществления этого плана Пелагия Домбровская сумела передать жениху револьвер с патронами (их много позже во время ремонта нашли замурованными в бывшей камере Домбровского) и несколько пилок, которыми надо было заранее подпилить запоры на дверях и решетки. Побег был назначен на первый день пасхи в расчете на то, что праздничное настроение и весьма возможные возлияния притупят бдительность охранников. Но какие-то сведения о готовящемся побеге дошли до Жучковского, охрану сменили, посты усилили, и от плана пришлось отказаться.

Тяготы тюремной жизни, длительное нервное напряжение, плохие вести о ходе восстания расстроили здоровье Домбровского. Невесте удалось добиться, чтобы его перевели в тюремное отделение крепостного госпиталя. Здесь-то и возник новый план побега. Бежать предполагалось в тюремной карете, подпоив предварительно караульных чаем с ромом и опием. Напарником Домбровского, по свидетельству его жены, должен был быть еще один заключенный — Миколай Эпштейн. Его неосторожность сорвала замысел: ненужной болтовней он вызвал подозрения, и то ли буквально в назначенный день, то ли накануне Домбровского и Эпштейна досрочно вернули в их камеры.

Десятый павильон был, как уже отмечалось, следственной тюрьмой. Естественно, что следственная комиссия все это время делала свое дело. Домбровский вел себя на допросах очень умно и твердо, не делая сколько-нибудь существенных признаний и умело парируя те обвиняющие его сведения, которые поступали в комиссию. А сведения эти накапливались. Особенно опасными для Домбровского могли быть показания Коссовского, Миладовского, Варавского, Васьковского: их признания позволили бы следствию вскрыть действительную роль Домбровского в петербургском подполье. Опасаясь, что комиссия узнает и о подлинных масштабах его деятельности в Варшаве, Домбровский настаивал на ускорении окончательного решения по его делу.

Но прежде чем состоялось это решение, произошло одно событие, вообще-то не такое уж исключительное, но для истории Десятого павильона Варшавской цитадели совершенно необычное, пожалуй, единственное в своем роде. Речь идет о свадьбе арестанта Домбровского с его находившейся на свободе нареченной Пелагией Згличинской. Она состоялась 24 марта (5 апреля) 1864 года в том самом помещении, где «трудилась в ноте лица» следственная комиссия, где судили таких преступников, которых предпочитали не вывозить лишний раз за пределы Десятого павильона. Это была сравнительно большая прямоугольная комната — самое просторное и опрятное помещение в тюремном здании. В дальнем конце комнаты под огромным портретом царя и двуглавым орлом стоял длинный и широкий стол, накрытый зеленым сукном, за ним — несколько стульев: один, с высокой спинкой, — для председателя и несколько нормальной высоты — для членов комиссии. В стороне находился еще небольшой столик со стулом для аудитора (то есть секретаря комиссии) и с принесенным из камеры плохо обструганным табуретом для заключенного. Вероятно, во время свадьбы все оставалось на своих местах, потому что другой мебели взять было негде, да и едва ли это разрешили бы; может быть, лишь несколько тюремных табуретов были принесены дополнительно на всякий случай.

Пелагия Домбровская подробно описала в своих воспоминаниях не только хлопоты о разрешении венчаться, но и само венчанье. Обряд начался в три часа дня. «Ярослав, — вспоминает Домбровская, — в полной форме […], с кавказскими орденами выглядел восхитительно. Моя одежда складывалась из очень скромного белого платья и вуали, как полагается невесте в таких необыкновенных обстоятельствах». Посаженым отцом у невесты был ее дядя Лоходович, посаженой матерью — тетя Лоходовичева из Петровских. Со стороны невесты и со стороны жениха были дружки. Присутствовали гости — друзья и знакомые венчающихся, всего человек двадцать. Через два часа после свадебного обряда караульным было приказано отвести «молодого» в его «номер», а «молодую» под конвоем препроводили ко входу в тюрьму, откуда она поехала домой. «Многие офицеры, друзья моего мужа — поляки и русские, — рассказывает Домбровская, — ожидали вдоль дороги в Десятый павильон, чтобы хоть издали поприветствовать меня поклоном». С дозволения начальства и за счет венчающихся в арестантские камеры были доставлены вино и закуски; оттуда допоздна слышались в тот день тосты и пение.