Советская военная администрация в Харбине постаралась взять под контроль все течение городской жизни. Был издан приказ о комендантском часе.
21 августа 1945 года.
В целях поддержания нормальной жизни и порядка на территории города Харбина и в его окрестностях приказываю:
1) Всем гражданским властям продолжать исполнение своих обязанностей.
2) Всем владельцам торговых и промышленных предприятий продолжать свою деятельность. Цены на товары, продукты питания и т. д. остаются такими, какими они были до прихода советских войск. Продажа спиртных напитков воспрещается до особого распоряжения.
3) Местным властям и гражданскому населению оказывать всемерную помощь в обеспечении нормальной работы школ, больниц, амбулаторий и других культурных и коммунальных учреждений и предприятий.
4) Богослужение в храмах и молитвенных домах отправляется беспрепятственно.
5) Местному населению сдать военному коменданту все имеющееся оружие, боеприпасы, военные материалы, военное имущество и радиоаппаратуру.
6) Все склады и складские помещения со всем наличным в них имуществом, принадлежавшие японским и маньчжурским военным властям, переходят в распоряжение советского командования.
7) Хождение по улицам разрешается с 5.00 до 23.00 по местному времени».
2 сентября 1945 года в сопровождении Маршала Советского Союза К. А. Мерецкова и главного маршала авиации А. А. Новикова в Харбин прибыл на самолете главнокомандующий советскими войсками на Дальнем Востоке Маршал Советского Союза А. М. Василевский. Прямо с аэродрома их повезли на харбинский ипподром, где они осмотрели трофейную технику и вооружение. Маршал Василевский объявил встречавшему его генералу Белобородову, что по распоряжению Верховного главнокомандующего И. В. Сталина парад в честь дня победы над Японией будет проведен только в Харбине, и что принимать парад товарищ Сталин поручил именно ему.
Наступило воскресенье 16 сентября. Войска ровными прямоугольниками выстроились на Вокзальной площади. Она не была рассчитана на такую массу людей и техники, поэтому часть стрелковых и танковых батальонов, сводные батальоны саперов и связистов, артиллерия и минометы встали колоннами на привокзальных улицах в окружении харбинцев, забрасывавших автомашины, тягачи, танки букетами цветов. Вечером в штабе армии был устроен торжественный прием. Поднимали бокалы за победу, за советский народ, за коммунистическую партию, за советские вооруженные силы и за «старейшую» из советских армий — 1-ю Краснознаменную Дальневосточную.
С этого дня в городе прошла волна арестов харбинских активистов антикоммунистического движения.
В число арестованных входили люди, классифицированные СМЕРШ как бывшие «колчаковцы», «каппелевцы» или «семеновцы»; русские молодые люди, имевшие неосторожность признаться в том, что служили в отряде Асано; старожилы КВЖД или служащие дороги, взятые «за связь с БРЭМ». Последние пострадали совершенно безвинно. В отличие от Матковского, дождавшегося в Харбине прихода Красной армии, другие лидеры дальневосточной эмиграции, такие как генерал Семёнов, идеолог русского фашизма Константин Родзаевский, казачий генерал Бакшеев и сам генерал Власьевский, пытались спастись из Китая бегством, но были арестованы при участии вездесущих органов СМЕРШ. Как всегда, «компетентные органы» проявили и в этот раз неплохое знание подробностей маньчжурской географии и топонимики ее отдаленных уголков. Г. М. Семёнов был пойман и арестован в Дальнем, а «главный фашист» К. В. Родзаевский — в Чанчуне.
17 октября 1945 года представители русской интеллигенции Харбина — поэты и писатели, художники и композиторы, архитекторы и инженеры — были приглашены на некий «литературный вечер» в городской Железнодорожный клуб, где и были арестованы и вывезены в арестантских вагонах в СССР. Семьи многих арестованных оставались в Харбине, некоторые работали на той же дороге, и только в середине 1950-х годов все же вернулись в Советский Союз. Судьба некоторых добровольно возвратившихся оказалась горестной. Русские, долгие годы являвшиеся не только «населением» Харбина, составили его культурный и научный образ, однако эта неповторимая среда была выкорчевана самым безжалостным способом, на этот раз их «советскими» соотечественниками. Очевидцы утверждают, что «репрессии начались буквально с первых же дней или даже часов появления советских войск… Лишь со временем харбинцам, успевшим уехать из Северо-Восточного Китая на остров Тубаобао, а оттуда в США и дальше по всему свету, стало очевидно, что освобождение Харбина Советской армией принесло трагические последствия для многих представителей эмигрантской творческой интеллигенции. Напомним читателю, что тогда же, в 1945 году, в Харбине были арестованы талантливый поэт — современник Несмелова — Алексей Ачаир, он же А. А. Грызов, отсидевший десять лет в советских местах заключения. Едва спасся от ареста широко известный за пределами Дальнего Востока писатель и ученый-натуралист НА. Байков, автор знаменитого приключенческого романа «Черный капитан», уничтоживший накануне прихода в Харбин Советской армии весь свой литературный архив. С большим трудом в марте 1956 года Байковым удалось выбраться в Австралию. Поток людей, «забранных в сорок пятом, когда вошла армия», охватил собой десятки тысяч судеб. Общеизвестно, что многие русские люди были вывезены в СССР насильно. Современник отмечал, что «по восточной и западной веткам КВЖД, а также ЮМЖД забрали всех, кто в 1935 году отказался добровольно вернуться на родину».
Во второй половине 1945 — начале 1946 года в Китае работала большая группа сотрудников государственных архивов советского Дальнего Востока и МГБ. На основании вывезенных ими в СССР архивных эмигрантских фондов были составлены подробные списки бывших эмигрантов, возбуждены дела на особо заметных людей. В наши дни часть этих дел находится на положении документов специального хранения в ГАХК.
Так как большая часть возвращавшихся в СССР эмигрантов проходила «проверку» через особо учрежденные для этой цели фильтрационные пункты, то благодаря полученным от СМЕРШ спискам о степени «благонадежности» многие возвращенцы получили различные сроки заключения. Как, например, писатели А. Хейдок и Борис Юльский. Последний, по сведениям из архивов, находясь в лагере в Магаданской области, совершил из мест заключения успешный побег. Дальнейшая судьба его осталась неизвестна.
Так или иначе, год от года в Харбине убывали его лучшие люди, оставляя после себя лишь кладбища и великолепные городские постройки, узорные храмы, комфортную городскую инфраструктуру. В марте 1946 года советским руководством было принято решение о незамедлительном выводе советских войск из Маньчжурии. 14 апреля 1946 года советские войска Забайкальского фронта во главе с маршалом Р. Я Малиновским эвакуировались из Чанчуня в Харбин.
Совместная советско-китайская эксплуатация КВЖД в 1946–1948 годы сыграла роль своеобразной отдушины, в условиях которой «местные» советские граждане на сравнительно недолгий срок получили возможность довольно сносного существования. Новое руководство КВЖД поручило заместителю управляющего дорогой инженер-полковнику Ожигову восстановить преподавание на русском языке в Харбинском политехническом институте и открыть двери института для русской и китайской молодежи. Ожиговым были вновь открыты инженерно-строительный, электромеханический, химический, горный, инженерно-экономический и восточно-экономический факультеты. Учебные программы и планы факультетов были приближены к учебным планам российского императорского Дальневосточного университета. Для китайской молодежи были открыты двухгодичные подготовительные курсы, дававшие достаточные знания языка и математики для слушания лекций на русском языке. На курсах преподавали квалифицированные профессора из числа русских эмигрантов. Так, заведующим кафедрой китайского языка восточно-экономического факультета был крупный русский ученый И. Г. Баранов, известный современным студентам, изучающим восточные языки, как автор классического русско-китайского словаря. Обучение в институте было бесплатным, ибо он состоял на бюджете КВЖД.