Реакция различных представителей русской знати указывает на противоречивое отношение к союзу России и Франции, страны, чьих мыслителей и культуру Александр и его образованные подданные уважали. Восхищение страной и ненависть к ее правителю странно совмещались. Екатерина Вилмот так подвела итог противоречивому отношению русских людей к Франции в 1806 году:

На такой беспорядочной основе укреплялся этот союз.

Тильзитский договор освободил Александра от непосредственной угрозы войны на Западе и дал ему возможность снова вернуться к реформам в своем отечестве. Декларированное им обязательство провести реформу управления подверглось в это время строгой проверке: к 1809 году он не только обладал проектом Российской конституции, но был также на полпути к включению Финляндии, имевшей свою собственную конституцию, в Российскую империю. За границей Александр вернулся к традиционным российским внешнеполитическим целям XVIII века, расширяя границы России на севере и юге за счет Швеции и Оттоманской империи. По ходу дела, тем не менее, стало ясно, что Наполеон не намерен потворствовать России в распространении ее влияния на любую из областей, в которых Франция тоже была заинтересована. Кроме того, Тильзитский договор был непопулярен дома и связывал Россию с Континентальной блокадой, что вредило ее экономическим интересам. К тому же создание из земель прусской Польши герцогства Варшавского, формально независимого, но фактически — сателлита Франции, угрожало западной российской границе. Александр вынужден был оставить, по крайней мере на какое-то время, наиболее грандиозные свои намерения стать вершителем судеб Европы или хотя бы как-то влиять на события к западу от российских границ. Отношения между Россией и Францией ухудшились, и стало понятно, что Тильзит не будет стабильной основой ни для дружбы двух держав, ни для мира в Европе.

Человеком, к которому Александр обратился с планами внутреннюю реформ, был Михаил Михайлович Сперанский, сын деревенского священника, показавший уже свои способности во время работы в Министерстве внутренних дел в первые годы царствования Александра. Он стал государственным секретарем (по сути, премьер-министром) и сопровождал Александра в его встрече с Наполеоном в Эрфурте (подробности ниже) в 1808 году. В период с 1807 до 1811 года Сперанский участвовал в решении множества важных внутренних дел. В конце 1807 года была образована комиссия по реорганизации образования в семинариях, и Сперанский (сам прошедший духовное воспитание) возглавил ее. К лету 1808 года комиссия закончила свою работу, и была принята новая, упрощенная и более рациональная структура духовных школ, согласованная со структурой школ мирских, разработанной в 1803–1804 годах. Учебный курс начальной и средней духовных школ пополнился новыми предметами, включив современные языки и естественные науки; в старших классах семинарий и духовных академий тоже появились новые курсы. Качество преподавания в семинариях зачастую бывало низким. В попытке справиться с этой проблемой было решено, что преподаватели перед их назначением на должность должны проходить проверку на соответствие установленным для них квалификационным стандартам. Восстановление Сперанским церковной монополии на продажу восковых свечей обеспечивало строительство новых школ достаточным капиталом.

Забота Сперанского о повышении качества преподавания отражала его понимание общего низкого уровня подготовки большинства российских служащих. Эту точку зрения, без сомнения, разделял и Александр, язвительно отзывавшийся о российском чиновничестве еще в начале своего правления. Поощрение Сперанского в создании лицея для 50 мальчиков из аристократических семей и интерес, проявленный к учебному курсу школы, показывают неподдельную заботу Александра о качественной подготовке будущих руководителей страны. Он проявил личный интерес к новому лицею, поручив архитектору Василию Стасову построить его в крыле императорского дворца в Царском Селе и потребовав, чтобы его окружали привлекательные парки, участие в создании которых могли бы принимать сами лицеисты. Настоящая проблема, тем не менее, была не в уровне образования элиты, а в обучении широкого круга дворян, которые занимали средние и низшие чиновничьи должности. Сперанский старался повысить уровень квалификационных требования и к исполнению служебных обязанностей. Два указа, вышедшие в 1808 году, были посвящены этим целям, и, что вовсе неудивительно, вызвали враждебную реакцию тех, к кому непосредственно относились. Первый требовал от сановников, носящих придворные титулы, или исполнять соответствующие их званию обязанности, или перейти в другой разряд военной или гражданской службы; второй объявлял, что служащие для получения восьмого класса, дающего наследственное дворянство, обязаны сдать экзамен по нескольким предметам, включая русский язык, математику, латинский и современные иностранные языки. Александр, как можно было заметить, не испытывал к дворянству как сословию особой привязанности или уважения и, следовательно, симпатизировал начинаниям Сперанского. Тем не менее, такой политикой его министр оттолкнул от себя многих влиятельных при дворе сановников и в результате стал очень уязвим. Удержится ли он — с этого времени целиком зависело от расположения царя.

Александр поручил Сперанскому еще две области внутренних реформ, требовавших пристального внимания: составление свода законов и укрепление государственных финансов. Комиссия, образования в 1801 году для подготовки российского законодательства, недалеко в этом продвинулась. Назначение в комиссию Сперанского в 1808 году значительно ускорило процесс и позволило подготовить свод законов к 1812 году. Сперанский использовал Гражданский кодекс Наполеона 1804 года в качестве фундамента российского кодекса (что отнюдь не способствовало его примирению с врагами). В результате часть работы получилась несколько поспешной, законы в ней были зачастую искусственно подогнаны к соответствующим параграфам французского кодекса, без оглядки на юридическую историю или традиции, — но на Сперанского давила необходимость сделать нечто, доступное пониманию Александра, и притом быстро. Кодекс был принят Непременным советом, но никогда так и не воплотился в жизнь.

Попытка Сперанского восстановить твердое положение российских финансов (в государстве, пережившем военную кампанию, и вдобавок ослабленном Континентальной блокадой) была более успешной. Правительственным средством для того, чтобы справиться с непомерно возросшими расходами во время войны Третьей коалиции, было одно — печатать все больше и больше бумажных денег, или ассигнаций, что в итоге означало их обесценивание. В 1810 году Сперанский подготовил указ, обещающий выкупить ассигнации и прекратить их дальнейший выпуск (на деле последствия кампании 1812 года это обещание благополучно похоронили, а выпуск ассигнаций значительно вырос). Управление финансами со стороны Министерства было улучшено, положительно сказалось введение ежегодного бюджета. Количество доходных статей увеличилось за счет продажи государственных земель и расширения области налогов, включая временный налог на дворянство, что вызвало новый взрыв негодования. Большинство дворян, как истинные патриоты, были готовы оказать финансовую поддержку военным силам, но противились формальной обязанности, частично оттого, что эта инициатива исходила от сына священника.