Для удовлетворения своих сообщников Василий, при вступлении на престол, целовал крест в том, что будет судить всех по правде, не будет класть опалы на невинных и слушать доносы. Это означало возврат к старине, при котором боярство должно было снова получить участие в управлении. Но, несмотря на это и среди бояр Шуйскому не удалось найти опоры.

Уже в конце мая было обнаружено в Москве какое‑то движение в пользу передачи престола Мстиславскому, потомку династии Гедиминовичей. Глава Романовской группы, митрополит Филарет, предназначавшийся в патриархи, был удален обратно в Ростов.

В Польше говорили, что московские бояре недовольны царем Василием и хотели бы видеть на его месте короля Сигизмунда или его сына королевича Владислава. Верных слуг Самозванца Шуйский, опасаясь измены в Москве, неосмотрительно разослал по городам, где они вели интриги против него. Поляки – друзья и слуги Самозванца – были посажены в Москве под стражу и жили под строгим надзором. В Польшу было послано посольство с объяснениями и обвинениями короля и панов‑рады в пособничестве Самозванцу.

Восстание Болотникова

Вождь начавшегося восстания во имя Димитрия, Иван Исаевич Болотников, поднял знамя социальной борьбы. В своих всюду расходившихся "воровских листках" он призывал холопов, крестьян и казаков избивать бояр и богатых, обещая в награду чины, имения и жен убитых. Больше того, известно, что Болотников сам именем Дмитрия раздавал имения на поместном праве. Силы мятежников быстро росли. К ним пристали даже служилые люди заокских городов, с Пашковым, Сумбуловым и Ляпуновым во главе. Царские отряды терпели неудачи; мятежники двумя путями шли к Москве, и в октябре столица оказалась в осаде. На сторону восставших перешел, но не надолго, ряд западных замосковных городов; в нижегородских местах восстала мордва. Брожение замечалось в Перми и Вятке, в Новгороде и Пскове. Рати царя собирались медленно, но ему помогли отсутствие Димитрия и социальная рознь среди собравшихся под знаменами Болотникова. Уже 15 ноября отъехали к Шуйскому рязанские дворяне с Ляпуновым и Сумбуловым, а 2 декабря, в день решительной битвы, которую получивший подкрепление царь дал Болотникову, последнему изменил и Пашков со своим отрядом. Болотников заперся в Калуге, которую осадил с большим войском Мстиславский. Восстание Болотникова ясно показало, как слаба связь между царем и народом, как легко недовольные или увлекаемые призраком Димитрия оставляют Шуйского, и Василий решился еще раз воздействием религии привязать к себе сердца подданных. В феврале 1607 году в Успенском соборе вызванный специально "для его государства и земского великого дела" бывший патриарх Иов торжественно разрешил народ от греха нарушения присяги Борису и Самозванцу и убеждал прекратить вражду и раздоры и верно служить недавно избранному царю. В то же время правительство стремилось ослабить социальную базу движения Болотникова.

Между тем военные действия шли неудачно для Шуйского и под Астраханью, и под Калугой. Желая избавиться от Болотникова, царь согласился на предложение Фидлера отравить вождя восставших; но Фидлер, получив деньги и пробравшись в Калугу, передался на сторону Болотникова. Весной на помощь Калуге прислан был отряд из Тулы, где сидели князь Шаховской и явившийся еще при царе Димитрии самозванец Петр. Царские воеводы под Калугой были разбиты, и освобожденный от осады Болотников перебрался в Тулу. Летом, с огромным войском, пошел под Тулу сам царь и, разбив высланные вперед отряды мятежников, в июне осадил Тулу. Мятежный край был отдан на разграбление. Осажденные защищались отчаянно и только 10 октября, затопленные запруженной Упой, сдались. Самозванец Петр был повешен, Болотников утоплен в Каргополе, Шаховской сослан на Кубенское озеро; мелких "воров" массами топили, холопы военнопленные возвращались господам или отдавались желающим на поруки, что тоже вело к кабале. Такой расправой Шуйский подготовил почву для нового восстания. Его носителями были отпущенные домой, в Украину, добровольно бившие челом царю казаки и получившие отпускные холопы. Жестокая экзекуция восстановила против Шуйского всех пострадавших от нее. С торжеством вернулся царь по взятии Тулы в столицу и радостно справил свадьбу свою, женившись 17 января 1608 года на княжне Буйносовой‑Ростовской, с которой был обручен при Самозванце.

Конец Василия Шуйского

Появился новый самозваный царь Дмитрий Иванович. У него было мало искренних друзей. И никто не верил в истинность его царского происхождения. Но имя Димитрия было нужно как лозунг, объединявший всех противников Шуйского. К новому Димитрию шли остатки армии Болотникова, казаки с Дона и Днепра, польская вольница. В октябре самозванец был уже в Епифани, но, узнав о сдаче Тулы, бежал в Орел, откуда весной начал новое наступление. 10–11 мая под Болховом были разбиты воеводы Шуйского; в июле самозванец стал лагерем в селе Тушине под Москвой, где вскоре было организовано настоящее правительство, с думой и приказами Многочисленные отряды "Вора" блокировали Москву, перехватив ведущие в нее пути и затруднив таким образом подвоз провианта, осадили Троице‑Сергиев монастырь и рассеялись по стране, приводя ее к присяге на имя Димитрия. Из крупных центров только Нижний, Казань, Коломна, Рязань и Смоленск верно стояли за Шуйского; Новгород колебался, остальные перешли на сторону Тушинского Вора. Положение Шуйского стало критическим. Правда, у него в Москве были собраны значительные военные силы, и в боях под столицей далеко не всегда тушинцы брали верх.

Заключенный 23 июля 1608 году договор о перемирии с Польшей на три года одиннадцать месяцев, причем поляки из Тушина должны были уйти в отечество, не был выполнен. Бывшие в Тушине поляки отказались оставить Вора, а отпущенная из плена Марина Мнишек, за которую было обещано, что она не будет именоваться московской царицей, попав намерено в Тушино, признала в Воре своего мужа, будто бы спасшегося от гибели 17 мая.

При таких обстоятельствах царь, чтобы удержаться на престоле и прекратить смуту, обратился за помощью к Швеции, которая еще с 1606 году настойчиво предлагала ее. 28 февраля 1609 года в Выборге был подписан договор об оборонительном союзе Москвы с Швецией против Польши. Ценою уступки Корелы с уездом и отказа от прав на Ливонию Шуйский получил несколько тысяч наемников. С ними и с собранными в Новгороде служилыми людьми Скопин‑Шуйский начал весной очищать от тушинцев города по дороге к Москве, но вынужден был остановиться в Твери, так как шведский отряд отказался идти дальше вследствие неуплаты жалованья. Между тем стойкая оборона Троицкой обители образумила одних, насилия и грабежи, чинимые в стране бродившими всюду отрядами польских наездников и русских "воров" подняли других, и с конца 1608 года началось самостоятельное народное движение не столько за Шуйского, сколько против Тушина, в защиту порядка и имущества. К концу 1609 года усилиями всех названных отрядов тушинцы были выбиты из северной части Замосковья.

Против Шуйского стали затеваться заговоры. Даже боярин Крюк‑Колычев, давний единомышленник Шуйских, пострадавший с ними в 1587 году и царем Василием пожалованный в бояре, был уличен в заговоре против царя и в апреле 1609 года казнен. Шли толки о близком цареубийстве, сроком которого назначали то "Николин день" (9 мая), то Вознесенье (25 мая), то Петров день (29 июня). В сентябре осадой Смоленска начал военные действия против Шуйского Сигизмунд, освободившийся от рокоша, недовольный союзом царя Василия с Швецией и желавший воспользоваться смутой на Руси для территориальных приобретений или даже рассчитывавший, по заявлениям бояр, сесть или посадить сына на московский трон.

Дальнейшее пребывание Шуйского на троне вследствие крайне необдуманной и противоречивой политики проводимой им, стало невозможным и он вынужден был постричься в монахи.

Бывший царь и умер 12 сентября 1612 года. В 1620 году Сигизмунд торжественно перенес его гроб в Варшаву, в нарочно построенный мавзолей, а в 1635 году останки царя Василия были возвращены в Россию и погребены в Архангельском соборе.